50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2332 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 128 aa  256  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  57.26 
 
 		 139 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  55.74 
 
 		 139 aa  144  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  56.56 
 
 		 132 aa  141  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0331  hypothetical protein  48.82 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0231643  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  51.64 
 
 		 131 aa  130  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1816  hypothetical protein  49.57 
 
 		 133 aa  114  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000972669  normal  0.858588 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  47.83 
 
 		 132 aa  110  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  42.35 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  38.67 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  35.85 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  38.27 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  41.33 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  40 
 
 		 135 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  34.62 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1999  DNA polymerase beta domain protein region  32 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.95495  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  35.19 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  32.95 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2563  DNA polymerase beta domain protein region  28.57 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2558  DNA polymerase beta domain protein region  28.57 
 
 		 157 aa  50.4  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 135 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  31.67 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  29.31 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3253  DNA polymerase beta domain protein region  31.86 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  28.21 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  36.45 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1223  DNA polymerase beta domain protein region  33.98 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  34.52 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  35.58 
 
 		 217 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  37.93 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  34.83 
 
 		 156 aa  47.4  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3015  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.914629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  40.79 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3941  DNA polymerase beta domain protein region  36.23 
 
 		 99 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 132 aa  46.2  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  38.27 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0074  DNA polymerase beta subunit  34.19 
 
 		 167 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.649799  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  32.53 
 
 		 271 aa  43.9  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  29.51 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0372  DNA polymerase beta subunit  33.64 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034054  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1861  DNA polymerase beta subunit  29.69 
 
 		 140 aa  41.2  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4528  DNA polymerase beta subunit  42.11 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.373361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4420  DNA polymerase beta subunit  63.33 
 
 		 118 aa  41.2  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478946  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2734  DNA polymerase beta domain protein region  64.29 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174135  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  35.48 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0244  DNA polymerase beta domain protein region  27.27 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  31.94 
 
 		 146 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>