134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2790 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2790  recombinase  100 
 
 		 692 aa  1414    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.359008  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4855  resolvase domain-containing protein  52.25 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0344697  normal  0.666269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4901  resolvase domain-containing protein  52.25 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.954414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6949  resolvase domain-containing protein  52.25 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.399551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7439  resolvase domain-containing protein  52.25 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.185092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7628  resolvase domain-containing protein  52.25 
 
 		 694 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616048 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1378  transposon orf3  55.44 
 
 		 694 aa  744    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.416601  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7609  resolvase domain-containing protein  40.09 
 
 		 690 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0458  resolvase domain-containing protein  40 
 
 		 722 aa  385  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2088  recombinase  39.55 
 
 		 829 aa  365  1e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.929661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4918  resolvase domain-containing protein  34.99 
 
 		 689 aa  357  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.79279 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3420  resolvase domain-containing protein  34.99 
 
 		 689 aa  357  3.9999999999999996e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408833  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3901  recombinase  36.06 
 
 		 689 aa  350  6e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6777  resolvase domain-containing protein  43.37 
 
 		 656 aa  349  9e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0165  excisionase/Xis, DNA-binding  35.27 
 
 		 685 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4640  recombinase  33.33 
 
 		 689 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4704  recombinase  33.33 
 
 		 689 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.172912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0415  recombinase  33.33 
 
 		 689 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.030164 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3290  resolvase domain-containing protein  35.1 
 
 		 579 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3392  resolvase domain-containing protein  34.74 
 
 		 689 aa  312  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4395  resolvase-like protein  33.67 
 
 		 617 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0338  Resolvase domain protein  38.51 
 
 		 385 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0236836  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4797  Resolvase domain protein  38.51 
 
 		 385 aa  219  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0282  resolvase-like protein  49.1 
 
 		 184 aa  143  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3478  hypothetical protein  40.43 
 
 		 153 aa  99.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.271395 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1795  resolvase domain protein  24.04 
 
 		 558 aa  87  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  23.74 
 
 		 528 aa  83.2  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  23.54 
 
 		 528 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3073  hypothetical protein  42.31 
 
 		 125 aa  78.6  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706022  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  23.12 
 
 		 553 aa  76.3  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  25.13 
 
 		 516 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2470  recombinase  49.4 
 
 		 100 aa  75.5  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  24.87 
 
 		 516 aa  74.7  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1501  hypothetical protein  25.26 
 
 		 512 aa  70.9  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.420622  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  26.13 
 
 		 485 aa  68.2  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  21.87 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  23.05 
 
 		 535 aa  65.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  24.19 
 
 		 534 aa  65.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0817  Resolvase domain protein  23.66 
 
 		 534 aa  64.7  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  25 
 
 		 586 aa  62.8  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8022  hypothetical protein  26.19 
 
 		 279 aa  63.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1216  Resolvase domain protein  23.72 
 
 		 534 aa  62  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.766992  hitchhiker  0.00144818 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0172  recombinase  22.4 
 
 		 545 aa  61.2  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  23.99 
 
 		 475 aa  61.2  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1034  Resolvase domain protein  23.26 
 
 		 534 aa  61.2  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  22.61 
 
 		 606 aa  60.8  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  22.61 
 
 		 606 aa  60.8  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0628  Resolvase domain protein  23.72 
 
 		 534 aa  60.1  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0894  Resolvase domain protein  23.49 
 
 		 534 aa  60.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0770  Resolvase domain protein  23.26 
 
 		 537 aa  59.7  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  21.35 
 
 		 498 aa  58.9  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  21.83 
 
 		 534 aa  58.5  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  25.87 
 
 		 548 aa  55.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2971  resolvase domain-containing protein  22.32 
 
 		 474 aa  55.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0952966  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0958  Resolvase domain protein  23.49 
 
 		 537 aa  55.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.560129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  19.47 
 
 		 542 aa  55.5  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  19.47 
 
 		 542 aa  55.5  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  19.47 
 
 		 542 aa  55.1  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  26.55 
 
 		 562 aa  55.5  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  25.4 
 
 		 515 aa  54.7  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2731  Resolvase domain protein  22.18 
 
 		 526 aa  55.1  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2087  recombinase  23.25 
 
 		 447 aa  54.7  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0591459 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2176  site-specific recombinase, putative  20.97 
 
 		 612 aa  54.3  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  23.85 
 
 		 565 aa  54.3  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.93 
 
 		 487 aa  53.9  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1608  putative resolvase  23.91 
 
 		 502 aa  53.9  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0886  resolvase domain-containing protein  21.36 
 
 		 511 aa  53.9  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  21.49 
 
 		 442 aa  53.9  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2498  cassette chromosome recombinase A  20.58 
 
 		 449 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2714  putative cassette chromosome recombinase resolvase, CcrB like  25.5 
 
 		 641 aa  53.5  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0173703  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2797  Resolvase domain protein  24.17 
 
 		 525 aa  53.9  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.501781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2866  Resolvase domain protein  23.43 
 
 		 525 aa  53.5  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.376058  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4207  Recombinase  23.84 
 
 		 506 aa  52.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0141412 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1526  Resolvase domain protein  21.96 
 
 		 552 aa  53.1  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00555834  hitchhiker  0.00000415828 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2606  resolvase family site-specific recombinase  23.08 
 
 		 534 aa  53.1  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  24.54 
 
 		 546 aa  52.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  26.18 
 
 		 539 aa  52.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  21.3 
 
 		 462 aa  52.4  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1527  Resolvase domain protein  22.71 
 
 		 431 aa  52  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144014  hitchhiker  0.00000000612209 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0049  resolvase domain-containing protein  22.82 
 
 		 449 aa  51.6  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0050  resolvase domain-containing protein  22.82 
 
 		 449 aa  51.6  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1738  Resolvase domain  23.2 
 
 		 505 aa  51.6  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204025 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2729  Resolvase domain protein  20.11 
 
 		 535 aa  51.6  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  20.62 
 
 		 523 aa  51.2  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2857  resolvase domain-containing protein  22.09 
 
 		 445 aa  51.2  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564499  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  19.93 
 
 		 523 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  25.08 
 
 		 578 aa  50.4  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  25.08 
 
 		 601 aa  50.4  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7341  Resolvase domain protein  25 
 
 		 295 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  18.92 
 
 		 506 aa  49.7  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1227  resolvase domain-containing protein  23.49 
 
 		 441 aa  49.7  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.254859 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2668  resolvase domain-containing protein  21.49 
 
 		 445 aa  49.3  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  21.53 
 
 		 421 aa  49.7  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  24.58 
 
 		 558 aa  49.3  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  20.06 
 
 		 522 aa  49.3  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  21.47 
 
 		 506 aa  49.7  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  20.33 
 
 		 519 aa  49.7  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  24.34 
 
 		 532 aa  49.3  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  24.81 
 
 		 597 aa  48.9  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0248  resolvase domain-containing protein  26.29 
 
 		 524 aa  48.9  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000541084  hitchhiker  0.00459613 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>