87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0576 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 121 aa  243  9e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  81.82 
 
 		 121 aa  202  8e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  68.85 
 
 		 120 aa  166  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  45.26 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0216  hypothetical protein  43.96 
 
 		 103 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0242312  hitchhiker  0.0000000000000575833 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0618  DNA polymerase beta domain protein region  37.62 
 
 		 106 aa  72  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.686113  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  41.12 
 
 		 116 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  42.72 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  38.68 
 
 		 116 aa  70.9  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  36.08 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0083  hypothetical protein  37.25 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1450  DNA polymerase beta subunit  40.38 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374866 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0063  nucleotidyltransferase domain protein  33.86 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1748  DNA polymerase beta subunit  43.68 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000372139  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0102  nucleotidyltransferase domain-containing protein  33.86 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0913883  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0040  nucleotidyltransferase domain protein  33.86 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000549944 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2432  DNA polymerase beta subunit  39.36 
 
 		 111 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.71469  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3842  DNA polymerase beta subunit  38.3 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000823006 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  38.71 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  39.22 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0037  nucleotidyltransferase domain-containing protein  33.33 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.82 
 
 		 105 aa  62.8  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  39.29 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.3 
 
 		 103 aa  62.4  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1725  DNA polymerase beta subunit  37.37 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0236  DNA polymerase beta subunit  44.93 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011774  BCG9842_A0076  nucleotidyltransferase domain protein  33.04 
 
 		 110 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.467951  normal  0.54284 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1020  DNA polymerase beta subunit  37 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  30.77 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2669  DNA polymerase beta domain protein region  33.66 
 
 		 110 aa  57  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1697  DNA polymerase beta subunit  43.42 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00000599045  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  38.82 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0354  DNA polymerase beta subunit  35.05 
 
 		 105 aa  53.5  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3233  nucleotidyltransferase domain protein  30.58 
 
 		 166 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.73519  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0317  DNA polymerase beta domain protein region  32.98 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2470  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.22963  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0086  DNA polymerase beta subunit  35.64 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.109385  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1866  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0737  nucleotidyltransferase  31.03 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  39.76 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3200  hypothetical protein  36.08 
 
 		 301 aa  50.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.853181  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3225  nucleotidyltransferase domain-containing protein  29.75 
 
 		 166 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0499  nucleotidyltransferase domain-containing protein  31.87 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0515  DNA polymerase beta domain protein region  35.79 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0793119  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3118  DNA polymerase beta domain protein region  40.96 
 
 		 226 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2209  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 113 aa  49.7  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4420  DNA polymerase beta subunit  34.69 
 
 		 118 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478946  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1044  DNA polymerase beta subunit  36.56 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2718  DNA polymerase, beta-like region  38.71 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000888869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0145  hypothetical protein  29.57 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.345001  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0855  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.725816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2490  DNA polymerase beta domain protein region  28.07 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4231  nucleotidyltransferase  38.14 
 
 		 302 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00450243  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2595  hypothetical protein  27.73 
 
 		 310 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1028  DNA polymerase beta subunit  43.02 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.261092  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6110  DNA polymerase beta subunit  36.08 
 
 		 303 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4091  DNA polymerase beta subunit  34.94 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1681  DNA polymerase, beta-like region  27.55 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.044025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1336  DNA polymerase beta subunit  31 
 
 		 120 aa  44.3  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0041  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1691  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000100624  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0706  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0500  DNA polymerase beta domain protein region  30.84 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  28.3 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2515  hypothetical protein  30.1 
 
 		 308 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2115  DNA polymerase beta subunit  35.56 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1363  nucleotidyltransferase, putative  31.25 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00238094  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4942  regulatory protein ArsR  26.36 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5174  HEPN domain-containing protein  36.56 
 
 		 310 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0411727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0304  DNA polymerase beta subunit  33.78 
 
 		 116 aa  42.4  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1643  DNA polymerase beta domain protein region  31.4 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0468  DNA polymerase beta domain protein region  29.29 
 
 		 304 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.651395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0551  DNA polymerase beta domain protein region  33.63 
 
 		 106 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0871  hypothetical protein  34.88 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.845588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4276  DNA polymerase beta domain protein region  36.59 
 
 		 261 aa  41.2  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0365  DNA polymerase beta subunit  53.85 
 
 		 113 aa  41.2  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.200117 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  29.17 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0323  DNA polymerase beta subunit  33.7 
 
 		 116 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.103671  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0132  DNA polymerase beta subunit  45.95 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1064  hypothetical protein  51.61 
 
 		 53 aa  41.2  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.162255  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1655  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  32.5 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1067  DNA polymerase beta subunit  32.98 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.485724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0793  DNA polymerase, beta-like region  48.84 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0524  DNA polymerase beta subunit  28.57 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0718  DNA polymerase beta subunit  30.85 
 
 		 112 aa  40.4  0.009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.525185 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>