146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4012 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  60.26 
 
 		 775 aa  924    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  83.87 
 
 		 777 aa  1353    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  72.57 
 
 		 777 aa  1175    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  83.72 
 
 		 777 aa  1353    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  73.45 
 
 		 776 aa  1181    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  99.61 
 
 		 777 aa  1604    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  99.49 
 
 		 777 aa  1600    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  100 
 
 		 777 aa  1611    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  59.97 
 
 		 775 aa  927    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  40.56 
 
 		 763 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  40.43 
 
 		 763 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0946  D5 family nucleoside triphosphatase  50.66 
 
 		 605 aa  475  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0622  P4 family phage/plasmid primase  49.21 
 
 		 477 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.77951  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0533  phage DNA primase-like protein  31.07 
 
 		 636 aa  203  9e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0606801  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  39.38 
 
 		 895 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.89 
 
 		 678 aa  184  6e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  38.79 
 
 		 681 aa  184  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  38.6 
 
 		 681 aa  184  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  37.34 
 
 		 890 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  37.14 
 
 		 890 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  36.66 
 
 		 899 aa  164  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  35.53 
 
 		 878 aa  150  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  35.97 
 
 		 273 aa  147  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  30.61 
 
 		 368 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.24 
 
 		 929 aa  135  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  32.99 
 
 		 338 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4533  P4 family phage/plasmid primase  31.71 
 
 		 1172 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4492  phage/plasmid primase, P4 family  31.71 
 
 		 1172 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5628  P4 family phage/plasmid primase  30.04 
 
 		 1145 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000865428 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2662  Phage/plasmid primase P4-like protein  28.15 
 
 		 632 aa  104  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  32.52 
 
 		 813 aa  95.9  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  30.48 
 
 		 336 aa  92.8  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  30.43 
 
 		 309 aa  93.2  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5581  primase P4  24.43 
 
 		 1000 aa  91.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  38.04 
 
 		 275 aa  89  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  34.58 
 
 		 782 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  45.31 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  25.93 
 
 		 336 aa  83.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  33.51 
 
 		 848 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1367  P4 family phage/plasmid primase  28.08 
 
 		 524 aa  83.2  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.357272  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  27.18 
 
 		 739 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  29.65 
 
 		 277 aa  79  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  31.37 
 
 		 303 aa  79.3  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  30.3 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  32.6 
 
 		 818 aa  77.8  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5359  P4 family phage/plasmid primase  24.07 
 
 		 531 aa  77.8  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00485157  hitchhiker  0.00000000000000190106 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  32.47 
 
 		 746 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.79 
 
 		 1077 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  34.38 
 
 		 955 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  28.25 
 
 		 1389 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  49.28 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  34.16 
 
 		 272 aa  73.9  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  46.15 
 
 		 797 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  39.22 
 
 		 297 aa  72.8  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  29.13 
 
 		 1557 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  41.51 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  34.33 
 
 		 950 aa  70.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1734  P4 family phage/plasmid primase  23.91 
 
 		 624 aa  69.7  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  27.52 
 
 		 717 aa  70.1  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  28.18 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  25.84 
 
 		 717 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  34.38 
 
 		 955 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  34.38 
 
 		 950 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  29.47 
 
 		 833 aa  67.8  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0727  hypothetical protein  40.66 
 
 		 847 aa  67.8  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  34.98 
 
 		 958 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  34.98 
 
 		 958 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  46.97 
 
 		 355 aa  67  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  27.31 
 
 		 736 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3115  P4 family phage/plasmid primase  25.16 
 
 		 695 aa  66.2  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00327339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  27.54 
 
 		 744 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2911  P4 family phage/plasmid primase  24.32 
 
 		 769 aa  66.6  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  31.73 
 
 		 778 aa  65.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  34.48 
 
 		 953 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  34.98 
 
 		 953 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  38.64 
 
 		 637 aa  64.7  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_013749  Htur_5275  phage/plasmid primase, P4 family  25.73 
 
 		 1285 aa  64.7  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.413265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1315  Phage/plasmid primase P4-like  21.47 
 
 		 771 aa  64.3  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  32.53 
 
 		 1448 aa  63.9  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  30.41 
 
 		 1255 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1052  plasmid/phage primase  22.22 
 
 		 828 aa  63.9  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0990831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  25.09 
 
 		 717 aa  63.5  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  33.77 
 
 		 354 aa  63.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  27.51 
 
 		 621 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  31.93 
 
 		 1448 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  31.33 
 
 		 621 aa  62.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  28.63 
 
 		 621 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  49.06 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  49.06 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  27.03 
 
 		 986 aa  62  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5782  P4 family phage/plasmid primase  26.07 
 
 		 978 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2551  P4 family phage/plasmid primase  22.13 
 
 		 507 aa  62  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00685324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0819  phage DNA polymerase  21.72 
 
 		 501 aa  61.2  0.00000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.020371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  35.51 
 
 		 896 aa  61.6  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  45.71 
 
 		 341 aa  60.1  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2363  P4 family phage/plasmid primase  23.21 
 
 		 900 aa  59.3  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.134439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  28.67 
 
 		 644 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2797  P4 family phage/plasmid primase  26.1 
 
 		 782 aa  59.3  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  40.54 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  33.08 
 
 		 1580 aa  58.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>