More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2028 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  100 
 
 		 544 aa  1134    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  43.34 
 
 		 549 aa  466  9.999999999999999e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  43.31 
 
 		 555 aa  457  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1982  extracellular solute-binding protein  42.57 
 
 		 543 aa  452  1.0000000000000001e-126  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17175 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2438  extracellular solute-binding protein  40.42 
 
 		 526 aa  435  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  40.26 
 
 		 535 aa  379  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  39.17 
 
 		 543 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  40 
 
 		 558 aa  363  6e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 545 aa  361  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  36.91 
 
 		 545 aa  349  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2742  extracellular solute-binding protein family 5  38.25 
 
 		 541 aa  348  1e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  36.91 
 
 		 545 aa  348  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  36.67 
 
 		 556 aa  347  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  37.8 
 
 		 525 aa  346  5e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  37.52 
 
 		 555 aa  345  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  38.66 
 
 		 554 aa  344  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  36.29 
 
 		 556 aa  343  5.999999999999999e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.52 
 
 		 543 aa  342  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  35.51 
 
 		 534 aa  342  1e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.52 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.52 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.52 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2437  extracellular solute-binding protein  36.35 
 
 		 554 aa  341  2.9999999999999998e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.52 
 
 		 543 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 545 aa  339  5.9999999999999996e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 		 541 aa  336  7e-91  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 536 aa  335  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  36.4 
 
 		 526 aa  335  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  35.57 
 
 		 547 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  37.7 
 
 		 543 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.7 
 
 		 543 aa  333  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.7 
 
 		 543 aa  333  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 558 aa  333  5e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.7 
 
 		 543 aa  333  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  37.7 
 
 		 543 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.7 
 
 		 558 aa  333  5e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.7 
 
 		 558 aa  333  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  37.52 
 
 		 560 aa  332  7.000000000000001e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 544 aa  333  7.000000000000001e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  37.7 
 
 		 558 aa  332  8e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  36.48 
 
 		 538 aa  332  8e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  36.33 
 
 		 526 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1448  extracellular solute-binding protein family 5  34.35 
 
 		 535 aa  331  2e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  37.17 
 
 		 547 aa  331  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  38.78 
 
 		 538 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2238  extracellular solute-binding protein family 5  35.61 
 
 		 534 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00707838  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 		 552 aa  328  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  35.77 
 
 		 545 aa  327  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  38.06 
 
 		 544 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2024  extracellular solute-binding protein family 5  36.48 
 
 		 536 aa  326  8.000000000000001e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000427312  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 558 aa  325  9e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  34.07 
 
 		 543 aa  326  9e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  37.78 
 
 		 538 aa  325  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  37.14 
 
 		 549 aa  325  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 		 532 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0333  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 		 528 aa  323  4e-87  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.31964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 542 aa  323  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  36.91 
 
 		 541 aa  323  5e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  36.14 
 
 		 537 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  37.04 
 
 		 538 aa  322  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1588  extracellular solute-binding protein family 5  33.94 
 
 		 533 aa  320  3e-86  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 525 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  35.89 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.5 
 
 		 532 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  35.83 
 
 		 525 aa  318  2e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  35.59 
 
 		 545 aa  318  2e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  35.47 
 
 		 559 aa  317  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  35.83 
 
 		 525 aa  316  7e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  34.34 
 
 		 545 aa  316  7e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  35.7 
 
 		 537 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 		 533 aa  315  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  33.82 
 
 		 544 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 533 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 		 561 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1798  murein tripeptide ABC transporter, periplasmic murein peptide-binding protein  34.28 
 
 		 538 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  34.57 
 
 		 537 aa  311  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1906  extracellular solute-binding protein  34.28 
 
 		 538 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2389  murein tripeptide ABC transporter periplasmic murein peptide-binding protein  34.28 
 
 		 538 aa  311  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.536818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  35.34 
 
 		 537 aa  311  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  35.15 
 
 		 537 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  35.15 
 
 		 537 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  35.15 
 
 		 537 aa  309  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  35.34 
 
 		 537 aa  309  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  33.79 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0334  extracellular solute-binding protein  36.33 
 
 		 541 aa  307  3e-82  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.768653  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  33.79 
 
 		 535 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1602  extracellular solute-binding protein family 5  36.17 
 
 		 534 aa  306  8.000000000000001e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2743  extracellular solute-binding protein family 5  34.77 
 
 		 542 aa  305  2.0000000000000002e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000076574  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 		 538 aa  304  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  35.99 
 
 		 529 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  36.9 
 
 		 529 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  36.12 
 
 		 536 aa  301  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 529 aa  300  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_011724  BbuZS7_B15  oligopeptide ABC transporter OppAIV  34.3 
 
 		 530 aa  299  9e-80  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.470524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>