158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3457 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 98 aa  191  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  61.05 
 
 		 96 aa  120  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  60 
 
 		 96 aa  117  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  61.96 
 
 		 97 aa  111  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  58.33 
 
 		 97 aa  107  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  60.44 
 
 		 115 aa  104  4e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  55.21 
 
 		 97 aa  104  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  55.21 
 
 		 97 aa  104  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  59.57 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  52.22 
 
 		 93 aa  99.8  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 114 aa  99.4  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  47.87 
 
 		 96 aa  92.8  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  51.09 
 
 		 97 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 97 aa  90.1  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  51.06 
 
 		 102 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 		 169 aa  84  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  46.24 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  47.5 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4395  hypothetical protein  66.67 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0622266 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  44.44 
 
 		 96 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  50 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  39.53 
 
 		 102 aa  75.5  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  38.71 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  42.27 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  47.13 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  43.96 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  43.96 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  43.06 
 
 		 110 aa  68.6  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  43.84 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  44.05 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  43.84 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  44.32 
 
 		 100 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  45.45 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  42.17 
 
 		 100 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  40.23 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  37.23 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1221  nucleotidyltransferase domain-containing protein  52.38 
 
 		 64 aa  63.9  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  42.27 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  41.25 
 
 		 96 aa  63.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.68 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  43.75 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  50.75 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 113 aa  61.2  0.000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  39.53 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  37.66 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  43.9 
 
 		 106 aa  59.7  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  36.25 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  38.75 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  46.43 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  46.43 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  45.45 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  37.36 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  38.1 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 		 103 aa  57  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 97 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.27 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  41.77 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  36.26 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  38.75 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  42.03 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  39.29 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  41.18 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  39.24 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  37.66 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.33 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.33 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  35.87 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  36.9 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  30.11 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  39.29 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  35.56 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  37.36 
 
 		 98 aa  53.5  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  37.33 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  38.67 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  35.9 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  38.55 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  36.56 
 
 		 103 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  41.25 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  33.85 
 
 		 102 aa  51.6  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>