79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1999 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1999  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 155 aa  310  3.9999999999999997e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.95495  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4528  DNA polymerase beta subunit  46.97 
 
 		 152 aa  125  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.373361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3015  DNA polymerase beta subunit  49.62 
 
 		 142 aa  124  7e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.914629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  41.28 
 
 		 271 aa  75.1  0.0000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1668  DNA polymerase beta domain protein region  34.15 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0331  hypothetical protein  34.78 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0231643  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2352  DNA polymerase, beta-like region  35.21 
 
 		 148 aa  67  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00951181  normal  0.0970434 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0250  DNA polymerase beta subunit  35.88 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  29.41 
 
 		 146 aa  65.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  41.43 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  31.97 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  34.59 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  32.86 
 
 		 156 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2195  DNA polymerase beta domain protein region  32.23 
 
 		 145 aa  60.5  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000295232  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  41.79 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  40.28 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  31.71 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1816  hypothetical protein  41.43 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000972669  normal  0.858588 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  28.36 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  37.11 
 
 		 132 aa  57  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  29.69 
 
 		 135 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  45 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0178  DNA polymerase, beta-like region  32.41 
 
 		 163 aa  55.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0107452  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  33.04 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  28.68 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2165  DNA polymerase beta subunit  27.27 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0074  DNA polymerase beta subunit  29.86 
 
 		 167 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.649799  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1563  DNA polymerase beta domain protein region  33.96 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  32 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  31.36 
 
 		 132 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  28.44 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0244  DNA polymerase beta domain protein region  36.89 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1252  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  29.27 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3941  DNA polymerase beta domain protein region  35.16 
 
 		 99 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.98 
 
 		 143 aa  48.5  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1422  DNA polymerase beta subunit  33.05 
 
 		 123 aa  48.1  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.747879  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4099  hypothetical protein  30 
 
 		 129 aa  47.8  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.41555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1692  DNA polymerase beta subunit  32.56 
 
 		 139 aa  47.8  0.00006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000104871  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1588  hypothetical protein  24.82 
 
 		 146 aa  47.8  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1769  hypothetical protein  30.47 
 
 		 292 aa  47.4  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.026632  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  42.65 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  42.31 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  28.26 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  36.14 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.98 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  53.06 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0428  DNA polymerase, beta-like region  28.69 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0480568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1370  DNA polymerase beta subunit  36.27 
 
 		 241 aa  44.7  0.0004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0334218 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  38.37 
 
 		 98 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  34.44 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  42.11 
 
 		 98 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0372  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034054  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0603  hypothetical protein  33.33 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1404  DNA polymerase, beta-like region  30.63 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.304011  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0185  DNA polymerase, beta-like region  26.87 
 
 		 150 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.519951 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  48.08 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3253  DNA polymerase beta domain protein region  27.97 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0769  DNA polymerase beta subunit  28.93 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  40.91 
 
 		 113 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0545  DNA polymerase beta domain protein region  28.1 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00116753  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  36.99 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  28.46 
 
 		 148 aa  41.2  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1678  DNA polymerase beta subunit  29.31 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000143849  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1277  DNA polymerase beta subunit  30.19 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.288341  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2558  DNA polymerase beta domain protein region  23.57 
 
 		 157 aa  40.8  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2563  DNA polymerase beta domain protein region  22.96 
 
 		 133 aa  40.8  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  28.23 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  40.96 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  30.3 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>