More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4025 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4025  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  592  1e-168  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1620  LuxR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 287 aa  268  7e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4865  response regulator receiver protein  52.3 
 
 		 281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0959639 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4439  ATP-dependent transcription regulator LuxR  53.36 
 
 		 285 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4526  putative GAF sensor protein  53.36 
 
 		 285 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1565  response regulator receiver protein  51.06 
 
 		 281 aa  237  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4820  putative GAF sensor protein  53.36 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2084  LuxR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3743  transcriptional regulator, LuxR family  45.96 
 
 		 286 aa  193  4e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2809  regulatory protein, LuxR  41.57 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0881  transcriptional regulator, LuxR family  39.16 
 
 		 266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0084  regulatory protein LuxR  37.46 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4194  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  35.85 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0104113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1536  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.413488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2340  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.51 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  43.62 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 229 aa  57  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6705  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.21 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318103  normal  0.0731204 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3714  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.176655 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  32.86 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 216 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0280  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1543  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 156 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.24149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1290  DNA-binding response regulator  55.77 
 
 		 200 aa  54.7  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.29796  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1132  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.41 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.893152  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.78 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  42.86 
 
 		 867 aa  55.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0612  two component LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 231 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.105579 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 194 aa  53.5  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.21 
 
 		 212 aa  53.5  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  42.67 
 
 		 286 aa  53.1  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.33 
 
 		 215 aa  53.1  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 201 aa  52.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 201 aa  52.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5262  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 219 aa  52.8  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1350  LuxR family DNA-binding response regulator  32.26 
 
 		 225 aa  52  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00111586  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 201 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 234 aa  52.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 201 aa  51.6  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2469  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 214 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.126163  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0149  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 201 aa  51.6  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.9 
 
 		 894 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5833  LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 489 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3086  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 226 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2601  regulatory protein LuxR  41.18 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  34.11 
 
 		 196 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  31.25 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 219 aa  51.6  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2458  response regulator receiver  39.71 
 
 		 220 aa  51.6  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0554598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.36 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  42.37 
 
 		 237 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  38.46 
 
 		 223 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1960  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.68 
 
 		 216 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 213 aa  50.8  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  27.19 
 
 		 848 aa  50.8  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  42.37 
 
 		 237 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 246 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0229  putative metal dependent phosphohydrolase  40.85 
 
 		 474 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6980  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 213 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.999676 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1162  two component LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 225 aa  50.8  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.130665  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5304  response regulator receiver protein  46.77 
 
 		 220 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 391 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 220 aa  50.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.3 
 
 		 215 aa  50.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  34.78 
 
 		 665 aa  50.4  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1505  transcriptional regulator, LuxR family  36.56 
 
 		 522 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1152  two component LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 225 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 208 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0654  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.639317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3579  two component LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 217 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.393396  normal  0.0540104 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2084  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 269 aa  50.1  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3273  transcriptional regulator LuxR family  44.26 
 
 		 241 aa  50.1  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 210 aa  50.1  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1509  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 221 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.198395  normal  0.0597777 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 220 aa  50.1  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0348  putative GAF sensor protein  41.94 
 
 		 341 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1971  two component LuxR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 216 aa  49.7  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.356635  normal  0.773651 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4001  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 217 aa  49.7  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.380782  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 188 aa  49.7  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0796  LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 82 aa  49.7  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548535  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1641  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.1 
 
 		 201 aa  49.7  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.7 
 
 		 222 aa  49.7  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 225 aa  49.3  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 226 aa  49.3  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0857  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 211 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00237341  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 247 aa  49.3  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 232 aa  49.3  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3765  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 140 aa  49.7  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 211 aa  49.3  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1151  two component LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 225 aa  49.3  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6692  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 570 aa  49.3  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 223 aa  49.3  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 207 aa  49.3  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 208 aa  49.3  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>