150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0152 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  100 
 
 		 100 aa  196  7e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  58.62 
 
 		 131 aa  106  8.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  55.17 
 
 		 98 aa  102  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  53.19 
 
 		 96 aa  95.9  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  52.13 
 
 		 108 aa  94.4  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  50.67 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  43.18 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  41.24 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  42.7 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  45.98 
 
 		 101 aa  68.2  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  47.13 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 102 aa  67  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  44.05 
 
 		 96 aa  67  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  32.61 
 
 		 102 aa  66.6  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  38.71 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 102 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  44.32 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  41.38 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  45.24 
 
 		 93 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  32.35 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  43.82 
 
 		 100 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  39.29 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  35.64 
 
 		 105 aa  62  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  44.83 
 
 		 100 aa  62  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  43.53 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  37.23 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.23 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  30.39 
 
 		 104 aa  60.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  34.52 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  38.1 
 
 		 106 aa  59.7  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  38.1 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  31.96 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  34.07 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  37.93 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  39.08 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  32.67 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  40.91 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  43.04 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  37.93 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  32.29 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  32.61 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  41.43 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  41.1 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  40.96 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  38.96 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  38.55 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  38.67 
 
 		 103 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  34.41 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  36.9 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  34.41 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  29.21 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  34.44 
 
 		 97 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  37.5 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  40.23 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  36.08 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  37.36 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  34.21 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  34.09 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  37 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  36.26 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  37 
 
 		 121 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 98 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  35.29 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  45.07 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  31.91 
 
 		 112 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  33.33 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  40.23 
 
 		 145 aa  51.2  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  37.11 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  34.38 
 
 		 98 aa  50.4  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  30.11 
 
 		 110 aa  50.4  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  38.46 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  36 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  35.8 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 169 aa  49.7  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  39.39 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 101 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  28.71 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  32.14 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  34.83 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  31.11 
 
 		 126 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  41.43 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  38.64 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  31.18 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  34.57 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1854  nucleotidyltransferase family protein  34.02 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000063807  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  27.55 
 
 		 270 aa  47.4  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  34.44 
 
 		 113 aa  47.4  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>