More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2810 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2810  response regulator receiver protein  100 
 
 		 137 aa  279  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0831229  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1400  response regulator receiver protein  96.35 
 
 		 137 aa  269  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0005153 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0911  response regulator receiver protein  55.46 
 
 		 131 aa  148  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.269943  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2709  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.85 
 
 		 812 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.601691  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1771  response regulator receiver protein  54.63 
 
 		 163 aa  121  4e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3008  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.85 
 
 		 953 aa  120  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.8 
 
 		 929 aa  120  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2744  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 142 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000111314  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2089  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.47 
 
 		 802 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0236176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1306  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 		 763 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.147703  normal  0.027228 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.6 
 
 		 785 aa  117  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0231  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.15 
 
 		 836 aa  116  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0172365  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2471  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.46 
 
 		 1677 aa  116  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.785659  normal  0.992917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.53 
 
 		 1004 aa  113  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.47 
 
 		 1004 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0387  histidine kinase  43.59 
 
 		 356 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0066  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.79 
 
 		 748 aa  106  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2092  response regulator receiver protein  45.37 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1518  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.37 
 
 		 769 aa  105  2e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1428  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 		 691 aa  105  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1415  response regulator  46.61 
 
 		 131 aa  104  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.160302  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1529  sensory box histidine kinase/response regulator  46.36 
 
 		 803 aa  103  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.13 
 
 		 709 aa  102  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0969  response regulator receiver protein  45.79 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.954662  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2611  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 		 1134 aa  101  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.413442  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3519  putative PAS/PAC sensor protein  40.74 
 
 		 757 aa  100  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.324252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0967  histidine kinase  41.28 
 
 		 1177 aa  99  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309119 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1179  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.7 
 
 		 777 aa  99  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3116  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 819 aa  99.4  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1840  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 482 aa  98.6  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.366501 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1747  histidine kinase  41.82 
 
 		 1452 aa  94.4  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2106  Signal transduction histidine kinase nitrogen specific-like protein  42.59 
 
 		 635 aa  94  7e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2879  response regulator receiver domain-containing protein  38.89 
 
 		 126 aa  93.6  9e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2154  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 361 aa  91.7  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.217274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 		 976 aa  86.3  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0716  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  43.93 
 
 		 890 aa  81.6  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2151  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1184 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.21 
 
 		 1023 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2069  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.74 
 
 		 1184 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2962  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.82 
 
 		 869 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2469  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 901 aa  74.7  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.74 
 
 		 869 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2908  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 860 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 		 1023 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1801  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 522 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2816  sensory box histidine kinase/response regulator  37.38 
 
 		 882 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 997 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0517  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 997 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.660732  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1075  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.99 
 
 		 829 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  2.46099e-33 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2416  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 522 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.550886  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4629  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 		 841 aa  67.8  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0793  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 871 aa  67  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1486  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 886 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3256  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 802 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1337  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 822 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.51 
 
 		 916 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 886 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 810 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000530681 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4547  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 		 973 aa  63.9  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3567  putative PAS/PAC sensor protein  33.08 
 
 		 738 aa  61.6  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.339814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3231  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 914 aa  60.1  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 1040 aa  58.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3334  response regulator receiver protein  33.94 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1193 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  38.64 
 
 		 844 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 682 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 657 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3444  response regulator receiver protein  32.41 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1380  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06870  hybrid histidine protein kinase RetS  31.25 
 
 		 933 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.577631  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1771  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1906  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 		 619 aa  54.7  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.343997  unclonable  0.0000148298 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 		 654 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4405  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 448 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.851623  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0856  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 893 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 180 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 		 576 aa  53.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.413012  normal  0.0352192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.7 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 758 aa  53.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 		 559 aa  53.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.500087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2469  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 655 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.344805  normal  0.830162 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0986  chemotaxis response regulator  29.73 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 1113 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 		 1108 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 642 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1279 aa  52  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 		 639 aa  51.6  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5915  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 786 aa  51.6  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.91558 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2844  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 657 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.389478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 180 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1886  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.42 
 
 		 461 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 180 aa  51.2  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 460 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  30.58 
 
 		 126 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2129  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 480 aa  51.2  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 248 aa  50.8  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 522 aa  50.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>