More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2067 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2067  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
600 aa  1176    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153764  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1641  extracellular solute-binding protein  65.36 
 
 
588 aa  710    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0558371  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4973  extracellular solute-binding protein family 5  32.4 
 
 
557 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2171  extracellular solute-binding protein  31.99 
 
 
580 aa  216  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.596914  normal  0.0132313 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2038  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
557 aa  182  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000868803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4719  4-phytase  28.6 
 
 
564 aa  172  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0883166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33430  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.01 
 
 
562 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.175667 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1821  putative peptide transport system substrate-binding protein  25.55 
 
 
587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.52 
 
 
573 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2586  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 
603 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.653336  decreased coverage  0.00337365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1850  extracellular solute-binding protein family 5  27.67 
 
 
584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0438  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
569 aa  132  3e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302418 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2457  extracellular solute-binding protein family 5  28.07 
 
 
562 aa  131  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.9 
 
 
560 aa  127  5e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1553  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 
587 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.525667  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5913  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  27.61 
 
 
593 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0808698  normal  0.0457082 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2193  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 
507 aa  107  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0522887  normal  0.720743 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2908  extracellular solute-binding protein family 5  37.14 
 
 
501 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2982  extracellular solute-binding protein family 5  22.96 
 
 
573 aa  105  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270832  normal  0.0254721 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2124  hypothetical protein  25 
 
 
566 aa  101  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.415891  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5507  extracellular solute-binding protein family 5  23.46 
 
 
582 aa  101  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.553842  normal  0.243799 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4557  extracellular solute-binding protein family 5  31.9 
 
 
570 aa  101  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2296  extracellular solute-binding protein family 5  26.61 
 
 
584 aa  99  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000797709  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2049  extracellular solute-binding protein family 5  30.48 
 
 
595 aa  98.2  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.352532  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7148  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 
586 aa  95.9  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3512  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.71 
 
 
568 aa  94.4  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321069  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5889  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 
595 aa  90.5  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2178  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 
561 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33360  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.51 
 
 
549 aa  84.7  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.722475  normal  0.940695 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2400  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
599 aa  84.3  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.317377  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5634  hypothetical protein  23.81 
 
 
568 aa  75.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00869862  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
525 aa  73.9  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 
526 aa  73.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
538 aa  71.6  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
561 aa  70.5  0.00000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.07 
 
 
531 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.81 
 
 
525 aa  67.4  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
531 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  24.38 
 
 
594 aa  67.4  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 
529 aa  67  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 
550 aa  65.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1286  extracellular solute-binding protein family 5  22.32 
 
 
594 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.32 
 
 
537 aa  65.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.72 
 
 
525 aa  65.1  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 
536 aa  65.1  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
535 aa  63.9  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  23.9 
 
 
539 aa  63.9  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  23.95 
 
 
529 aa  63.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  22.65 
 
 
544 aa  63.5  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  23.44 
 
 
533 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12470  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.05 
 
 
614 aa  63.5  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.185176  normal  0.110435 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02892  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.922865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0680  extracellular solute-binding protein family 5  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2885  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 
528 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128734  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
558 aa  62.4  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3198  putative binding protein  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3311  putative binding protein  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43332  normal  0.120975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  23.44 
 
 
531 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0677  putative binding protein  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02842  hypothetical protein  24.72 
 
 
535 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.81173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 
538 aa  62  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  21.49 
 
 
544 aa  62.4  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  25 
 
 
536 aa  62  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  23.1 
 
 
526 aa  62.4  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
545 aa  61.6  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  25 
 
 
543 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4331  putative binding protein  24.34 
 
 
535 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  25 
 
 
543 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  25 
 
 
543 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  25 
 
 
543 aa  61.2  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0538  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.71 
 
 
525 aa  60.8  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461639  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  25 
 
 
543 aa  60.5  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
533 aa  60.1  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1803  extracellular solute-binding protein family 5  24.52 
 
 
537 aa  60.1  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551859  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1328  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 
534 aa  60.1  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1569  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 
534 aa  60.1  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199164  normal  0.0577205 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2848  4-phytase  26.48 
 
 
563 aa  59.7  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.540815  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
533 aa  59.3  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 
531 aa  59.3  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 
525 aa  59.3  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  21.58 
 
 
562 aa  58.9  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2243  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 
563 aa  58.2  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00498684  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1954  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.77 
 
 
542 aa  57.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0666582  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  22.39 
 
 
529 aa  57.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.99 
 
 
542 aa  57.8  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0468  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  24.33 
 
 
525 aa  57.8  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  24.57 
 
 
573 aa  57.4  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1289  extracellular solute-binding protein family 5  21.56 
 
 
610 aa  57.4  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.172232  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  20.69 
 
 
543 aa  57.4  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  26.58 
 
 
562 aa  57.4  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1983  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.19 
 
 
542 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.776942  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3050  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 
539 aa  57  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.423075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4272  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
532 aa  57  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0380913  normal  0.650765 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  25.91 
 
 
595 aa  56.6  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  25.14 
 
 
531 aa  57  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.44 
 
 
565 aa  56.6  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 
529 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 
522 aa  56.6  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  23.37 
 
 
555 aa  55.8  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  21.67 
 
 
545 aa  56.2  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>