173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3901 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0165  excisionase/Xis, DNA-binding  54.22 
 
 
685 aa  750    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4395  resolvase-like protein  59.84 
 
 
617 aa  722    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3901  recombinase  100 
 
 
689 aa  1407    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4918  resolvase domain-containing protein  44.19 
 
 
689 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.79279 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3420  resolvase domain-containing protein  44.19 
 
 
689 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408833  normal  0.207789 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4640  recombinase  43.17 
 
 
689 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4704  recombinase  43.17 
 
 
689 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.172912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0415  recombinase  43.17 
 
 
689 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.030164 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3392  resolvase domain-containing protein  41.55 
 
 
689 aa  484  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7609  resolvase domain-containing protein  35.25 
 
 
690 aa  378  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.918322 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1378  transposon orf3  36.07 
 
 
694 aa  361  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.416601  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2790  recombinase  36.06 
 
 
692 aa  354  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.359008  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6949  resolvase domain-containing protein  34.91 
 
 
694 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.399551  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7439  resolvase domain-containing protein  34.91 
 
 
694 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.185092  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4855  resolvase domain-containing protein  34.91 
 
 
694 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0344697  normal  0.666269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4901  resolvase domain-containing protein  34.91 
 
 
694 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.954414  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7628  resolvase domain-containing protein  34.91 
 
 
694 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.616048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0458  resolvase domain-containing protein  35.3 
 
 
722 aa  328  3e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2088  recombinase  35.81 
 
 
829 aa  291  2e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.929661  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6777  resolvase domain-containing protein  40.63 
 
 
656 aa  283  7.000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4797  Resolvase domain protein  44.41 
 
 
385 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0338  Resolvase domain protein  44.41 
 
 
385 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0236836  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3290  resolvase domain-containing protein  31 
 
 
579 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0282  resolvase-like protein  60.98 
 
 
184 aa  197  6e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3073  hypothetical protein  84.04 
 
 
125 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706022  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8022  hypothetical protein  33.21 
 
 
279 aa  112  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3478  hypothetical protein  42.28 
 
 
153 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.271395 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  25.7 
 
 
528 aa  92  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  25.7 
 
 
528 aa  90.1  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  27.23 
 
 
485 aa  88.2  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  26.7 
 
 
540 aa  84  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3511  hypothetical protein  41.6 
 
 
234 aa  83.2  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.161904  normal  0.581305 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  22.17 
 
 
542 aa  75.5  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  22.17 
 
 
542 aa  75.5  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  25.49 
 
 
586 aa  75.5  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  20.97 
 
 
542 aa  74.3  0.000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  24.18 
 
 
539 aa  74.3  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1227  resolvase domain-containing protein  24.93 
 
 
441 aa  73.9  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.254859 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2866  Resolvase domain protein  26.19 
 
 
525 aa  72.8  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.376058  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2797  Resolvase domain protein  26.17 
 
 
525 aa  71.6  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.501781  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8272  insertion sequence ATP-binding protein  31.25 
 
 
169 aa  70.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.675942  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  23.58 
 
 
527 aa  70.1  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1561  resolvase-like protein  25 
 
 
546 aa  69.3  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.571827 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  21.54 
 
 
546 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  24.18 
 
 
521 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  23.56 
 
 
498 aa  68.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  24.4 
 
 
522 aa  68.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0817  Resolvase domain protein  25.45 
 
 
534 aa  68.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2087  recombinase  23 
 
 
447 aa  68.2  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0591459 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0886  resolvase domain-containing protein  23.61 
 
 
511 aa  67.8  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2857  resolvase domain-containing protein  23.63 
 
 
445 aa  67.4  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564499  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2617  resolvase domain-containing protein  23.63 
 
 
445 aa  67.4  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0540166  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0894  Resolvase domain protein  27.13 
 
 
534 aa  66.6  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0770  Resolvase domain protein  27.13 
 
 
537 aa  67  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.872914  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1216  Resolvase domain protein  27.13 
 
 
534 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.766992  hitchhiker  0.00144818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  24.33 
 
 
534 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1034  Resolvase domain protein  27.13 
 
 
534 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  24.21 
 
 
532 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0628  Resolvase domain protein  26.74 
 
 
534 aa  64.7  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0958  Resolvase domain protein  26.74 
 
 
537 aa  64.7  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.560129  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2762  cellulose binding, type IV  24.64 
 
 
449 aa  64.3  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000724406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2714  putative cassette chromosome recombinase resolvase, CcrB like  27.72 
 
 
641 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0173703  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4166  recombinase  31.01 
 
 
460 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167071  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2606  resolvase family site-specific recombinase  23.16 
 
 
534 aa  62  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0913  resolvase domain-containing protein  22.7 
 
 
554 aa  62  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.955385  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1738  Resolvase domain  22.15 
 
 
505 aa  60.8  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0204025 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0172  recombinase  26.98 
 
 
545 aa  60.8  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  23.6 
 
 
562 aa  60.5  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  21.19 
 
 
484 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3094  recombinase  24.7 
 
 
386 aa  60.1  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  21.19 
 
 
484 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  21.16 
 
 
515 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  22.57 
 
 
522 aa  59.7  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2777  recombinase  22.76 
 
 
441 aa  59.3  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  23.86 
 
 
606 aa  58.5  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  20.74 
 
 
522 aa  58.5  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0336  Resolvase domain  24.29 
 
 
500 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.484454  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1795  resolvase domain protein  24.23 
 
 
558 aa  58.5  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2971  resolvase domain-containing protein  26.11 
 
 
474 aa  58.5  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0952966  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  23.86 
 
 
606 aa  58.5  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  23.08 
 
 
517 aa  58.2  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  23.25 
 
 
665 aa  58.2  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  22.74 
 
 
475 aa  57.8  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  29.11 
 
 
546 aa  57.8  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_002978  WD0288  prophage LambdaW1, site-specific recombinase resolvase family protein  22.25 
 
 
500 aa  57.4  0.0000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0876  TnpX site-specific recombinase family protein  21.02 
 
 
550 aa  57.4  0.0000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  24.42 
 
 
475 aa  57.4  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3976  resolvase domain-containing protein  23.02 
 
 
415 aa  57.4  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0634  prophage LambdaW5, site-specific recombinase resolvase family protein  20.87 
 
 
489 aa  57.4  0.0000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1467  site-specific recombinase, putative  23.9 
 
 
551 aa  57.4  0.0000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00705906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2926  resolvase domain-containing protein  22.76 
 
 
441 aa  57.4  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.855729  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2945  resolvase  27.19 
 
 
550 aa  57.4  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0274  resolvase domain-containing protein  23.32 
 
 
580 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3247  putative site-specific integrase protein  23.95 
 
 
462 aa  55.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.964648 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0190  Resolvase domain protein  24.66 
 
 
537 aa  56.6  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0273  resolvase domain-containing protein  23.31 
 
 
500 aa  56.6  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  26.64 
 
 
465 aa  56.2  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  24.48 
 
 
429 aa  56.6  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1522  resolvase domain-containing protein  24.04 
 
 
568 aa  56.2  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40814  normal  0.455873 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  24.45 
 
 
540 aa  55.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>