52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0216 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0216  hypothetical protein  100 
 
 		 103 aa  209  7.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0242312  hitchhiker  0.0000000000000575833 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  50.49 
 
 		 105 aa  116  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0618  DNA polymerase beta domain protein region  41.58 
 
 		 106 aa  88.2  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.686113  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1748  DNA polymerase beta subunit  43.88 
 
 		 112 aa  85.5  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000372139  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  43.96 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  45.05 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  46.74 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0076  nucleotidyltransferase domain protein  40.91 
 
 		 110 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.467951  normal  0.54284 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0083  hypothetical protein  36.73 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0063  nucleotidyltransferase domain protein  39.77 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0040  nucleotidyltransferase domain protein  39.77 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000549944 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0102  nucleotidyltransferase domain-containing protein  39.77 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0913883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2432  DNA polymerase beta subunit  37.86 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.71469  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0037  nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.36 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0499  nucleotidyltransferase domain-containing protein  32.67 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  28.57 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  35.64 
 
 		 115 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3233  nucleotidyltransferase domain protein  38.03 
 
 		 166 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.73519  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1725  DNA polymerase beta subunit  29.91 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  32.65 
 
 		 104 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  32.67 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0236  DNA polymerase beta subunit  28.43 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  38.1 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3842  DNA polymerase beta subunit  51.28 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000823006 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1450  DNA polymerase beta subunit  29.67 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374866 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3225  nucleotidyltransferase domain-containing protein  35.62 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3858  DNA polymerase beta domain protein region  25.77 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0908144  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  29.21 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1681  DNA polymerase, beta-like region  28.57 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.044025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1020  DNA polymerase beta subunit  32.99 
 
 		 106 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1697  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00000599045  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  29.9 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0354  DNA polymerase beta subunit  35.16 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2718  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000888869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.47 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0218  DNA polymerase beta subunit  32.93 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2669  DNA polymerase beta domain protein region  38.3 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0855  DNA polymerase beta subunit  41.07 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.725816 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2641  DNA polymerase beta domain protein region  25.56 
 
 		 125 aa  41.6  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0737  nucleotidyltransferase  28.24 
 
 		 107 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4231  nucleotidyltransferase  35.71 
 
 		 302 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00450243  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  32.32 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2470  DNA polymerase beta subunit  32.63 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.22963  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1044  DNA polymerase beta subunit  31.03 
 
 		 122 aa  41.2  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1643  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 115 aa  40.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1363  nucleotidyltransferase, putative  27.47 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00238094  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  32.1 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0145  hypothetical protein  32.53 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.345001  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  27.47 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>