110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3258 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3258  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
263 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00392422  normal  0.0442906 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3786  carboxymuconolactone decarboxylase  91.63 
 
 
262 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.310289 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5749  Carboxymuconolactone decarboxylase  72.02 
 
 
221 aa  309  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3979  Carboxymuconolactone decarboxylase  56.25 
 
 
252 aa  246  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.22073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4370  cupin 2 domain-containing protein  51.82 
 
 
387 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2947  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.52 
 
 
244 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.045535 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001032  hypothetical protein  49.52 
 
 
238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  48 
 
 
403 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3793  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.39 
 
 
233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0130032  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1079  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.86 
 
 
244 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1002  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.08 
 
 
428 aa  177  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.593653 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3140  hypothetical protein  46.05 
 
 
241 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0875  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
168 aa  97.8  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00171869  hitchhiker  0.0000000007488 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.09 
 
 
248 aa  82  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  31.67 
 
 
261 aa  78.6  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  26.37 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  32.8 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.15 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20540  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  31.33 
 
 
255 aa  70.1  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125919  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2511  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.29 
 
 
281 aa  68.9  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.955694  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.26 
 
 
125 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  40.26 
 
 
134 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  27.93 
 
 
256 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.66 
 
 
128 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  28.5 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  37.66 
 
 
128 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.5 
 
 
138 aa  63.5  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2032  4-carboxymuconolactone decarboxylase  29.26 
 
 
249 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  42.03 
 
 
110 aa  62.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.02 
 
 
398 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  42.42 
 
 
150 aa  62.4  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  38.96 
 
 
125 aa  62.4  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  40.58 
 
 
109 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  41.56 
 
 
129 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  35.06 
 
 
128 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  35.06 
 
 
128 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  35.06 
 
 
128 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  28.25 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.06 
 
 
128 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0170  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 
257 aa  60.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  24.86 
 
 
396 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  39.19 
 
 
295 aa  60.1  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.66 
 
 
123 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.82 
 
 
299 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.54 
 
 
132 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1559  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit-like protein  32.89 
 
 
181 aa  58.2  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000751375  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  38.96 
 
 
148 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.94 
 
 
152 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.1 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.54 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.14 
 
 
136 aa  57  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.1 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.1 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.54 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.54 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.1 
 
 
132 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.24 
 
 
118 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  41.1 
 
 
132 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  36.49 
 
 
122 aa  55.5  0.0000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  41.79 
 
 
133 aa  55.8  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.66 
 
 
138 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  35.82 
 
 
125 aa  52  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.36 
 
 
152 aa  52  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.78 
 
 
130 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1725  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  27.27 
 
 
127 aa  50.8  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.910283  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  36.36 
 
 
129 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
131 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
131 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  28.65 
 
 
283 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  28.65 
 
 
283 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  36.07 
 
 
130 aa  48.9  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  26.82 
 
 
265 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
132 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22780  uncharacterized protein, gamma-carboxymuconolactone decarboxylase subunit like protein  32.39 
 
 
123 aa  48.1  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0718259  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  25.53 
 
 
262 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  34.33 
 
 
124 aa  47.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
131 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0631  hypothetical protein  28.34 
 
 
242 aa  46.6  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
132 aa  46.2  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  24.62 
 
 
264 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2114  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.88 
 
 
107 aa  45.8  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000414856 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  42.59 
 
 
128 aa  45.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  35.71 
 
 
238 aa  44.7  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  30.56 
 
 
265 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  40.26 
 
 
144 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
152 aa  45.4  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  41.89 
 
 
144 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.38 
 
 
99 aa  45.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  40.26 
 
 
144 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  40.26 
 
 
144 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.82 
 
 
129 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  28.79 
 
 
124 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  40.54 
 
 
132 aa  43.5  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  41.54 
 
 
144 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  28 
 
 
392 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  32.26 
 
 
380 aa  43.5  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  41.89 
 
 
144 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2086  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.94 
 
 
140 aa  43.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000641307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2482  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  35.94 
 
 
140 aa  43.1  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156087  normal  0.0594202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2194  carboxymuconolactone decarboxylase  35.94 
 
 
140 aa  43.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>