113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3979 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3979  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.22073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  66.24 
 
 
387 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  60.09 
 
 
403 aa  285  5e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2947  Carboxymuconolactone decarboxylase  51.3 
 
 
244 aa  255  4e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.045535 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1079  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  55 
 
 
244 aa  254  9e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3793  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.42 
 
 
233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0130032  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3258  carboxymuconolactone decarboxylase  56.25 
 
 
263 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00392422  normal  0.0442906 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3786  carboxymuconolactone decarboxylase  54.81 
 
 
262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.310289 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001032  hypothetical protein  51.5 
 
 
238 aa  241  9e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3140  hypothetical protein  49.58 
 
 
241 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5749  Carboxymuconolactone decarboxylase  52.4 
 
 
221 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1002  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.83 
 
 
428 aa  191  1e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.593653 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0875  carboxymuconolactone decarboxylase  51.61 
 
 
168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00171869  hitchhiker  0.0000000007488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  26.7 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  31.47 
 
 
261 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.5 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  31.47 
 
 
260 aa  72.8  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  25.49 
 
 
256 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  30.35 
 
 
275 aa  69.3  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20540  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  28.57 
 
 
255 aa  68.6  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125919  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2511  Carboxymuconolactone decarboxylase  25.85 
 
 
281 aa  67.4  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.955694  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  27.92 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0170  Carboxymuconolactone decarboxylase  29.19 
 
 
257 aa  64.3  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  41.25 
 
 
110 aa  62.8  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  41.25 
 
 
109 aa  62.4  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.97 
 
 
125 aa  62  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  28.28 
 
 
295 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  33.98 
 
 
134 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  31.86 
 
 
125 aa  59.3  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  25 
 
 
239 aa  59.3  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1725  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  30.91 
 
 
127 aa  58.5  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.910283  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.26 
 
 
138 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  23.04 
 
 
398 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.48 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  34.07 
 
 
133 aa  56.6  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  31.03 
 
 
138 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2032  4-carboxymuconolactone decarboxylase  28.8 
 
 
249 aa  56.2  0.0000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  30.3 
 
 
128 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  35.16 
 
 
129 aa  55.5  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  25.77 
 
 
283 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  25.77 
 
 
283 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  25.95 
 
 
299 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.87 
 
 
132 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  29.29 
 
 
128 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  29.29 
 
 
128 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  29.29 
 
 
128 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  39.71 
 
 
118 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  29.29 
 
 
128 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.26 
 
 
123 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  29.29 
 
 
128 aa  53.9  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  33.7 
 
 
148 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
150 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.16 
 
 
152 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1559  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  25.68 
 
 
181 aa  52.4  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000751375  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  31.43 
 
 
265 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  23.53 
 
 
264 aa  51.2  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  30.99 
 
 
396 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  32.32 
 
 
238 aa  50.4  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.43 
 
 
131 aa  50.1  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4713  carboxymuconolactone decarboxylase  26.61 
 
 
300 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.269504 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  29.58 
 
 
262 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.44 
 
 
127 aa  49.3  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.26 
 
 
152 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.84 
 
 
99 aa  49.3  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.32 
 
 
136 aa  48.9  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  32.86 
 
 
122 aa  48.9  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2660  Carboxymuconolactone decarboxylase  29.87 
 
 
244 aa  48.9  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  30.14 
 
 
265 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  30.67 
 
 
130 aa  45.8  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2018  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  28.89 
 
 
107 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0370669  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  27.64 
 
 
127 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  28.97 
 
 
276 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  27.35 
 
 
128 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  32 
 
 
130 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  29.17 
 
 
108 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  29.63 
 
 
380 aa  43.9  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4316  carboxymuconolactone decarboxylase  32.05 
 
 
129 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.218972  normal  0.148336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1515  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.89 
 
 
110 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688858  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22780  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  36 
 
 
123 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0718259  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4122  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.3 
 
 
107 aa  44.3  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.847034 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0425  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.81 
 
 
105 aa  43.5  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1800  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.1 
 
 
103 aa  43.5  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  36.56 
 
 
144 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1940  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.1 
 
 
103 aa  43.5  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
402 aa  43.5  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6125  carboxymuconolactone decarboxylase  31.43 
 
 
129 aa  43.5  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.957093  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.94 
 
 
131 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1975  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30 
 
 
107 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.05823e-17 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2469  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.72 
 
 
138 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.799907  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.94 
 
 
131 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  35 
 
 
128 aa  43.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3404  carboxymuconolactone decarboxylase  32.86 
 
 
134 aa  43.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  29.87 
 
 
108 aa  43.5  0.004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0224766  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>