165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2088 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2088  recombinase  100 
 
 		 829 aa  1660    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.929661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7609  resolvase domain-containing protein  42.54 
 
 		 690 aa  512  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918322 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6949  resolvase domain-containing protein  39.88 
 
 		 694 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.399551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7628  resolvase domain-containing protein  39.88 
 
 		 694 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616048 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7439  resolvase domain-containing protein  39.88 
 
 		 694 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.185092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4901  resolvase domain-containing protein  39.88 
 
 		 694 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.954414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4855  resolvase domain-containing protein  39.88 
 
 		 694 aa  425  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0344697  normal  0.666269 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1378  transposon orf3  41.55 
 
 		 694 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.416601  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2790  recombinase  39.61 
 
 		 692 aa  395  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.359008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3290  resolvase domain-containing protein  39.89 
 
 		 579 aa  392  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4918  resolvase domain-containing protein  36.99 
 
 		 689 aa  359  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.79279 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3420  resolvase domain-containing protein  36.99 
 
 		 689 aa  359  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408833  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4640  recombinase  36.42 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4704  recombinase  36.42 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.172912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0415  recombinase  36.42 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.030164 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0165  excisionase/Xis, DNA-binding  35.95 
 
 		 685 aa  327  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0458  resolvase domain-containing protein  42.15 
 
 		 722 aa  318  2e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3901  recombinase  35.81 
 
 		 689 aa  311  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3392  resolvase domain-containing protein  36.72 
 
 		 689 aa  280  7e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6777  resolvase domain-containing protein  38.74 
 
 		 656 aa  265  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4395  resolvase-like protein  32.99 
 
 		 617 aa  243  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0338  Resolvase domain protein  38.72 
 
 		 385 aa  196  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0236836  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4797  Resolvase domain protein  38.72 
 
 		 385 aa  196  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0282  resolvase-like protein  48.63 
 
 		 184 aa  151  5e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1034  Resolvase domain protein  26.15 
 
 		 534 aa  94  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0817  Resolvase domain protein  26.59 
 
 		 534 aa  92  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  25.92 
 
 		 534 aa  91.3  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0770  Resolvase domain protein  26.12 
 
 		 537 aa  91.7  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1216  Resolvase domain protein  26.12 
 
 		 534 aa  89.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.766992  hitchhiker  0.00144818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0894  Resolvase domain protein  26.12 
 
 		 534 aa  89.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0628  Resolvase domain protein  25.29 
 
 		 534 aa  87.8  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3478  hypothetical protein  39.86 
 
 		 153 aa  87.4  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.271395 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  25.92 
 
 		 475 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0958  Resolvase domain protein  26.82 
 
 		 537 aa  82.4  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.560129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  19.79 
 
 		 542 aa  82.4  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  19.79 
 
 		 542 aa  82.4  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  19.79 
 
 		 542 aa  81.6  0.00000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  20.53 
 
 		 535 aa  81.3  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  24.71 
 
 		 565 aa  81.6  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3073  hypothetical protein  45.26 
 
 		 125 aa  78.2  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706022  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  24.16 
 
 		 517 aa  77.8  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  24.14 
 
 		 498 aa  76.6  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  26.92 
 
 		 562 aa  73.9  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  22.41 
 
 		 553 aa  72.8  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0594  Resolvase domain protein  25.21 
 
 		 525 aa  69.7  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  24.3 
 
 		 586 aa  69.7  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1527  Resolvase domain protein  22.87 
 
 		 431 aa  68.6  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144014  hitchhiker  0.00000000612209 
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  22.76 
 
 		 519 aa  68.6  0.0000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  26.14 
 
 		 485 aa  68.6  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8022  hypothetical protein  28.63 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  22.51 
 
 		 429 aa  67  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  22.26 
 
 		 506 aa  66.2  0.000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  25.65 
 
 		 601 aa  66.6  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  22.01 
 
 		 526 aa  66.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  25.65 
 
 		 578 aa  65.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4166  recombinase  24.18 
 
 		 460 aa  65.5  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167071  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  25.42 
 
 		 558 aa  65.1  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  24.24 
 
 		 606 aa  64.7  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  24.24 
 
 		 606 aa  64.7  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  25.1 
 
 		 597 aa  64.7  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  23.18 
 
 		 552 aa  64.7  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  26.62 
 
 		 465 aa  64.3  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  24.13 
 
 		 516 aa  64.3  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  22.29 
 
 		 528 aa  63.9  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  22.29 
 
 		 528 aa  64.3  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  22.25 
 
 		 479 aa  64.3  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  24.34 
 
 		 522 aa  64.3  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  22.15 
 
 		 518 aa  63.5  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  22.56 
 
 		 523 aa  63.2  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  25 
 
 		 613 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  25.48 
 
 		 524 aa  63.5  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0886  resolvase domain-containing protein  22.43 
 
 		 511 aa  63.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  24.14 
 
 		 516 aa  63.5  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2617  resolvase domain-containing protein  22.22 
 
 		 445 aa  62.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0540166  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0417  DNA recombinase, putative  20.78 
 
 		 520 aa  62  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  22 
 
 		 484 aa  62.4  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  24.23 
 
 		 540 aa  62  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  22.68 
 
 		 523 aa  61.6  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  23.21 
 
 		 522 aa  61.2  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  24.95 
 
 		 626 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  22 
 
 		 484 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  21.92 
 
 		 523 aa  60.8  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1501  hypothetical protein  24.36 
 
 		 512 aa  59.7  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.420622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0891  putative site-specific integrase/recombinase protein  24.1 
 
 		 460 aa  60.1  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  21.2 
 
 		 523 aa  59.7  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2857  resolvase domain-containing protein  22.12 
 
 		 445 aa  59.7  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564499  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2143  Recombinase  22.34 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1227  resolvase domain-containing protein  23.17 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.254859 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  21.21 
 
 		 527 aa  58.9  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1795  resolvase domain protein  23.42 
 
 		 558 aa  58.9  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  21.02 
 
 		 521 aa  58.5  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  21.58 
 
 		 534 aa  58.2  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  27.22 
 
 		 564 aa  57.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2336  resolvase  29.01 
 
 		 532 aa  57  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.930487 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2866  Resolvase domain protein  24.86 
 
 		 525 aa  57.4  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.376058  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5207  Resolvase domain protein  28.66 
 
 		 598 aa  57.4  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  20.47 
 
 		 519 aa  57.4  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  21.4 
 
 		 539 aa  56.2  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  24.95 
 
 		 576 aa  57  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  23.39 
 
 		 549 aa  56.6  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>