More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2012 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 
545 aa  1124    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  34.59 
 
 
544 aa  278  2e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  32.66 
 
 
544 aa  266  1e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  33.2 
 
 
520 aa  249  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
531 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.77 
 
 
534 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30 
 
 
535 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_512  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, periplasmic component  30.22 
 
 
530 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.135113  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  29.49 
 
 
544 aa  196  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.84 
 
 
532 aa  194  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0573  oligopeptide-binding protein, putative  30.13 
 
 
530 aa  189  8e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  28 
 
 
544 aa  189  9e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4041  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 
543 aa  189  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457031  normal  0.172562 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
535 aa  186  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 
538 aa  183  7e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1982  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
508 aa  183  8.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.204968  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 
523 aa  182  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
549 aa  181  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 
535 aa  180  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  27.9 
 
 
594 aa  180  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0699  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 
590 aa  179  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  29.46 
 
 
537 aa  178  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.526776 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  29.65 
 
 
537 aa  178  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  29.46 
 
 
537 aa  178  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  29.46 
 
 
537 aa  177  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 
526 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.93 
 
 
520 aa  176  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.81 
 
 
524 aa  176  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  29.14 
 
 
530 aa  176  9.999999999999999e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.47 
 
 
532 aa  176  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_932  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  27.4 
 
 
558 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000268358  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.71 
 
 
523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0333  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 
528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.31964  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  29.47 
 
 
541 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  30.46 
 
 
538 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 
560 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 
526 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 
538 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  28.22 
 
 
543 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.48 
 
 
510 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  29.17 
 
 
537 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  29.67 
 
 
559 aa  174  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
542 aa  173  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1223  4-phytase  27.73 
 
 
589 aa  173  9e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  28.98 
 
 
537 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  27.24 
 
 
558 aa  172  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  25.78 
 
 
554 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  28.98 
 
 
537 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  28.93 
 
 
519 aa  170  5e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  28.79 
 
 
537 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  28.79 
 
 
537 aa  170  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
544 aa  170  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
549 aa  169  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.16 
 
 
586 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 
520 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  27.73 
 
 
520 aa  167  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
528 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2438  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 
526 aa  167  4e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  28.21 
 
 
586 aa  167  5.9999999999999996e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
545 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  27.68 
 
 
552 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
538 aa  166  8e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
520 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  31.32 
 
 
538 aa  166  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
520 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
520 aa  166  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.68 
 
 
509 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
545 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  28.16 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.36 
 
 
531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 
556 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 
538 aa  164  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
538 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
516 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  29.11 
 
 
558 aa  163  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0174  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
536 aa  163  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
520 aa  163  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 
558 aa  163  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  27.42 
 
 
555 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  26.22 
 
 
520 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
509 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
525 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.95 
 
 
536 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  28.9 
 
 
558 aa  162  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  28.9 
 
 
543 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 
558 aa  162  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  28.9 
 
 
543 aa  162  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>