99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2483 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  96.52 
 
 		 746 aa  1389    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  100 
 
 		 848 aa  1725    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0362  hypothetical protein  45.36 
 
 		 518 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.843142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16940  hypothetical protein  48.4 
 
 		 571 aa  346  1e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1000  hypothetical protein  43.02 
 
 		 430 aa  342  2e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  50 
 
 		 813 aa  263  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  51.67 
 
 		 275 aa  259  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  47.81 
 
 		 277 aa  242  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  48.89 
 
 		 272 aa  235  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  48 
 
 		 278 aa  234  6e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12671  phiRv2 prophage protein  39.73 
 
 		 475 aa  209  1e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00480822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  42.96 
 
 		 818 aa  209  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1212  putative phiRv2 prophage protein  37.76 
 
 		 410 aa  208  4e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  57.73 
 
 		 797 aa  205  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  43.71 
 
 		 782 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  39.94 
 
 		 778 aa  197  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1287  hypothetical protein  37.17 
 
 		 701 aa  194  6e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1450  hypothetical protein  39.67 
 
 		 443 aa  189  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  42.75 
 
 		 271 aa  184  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1298  hypothetical protein  35.12 
 
 		 732 aa  179  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0174  hypothetical protein  30.13 
 
 		 383 aa  168  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  36.42 
 
 		 739 aa  167  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  48 
 
 		 950 aa  158  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  36.49 
 
 		 297 aa  157  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  46.02 
 
 		 958 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  38.66 
 
 		 736 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  45.09 
 
 		 955 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  46.02 
 
 		 958 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  48.5 
 
 		 955 aa  153  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  45.54 
 
 		 950 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  45.8 
 
 		 953 aa  148  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  39.1 
 
 		 326 aa  147  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  39.79 
 
 		 326 aa  147  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4162  hypothetical protein  34.89 
 
 		 429 aa  146  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.363234  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  47.52 
 
 		 953 aa  145  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  35.65 
 
 		 1255 aa  144  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  36.54 
 
 		 1580 aa  142  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  35.99 
 
 		 354 aa  141  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  37.1 
 
 		 621 aa  140  7e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  32.45 
 
 		 986 aa  140  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  37.42 
 
 		 1495 aa  138  5e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  33.55 
 
 		 744 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  35.42 
 
 		 1448 aa  135  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  34.33 
 
 		 1557 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  35.42 
 
 		 1448 aa  135  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  34.08 
 
 		 357 aa  134  5e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  34.67 
 
 		 1389 aa  134  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  29.87 
 
 		 833 aa  127  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  28.03 
 
 		 357 aa  126  2e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  28.03 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  27.83 
 
 		 408 aa  117  6.9999999999999995e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  33.68 
 
 		 368 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  30.79 
 
 		 1077 aa  111  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  31.72 
 
 		 303 aa  108  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  34.51 
 
 		 338 aa  107  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  28.1 
 
 		 430 aa  106  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  34.98 
 
 		 896 aa  98.6  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  34.24 
 
 		 637 aa  98.2  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  34.44 
 
 		 644 aa  97.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  31.25 
 
 		 681 aa  94.4  9e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  37.35 
 
 		 890 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  37.35 
 
 		 890 aa  94  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  43.97 
 
 		 128 aa  92.4  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  33.69 
 
 		 523 aa  90.5  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.3 
 
 		 681 aa  89.7  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  32.92 
 
 		 835 aa  88.6  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.5 
 
 		 678 aa  88.6  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  35 
 
 		 775 aa  84.7  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  32.42 
 
 		 777 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  32.67 
 
 		 777 aa  82.8  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  32.7 
 
 		 621 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  33.2 
 
 		 621 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  33.51 
 
 		 777 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  33.75 
 
 		 775 aa  79.7  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  33.51 
 
 		 777 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  33.51 
 
 		 777 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  29.71 
 
 		 776 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  37.42 
 
 		 878 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  32.8 
 
 		 899 aa  75.9  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  29.78 
 
 		 620 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.87 
 
 		 895 aa  74.7  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  33.02 
 
 		 615 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  33.02 
 
 		 615 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  32.56 
 
 		 615 aa  72  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  33.93 
 
 		 763 aa  71.6  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  33.93 
 
 		 763 aa  71.6  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  37.3 
 
 		 929 aa  70.1  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.93 
 
 		 273 aa  69.3  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_220  hypothetical protein  28.14 
 
 		 727 aa  66.6  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  29.53 
 
 		 777 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0321  hypothetical protein  26.14 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0212  hypothetical protein  26.16 
 
 		 731 aa  60.5  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2298  hypothetical protein  36.84 
 
 		 270 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1624  primase 2  28.19 
 
 		 309 aa  55.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  35.23 
 
 		 269 aa  50.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  26.21 
 
 		 328 aa  48.5  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1485  hypothetical protein  68.57 
 
 		 35 aa  47  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.570395 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2260  DNA primase-like protein  21.1 
 
 		 922 aa  46.6  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1658  hypothetical protein  24.71 
 
 		 694 aa  44.7  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.261922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>