54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0083 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0083  hypothetical protein  100 
 
 
111 aa  223  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  36.94 
 
 
105 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0216  hypothetical protein  36.73 
 
 
103 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0242312  hitchhiker  0.0000000000000575833 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  37.25 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1450  DNA polymerase beta subunit  44.66 
 
 
115 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.374866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  39.22 
 
 
121 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  41.84 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  41.75 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  38.83 
 
 
115 aa  60.8  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0236  DNA polymerase beta subunit  32.11 
 
 
103 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0618  DNA polymerase beta domain protein region  33.66 
 
 
106 aa  59.3  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.686113  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0499  nucleotidyltransferase domain-containing protein  34 
 
 
102 aa  57.8  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1748  DNA polymerase beta subunit  33.66 
 
 
112 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000372139  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  27.45 
 
 
111 aa  55.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3842  DNA polymerase beta subunit  32.35 
 
 
127 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000823006 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  38 
 
 
116 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2432  DNA polymerase beta subunit  30.1 
 
 
111 aa  53.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.71469  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0040  nucleotidyltransferase domain protein  36.79 
 
 
128 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000549944 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0102  nucleotidyltransferase domain-containing protein  36.79 
 
 
128 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0913883  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0063  nucleotidyltransferase domain protein  36.79 
 
 
128 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  28.44 
 
 
112 aa  50.4  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  30 
 
 
105 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1681  DNA polymerase, beta-like region  31.63 
 
 
107 aa  49.7  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.044025  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1336  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0354  DNA polymerase beta subunit  31.68 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 
116 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0037  nucleotidyltransferase domain-containing protein  34.29 
 
 
132 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  31.37 
 
 
104 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  33.63 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2470  DNA polymerase beta subunit  30.69 
 
 
105 aa  47.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.22963  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1725  DNA polymerase beta subunit  29.52 
 
 
111 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2669  DNA polymerase beta domain protein region  40.82 
 
 
110 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  35.29 
 
 
103 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  34.29 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0897  DNA polymerase beta subunit  29.81 
 
 
123 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1363  nucleotidyltransferase, putative  31.13 
 
 
134 aa  44.3  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00238094  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2718  DNA polymerase, beta-like region  32.26 
 
 
109 aa  44.7  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000888869  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2490  DNA polymerase beta domain protein region  31.78 
 
 
110 aa  44.3  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  31.37 
 
 
105 aa  44.3  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  31.68 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1691  DNA polymerase beta subunit  30.69 
 
 
130 aa  43.9  0.0008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000100624  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3233  nucleotidyltransferase domain protein  36.67 
 
 
166 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.73519  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0170  DNA polymerase beta subunit  31.71 
 
 
95 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0737  nucleotidyltransferase  22.22 
 
 
107 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  32.04 
 
 
191 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2115  DNA polymerase beta subunit  38.14 
 
 
205 aa  42.4  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1643  DNA polymerase beta domain protein region  28.3 
 
 
115 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0365  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 
113 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.200117 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2615  DNA polymerase beta subunit  28.92 
 
 
195 aa  42  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506514  normal  0.0510048 
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0076  nucleotidyltransferase domain protein  29.21 
 
 
110 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.467951  normal  0.54284 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3225  nucleotidyltransferase domain-containing protein  45.83 
 
 
166 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0007  DNA polymerase beta subunit  34.52 
 
 
209 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1697  DNA polymerase beta subunit  40.3 
 
 
92 aa  40.8  0.007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00000599045  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2316  DNA polymerase beta domain protein region  32.73 
 
 
155 aa  40.4  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.763015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>