103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2406 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  100 
 
 		 797 aa  1636    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1283  AAA ATPase  49.71 
 
 		 392 aa  307  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0261303  normal  0.841625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4351  hypothetical protein  50 
 
 		 395 aa  299  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2969  hypothetical protein  44.83 
 
 		 412 aa  278  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.746485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  45.37 
 
 		 950 aa  238  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  45.05 
 
 		 953 aa  228  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  46.01 
 
 		 953 aa  227  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  45.86 
 
 		 958 aa  227  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  45.86 
 
 		 958 aa  227  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  52.63 
 
 		 746 aa  226  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  52.68 
 
 		 848 aa  225  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3697  TOPRIM  37.08 
 
 		 512 aa  224  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  43.77 
 
 		 955 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  45.22 
 
 		 955 aa  220  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  45.54 
 
 		 950 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3667  hypothetical protein  35.29 
 
 		 518 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.333104  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  36.07 
 
 		 637 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  49.19 
 
 		 813 aa  171  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  47 
 
 		 278 aa  169  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  41 
 
 		 818 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  35.49 
 
 		 644 aa  165  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  48.26 
 
 		 275 aa  163  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  32.98 
 
 		 620 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  46.52 
 
 		 277 aa  153  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  34.78 
 
 		 615 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  41.94 
 
 		 271 aa  144  8e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  46.43 
 
 		 272 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  34.78 
 
 		 615 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  34.49 
 
 		 615 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  34.76 
 
 		 621 aa  139  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  41.07 
 
 		 782 aa  135  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  32.54 
 
 		 621 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  35.93 
 
 		 778 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1624  primase 2  31.43 
 
 		 309 aa  121  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  36.41 
 
 		 297 aa  115  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  37.1 
 
 		 739 aa  114  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  36.48 
 
 		 744 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  37.61 
 
 		 326 aa  114  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  37.81 
 
 		 354 aa  108  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  37.81 
 
 		 621 aa  108  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  45.11 
 
 		 736 aa  107  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  37.81 
 
 		 357 aa  107  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  37.7 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  37.81 
 
 		 1495 aa  104  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  33.47 
 
 		 1557 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  32.94 
 
 		 1389 aa  103  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  38.39 
 
 		 326 aa  101  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  27.11 
 
 		 681 aa  101  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  32.88 
 
 		 338 aa  99  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  27.11 
 
 		 681 aa  99.4  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2513  hypothetical protein  29.29 
 
 		 536 aa  98.6  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450265 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  30.62 
 
 		 1255 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  28.32 
 
 		 833 aa  94.4  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  27.11 
 
 		 678 aa  94.4  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  35.22 
 
 		 1580 aa  94  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  32.79 
 
 		 986 aa  91.3  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  25.27 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  25.27 
 
 		 357 aa  88.6  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  32 
 
 		 1448 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  37.41 
 
 		 1077 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  31.6 
 
 		 1448 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  34.39 
 
 		 890 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  35.78 
 
 		 777 aa  82.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  34.39 
 
 		 890 aa  83.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  32.39 
 
 		 303 aa  80.1  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  29.44 
 
 		 430 aa  79.7  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  41 
 
 		 128 aa  80.1  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  38.99 
 
 		 777 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  34.81 
 
 		 777 aa  77.8  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  33.13 
 
 		 775 aa  77.8  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  38.99 
 
 		 777 aa  77.4  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  38.99 
 
 		 777 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  22.84 
 
 		 408 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  31.34 
 
 		 878 aa  75.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  31.9 
 
 		 775 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  34.62 
 
 		 895 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  30.82 
 
 		 776 aa  72  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  31.73 
 
 		 899 aa  67.8  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  35.42 
 
 		 896 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1388  hypothetical protein  34.42 
 
 		 206 aa  65.5  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.410028  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  32.91 
 
 		 777 aa  65.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  31.67 
 
 		 835 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  31.35 
 
 		 523 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.12 
 
 		 273 aa  62  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2188  hypothetical protein  26.25 
 
 		 733 aa  61.2  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47677 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  33.12 
 
 		 763 aa  60.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  35.61 
 
 		 763 aa  60.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1839  hypothetical protein  34.65 
 
 		 751 aa  58.9  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0063  hypothetical protein  40.32 
 
 		 332 aa  55.8  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.325511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  32.3 
 
 		 929 aa  55.8  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5574  Primase 2  34.88 
 
 		 1287 aa  55.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.246626 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2129  ATPase-like protein  30.95 
 
 		 465 aa  55.1  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1087  AAA ATPase  25.75 
 
 		 590 aa  50.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  35.23 
 
 		 269 aa  48.9  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4941  hypothetical protein  32.39 
 
 		 736 aa  48.9  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.670147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0582  regulatory protein RepA, putative  25.27 
 
 		 682 aa  48.1  0.0006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.401609  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5495  Primase 2  31.34 
 
 		 305 aa  48.1  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.366063 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7593  AAA ATPase  29.89 
 
 		 421 aa  46.2  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.176071  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2542  replication protein A  25.51 
 
 		 292 aa  45.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000605873 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3304  Primase 2  26.27 
 
 		 741 aa  44.7  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.201835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>