58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2147 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 112 aa  228  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  42.72 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  39.81 
 
 		 121 aa  67  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0216  hypothetical protein  40 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0242312  hitchhiker  0.0000000000000575833 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0354  DNA polymerase beta subunit  39.42 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2470  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 105 aa  62.8  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.22963  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  36.84 
 
 		 104 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2432  DNA polymerase beta subunit  36.27 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.71469  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2669  DNA polymerase beta domain protein region  39.05 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  37.25 
 
 		 105 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3842  DNA polymerase beta subunit  34.34 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000823006 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0236  DNA polymerase beta subunit  34 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0618  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.686113  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0076  nucleotidyltransferase domain protein  34.26 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.467951  normal  0.54284 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1020  DNA polymerase beta subunit  39.6 
 
 		 106 aa  57  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2718  DNA polymerase, beta-like region  36.89 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000888869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  38.75 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1725  DNA polymerase beta subunit  37.62 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0737  nucleotidyltransferase  30.39 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0102  nucleotidyltransferase domain-containing protein  35.29 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0913883  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0063  nucleotidyltransferase domain protein  35.29 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0040  nucleotidyltransferase domain protein  35.29 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000549944 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0037  nucleotidyltransferase domain-containing protein  34.44 
 
 		 132 aa  52  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0083  hypothetical protein  28.44 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  36.27 
 
 		 116 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  33.33 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3070  DNA polymerase, beta-like region  34.78 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.531751 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0793  DNA polymerase, beta-like region  32.35 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  29.63 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.27 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1681  DNA polymerase, beta-like region  29 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.044025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0499  nucleotidyltransferase domain-containing protein  25.51 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 116 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3091  DNA polymerase, beta-like region  30.85 
 
 		 111 aa  44.7  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.304644 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1301  DNA polymerase beta subunit  35.14 
 
 		 103 aa  44.7  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0365  DNA polymerase beta subunit  33.98 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.200117 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1748  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000372139  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4901  DNA polymerase, beta-like region  29.89 
 
 		 118 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.1 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3233  nucleotidyltransferase domain protein  37.5 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.73519  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0385  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0917348 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  29.58 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0551  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3858  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0908144  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  34.33 
 
 		 139 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  32.69 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3225  nucleotidyltransferase domain-containing protein  33.33 
 
 		 166 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  42 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0463  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  36.45 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0587  DNA polymerase, beta-like region  31.43 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204552  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  29.33 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  25.89 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  40.74 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3436  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.212553 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  29.59 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>