82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1360 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  100 
 
 		 272 aa  564  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  60 
 
 		 813 aa  319  3e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  53.51 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  49.06 
 
 		 746 aa  242  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  45.79 
 
 		 278 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  48.89 
 
 		 848 aa  238  8e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  43.07 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  40.29 
 
 		 271 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  37.96 
 
 		 782 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  36.21 
 
 		 778 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  41.05 
 
 		 818 aa  155  7e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  37.1 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  35.29 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  48.73 
 
 		 797 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  36.49 
 
 		 1448 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  32.3 
 
 		 326 aa  128  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  36.14 
 
 		 1448 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  45 
 
 		 955 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  35 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  42.08 
 
 		 950 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  38.89 
 
 		 953 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  33.46 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  32.98 
 
 		 986 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  42.39 
 
 		 958 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  42.39 
 
 		 958 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  41.85 
 
 		 953 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  33.46 
 
 		 621 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  42.39 
 
 		 955 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  31.16 
 
 		 739 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  42.93 
 
 		 950 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  32.53 
 
 		 736 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  32.27 
 
 		 1580 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  32.81 
 
 		 357 aa  112  9e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  33.46 
 
 		 1495 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  35.24 
 
 		 368 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  28.62 
 
 		 833 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  30.3 
 
 		 744 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  31.91 
 
 		 1255 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  33.9 
 
 		 338 aa  106  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1077 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  27.68 
 
 		 430 aa  99.8  4e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  25.84 
 
 		 408 aa  92.8  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  28.52 
 
 		 1557 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  25.93 
 
 		 357 aa  92.8  6e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  25.93 
 
 		 411 aa  92  8e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  28.87 
 
 		 1389 aa  92  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  29.51 
 
 		 523 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  32.72 
 
 		 890 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  32.1 
 
 		 890 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  32.48 
 
 		 776 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  32.08 
 
 		 896 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  34.67 
 
 		 777 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  36.8 
 
 		 775 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  32.74 
 
 		 777 aa  79.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  36.05 
 
 		 878 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  36 
 
 		 775 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  35.51 
 
 		 777 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  35.51 
 
 		 777 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  35.71 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  37.27 
 
 		 777 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  30.85 
 
 		 899 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  28.29 
 
 		 835 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  35.29 
 
 		 777 aa  73.2  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  43.14 
 
 		 128 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.59 
 
 		 681 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  35.67 
 
 		 929 aa  68.2  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.81 
 
 		 681 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.81 
 
 		 678 aa  67  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  33.74 
 
 		 763 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  33.74 
 
 		 763 aa  65.1  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  29.49 
 
 		 273 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  29.26 
 
 		 621 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  30.29 
 
 		 620 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  29.86 
 
 		 621 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.3 
 
 		 895 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  29.71 
 
 		 637 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  26.7 
 
 		 615 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  26.7 
 
 		 615 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  29.34 
 
 		 644 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  26.18 
 
 		 615 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  33.33 
 
 		 269 aa  50.8  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1624  primase 2  24.48 
 
 		 309 aa  42.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>