188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1641 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1641  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 588 aa  1165    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0558371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2067  extracellular solute-binding protein  67.9 
 
 		 600 aa  724    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153764  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4973  extracellular solute-binding protein family 5  32.07 
 
 		 557 aa  241  4e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2171  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 580 aa  233  7.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.596914  normal  0.0132313 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2038  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 557 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000868803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4719  4-phytase  26.27 
 
 		 564 aa  147  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0883166  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1553  extracellular solute-binding protein family 5  26.88 
 
 		 587 aa  138  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.525667  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33430  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.56 
 
 		 562 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.175667 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1850  extracellular solute-binding protein family 5  30.38 
 
 		 584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.05 
 
 		 573 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1821  putative peptide transport system substrate-binding protein  28.04 
 
 		 587 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2586  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 603 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.653336  decreased coverage  0.00337365 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5913  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.52 
 
 		 593 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0808698  normal  0.0457082 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0438  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 569 aa  110  5e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000302418 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2982  extracellular solute-binding protein family 5  24.96 
 
 		 573 aa  110  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270832  normal  0.0254721 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5507  extracellular solute-binding protein family 5  23.26 
 
 		 582 aa  108  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.553842  normal  0.243799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2457  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 562 aa  107  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2908  extracellular solute-binding protein family 5  38.39 
 
 		 501 aa  107  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.47 
 
 		 560 aa  106  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2049  extracellular solute-binding protein family 5  31.69 
 
 		 595 aa  103  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.352532  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2193  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 507 aa  102  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0522887  normal  0.720743 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3512  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.62 
 
 		 568 aa  101  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321069  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2296  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 		 584 aa  97.8  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000797709  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5889  extracellular solute-binding protein family 5  25.04 
 
 		 595 aa  93.6  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7148  extracellular solute-binding protein family 5  25.55 
 
 		 586 aa  91.3  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2124  hypothetical protein  24.09 
 
 		 566 aa  90.9  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.415891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.14 
 
 		 540 aa  89.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4557  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 		 570 aa  89.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 540 aa  87  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.82 
 
 		 531 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2400  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 599 aa  82  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.317377  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  26.67 
 
 		 540 aa  82  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 538 aa  79.3  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 531 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 538 aa  75.1  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1289  extracellular solute-binding protein family 5  21.17 
 
 		 610 aa  74.7  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.172232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  24.49 
 
 		 533 aa  73.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33360  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.38 
 
 		 549 aa  72.4  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.722475  normal  0.940695 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5634  hypothetical protein  26.69 
 
 		 568 aa  72  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00869862  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  22.15 
 
 		 544 aa  70.9  0.00000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  24.07 
 
 		 531 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  21.37 
 
 		 544 aa  68.6  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1286  extracellular solute-binding protein family 5  23.9 
 
 		 594 aa  68.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  25.45 
 
 		 539 aa  67.4  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 550 aa  67.4  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12470  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.57 
 
 		 614 aa  67.4  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.185176  normal  0.110435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2178  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 561 aa  67  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.19 
 
 		 537 aa  66.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11050  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  25.89 
 
 		 552 aa  62.8  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.273822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 544 aa  61.2  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0093  oligopeptide-binding protein  25.6 
 
 		 744 aa  60.5  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.386924  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 531 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0988  hypothetical protein  24.48 
 
 		 718 aa  59.7  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0142  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  22.14 
 
 		 551 aa  58.9  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1303  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.173146  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0438  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 549 aa  57.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  23.02 
 
 		 531 aa  57.4  0.0000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1021  hypothetical protein  24.02 
 
 		 718 aa  57  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 501 aa  56.6  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0148  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.55 
 
 		 551 aa  55.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000587403  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  23.27 
 
 		 512 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  23.27 
 
 		 512 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 536 aa  55.8  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  22.43 
 
 		 555 aa  55.8  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 501 aa  55.8  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4296  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 531 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  23.08 
 
 		 512 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  23.08 
 
 		 512 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  23.08 
 
 		 512 aa  55.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 531 aa  55.5  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.41 
 
 		 531 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  25.86 
 
 		 555 aa  54.7  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1182  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 709 aa  54.3  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.256161  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  22.8 
 
 		 517 aa  53.9  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4381  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 543 aa  53.9  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000255213 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1498  hypothetical protein  21.91 
 
 		 586 aa  53.5  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  22.43 
 
 		 532 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1502  hypothetical protein  21.91 
 
 		 586 aa  53.5  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.05 
 
 		 525 aa  53.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 545 aa  53.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2170  extracellular solute-binding protein family 5  21.13 
 
 		 535 aa  52.8  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2848  4-phytase  24.34 
 
 		 563 aa  52.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.540815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 512 aa  52.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  21 
 
 		 543 aa  52.8  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1590  extracellular solute-binding protein family 5  21.78 
 
 		 530 aa  52.4  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.21 
 
 		 543 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.21 
 
 		 543 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 549 aa  52.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.21 
 
 		 543 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.21 
 
 		 543 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  24.21 
 
 		 543 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  21.62 
 
 		 532 aa  52  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 526 aa  51.2  0.00005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 525 aa  51.2  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 543 aa  51.2  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  22.73 
 
 		 525 aa  50.8  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 535 aa  51.2  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3102  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 549 aa  50.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.522775  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1954  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  20.65 
 
 		 542 aa  50.8  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0666582  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  22.19 
 
 		 526 aa  50.8  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>