13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3200 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3200  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  622  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.853181  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4231  nucleotidyltransferase  68.35 
 
 		 302 aa  428  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00450243  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6110  DNA polymerase beta subunit  58.16 
 
 		 303 aa  334  7.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2595  hypothetical protein  47.32 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2515  hypothetical protein  46.44 
 
 		 308 aa  262  4.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0468  DNA polymerase beta domain protein region  42.37 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.651395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5174  HEPN domain-containing protein  41.33 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0411727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5246  DNA polymerase beta domain protein region  36.27 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1720  HEPN domain protein  34.67 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0261385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0837  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 286 aa  175  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.664708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0174  hypothetical protein  33.77 
 
 		 161 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.582709  normal  0.551801 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  36.08 
 
 		 121 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  35.05 
 
 		 121 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>