More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1178 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3117  TonB-dependent receptor plug  87.28 
 
 
619 aa  1071    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1178  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 
621 aa  1273    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  44.16 
 
 
618 aa  476  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  40.92 
 
 
621 aa  426  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  38.78 
 
 
615 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  37.48 
 
 
616 aa  342  1e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2900  TonB-dependent receptor plug  36.88 
 
 
609 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  34.86 
 
 
593 aa  316  8e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  33.74 
 
 
627 aa  312  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  34.11 
 
 
650 aa  294  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  32.71 
 
 
636 aa  286  8e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2426  TonB-dependent receptor, plug  33.59 
 
 
652 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000164352  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  31.06 
 
 
626 aa  279  1e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 
642 aa  98.6  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.48 
 
 
614 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.48 
 
 
614 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.48 
 
 
614 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.48 
 
 
614 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  41.48 
 
 
614 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40.74 
 
 
614 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40 
 
 
614 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 
602 aa  95.9  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  40 
 
 
614 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40 
 
 
614 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40 
 
 
614 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40 
 
 
614 aa  95.5  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 
634 aa  93.2  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  38.69 
 
 
615 aa  92.8  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  38.66 
 
 
630 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  38.66 
 
 
630 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  25 
 
 
633 aa  91.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40.15 
 
 
631 aa  91.7  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.96 
 
 
631 aa  90.5  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  21.56 
 
 
647 aa  89.7  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  34.08 
 
 
646 aa  89.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40.83 
 
 
631 aa  88.2  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  32.74 
 
 
638 aa  87.4  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.43 
 
 
623 aa  87.8  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  40.83 
 
 
631 aa  87.4  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  36.48 
 
 
617 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  38.14 
 
 
615 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  40.3 
 
 
611 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  31.71 
 
 
618 aa  85.9  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.94 
 
 
686 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  26.57 
 
 
623 aa  85.9  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 
625 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.06 
 
 
616 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  41.8 
 
 
628 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.85 
 
 
639 aa  84  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  25.14 
 
 
634 aa  84  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 
710 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 
624 aa  83.2  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  35.12 
 
 
637 aa  83.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  30.85 
 
 
613 aa  82.4  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  34.5 
 
 
682 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 
640 aa  81.6  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  37.31 
 
 
611 aa  81.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 
613 aa  80.1  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  28.47 
 
 
617 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.54 
 
 
728 aa  79.3  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  37.42 
 
 
1023 aa  79.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  36.26 
 
 
612 aa  79.3  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 
634 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  33.52 
 
 
617 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  31.8 
 
 
631 aa  79  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 
626 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 
626 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 
688 aa  78.2  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  33.17 
 
 
673 aa  77.8  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  36.36 
 
 
639 aa  76.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 
634 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  35.09 
 
 
615 aa  76.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  30.74 
 
 
616 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 
611 aa  76.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.36 
 
 
653 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.53 
 
 
659 aa  75.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
670 aa  75.5  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 
665 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  37.19 
 
 
650 aa  75.1  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.68 
 
 
671 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  34.16 
 
 
622 aa  74.7  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  32.21 
 
 
645 aa  74.7  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  30.73 
 
 
614 aa  74.7  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  24.96 
 
 
652 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  28.89 
 
 
659 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 
704 aa  73.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  30.88 
 
 
655 aa  73.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 
704 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  30.84 
 
 
656 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  33.12 
 
 
680 aa  73.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  35.58 
 
 
656 aa  72.8  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 
638 aa  72.4  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  33.54 
 
 
641 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 
688 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 
618 aa  73.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  31.05 
 
 
653 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 
713 aa  72.4  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  33.54 
 
 
663 aa  72.4  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  33.54 
 
 
659 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>