More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3462 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
552 aa  1133    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  63.46 
 
 
528 aa  693    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4639  extracellular solute-binding protein family 5  48.51 
 
 
532 aa  526  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  48.47 
 
 
532 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4272  extracellular solute-binding protein  49.7 
 
 
532 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0380913  normal  0.650765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2885  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
528 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128734  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4787  extracellular solute-binding protein family 5  48.31 
 
 
532 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  47.7 
 
 
535 aa  502  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 
533 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6093  extracellular solute-binding protein family 5  45.04 
 
 
528 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  46.03 
 
 
525 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0538  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  45.83 
 
 
525 aa  472  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461639  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0468  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  46.03 
 
 
525 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  47.31 
 
 
529 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  44.81 
 
 
532 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  47.31 
 
 
529 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  46.91 
 
 
529 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  44.14 
 
 
525 aa  461  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  42.78 
 
 
525 aa  458  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  42.59 
 
 
525 aa  457  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 
545 aa  428  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 
526 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  43.23 
 
 
526 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  43.64 
 
 
526 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 
549 aa  380  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 
561 aa  347  3e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0865  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
544 aa  342  7e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  38.85 
 
 
558 aa  341  2e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  38.27 
 
 
554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.1 
 
 
543 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  36.14 
 
 
555 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1798  murein tripeptide ABC transporter, periplasmic murein peptide-binding protein  38.23 
 
 
538 aa  330  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2389  murein tripeptide ABC transporter periplasmic murein peptide-binding protein  38.23 
 
 
538 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.536818  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1906  extracellular solute-binding protein  38.23 
 
 
538 aa  330  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  37.05 
 
 
560 aa  330  4e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  37.83 
 
 
538 aa  330  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  38.43 
 
 
537 aa  327  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  38.03 
 
 
537 aa  323  6e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 
533 aa  323  6e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  37.83 
 
 
537 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  38.03 
 
 
537 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  37.83 
 
 
537 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 
558 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 
544 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.502409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  35.47 
 
 
559 aa  320  5e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  37.02 
 
 
537 aa  320  5e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  37.19 
 
 
537 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.93 
 
 
558 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  36.94 
 
 
544 aa  318  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  34.15 
 
 
542 aa  318  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  34.93 
 
 
558 aa  317  3e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 
558 aa  317  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.93 
 
 
558 aa  317  3e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  34.93 
 
 
543 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.93 
 
 
543 aa  317  4e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.93 
 
 
543 aa  317  4e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  34.93 
 
 
543 aa  317  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  36.98 
 
 
537 aa  317  5e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 
536 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  35.79 
 
 
547 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.17 
 
 
543 aa  314  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 
556 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.17 
 
 
543 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.17 
 
 
543 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.17 
 
 
543 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.72 
 
 
543 aa  313  4.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  37.42 
 
 
538 aa  313  4.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  34.97 
 
 
543 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  37.22 
 
 
538 aa  312  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  35.58 
 
 
545 aa  309  6.999999999999999e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  34.46 
 
 
541 aa  309  6.999999999999999e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  34.57 
 
 
547 aa  309  9e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1982  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 
543 aa  308  1.0000000000000001e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.17175 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  34.95 
 
 
556 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3050  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 
539 aa  304  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.423075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
545 aa  303  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
545 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.82 
 
 
545 aa  303  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  34.82 
 
 
525 aa  303  7.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  32.92 
 
 
537 aa  302  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 
538 aa  302  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 
545 aa  300  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  32.72 
 
 
535 aa  298  1e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  32.89 
 
 
543 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  34.02 
 
 
544 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  35.1 
 
 
545 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1328  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 
534 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1569  extracellular solute-binding protein  36.02 
 
 
534 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199164  normal  0.0577205 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  32.99 
 
 
544 aa  293  7e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  34.39 
 
 
536 aa  290  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  31.83 
 
 
539 aa  286  5.999999999999999e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.22 
 
 
537 aa  286  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2438  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 
526 aa  282  9e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3311  putative binding protein  33.21 
 
 
535 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43332  normal  0.120975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>