99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1865 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  100 
 
 		 746 aa  1512    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  96.52 
 
 		 848 aa  1382    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0362  hypothetical protein  45.45 
 
 		 518 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.843142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16940  hypothetical protein  46.19 
 
 		 571 aa  324  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1000  hypothetical protein  42.89 
 
 		 430 aa  318  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  49.38 
 
 		 813 aa  263  8e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  51.67 
 
 		 275 aa  258  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  45.62 
 
 		 277 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  49.06 
 
 		 272 aa  234  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  48 
 
 		 278 aa  232  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  57.73 
 
 		 797 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  42.28 
 
 		 818 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  41.21 
 
 		 778 aa  194  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  42 
 
 		 782 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12671  phiRv2 prophage protein  38.46 
 
 		 475 aa  191  4e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00480822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  42.7 
 
 		 271 aa  190  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1212  putative phiRv2 prophage protein  37.72 
 
 		 410 aa  180  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.131322  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  37.31 
 
 		 739 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1450  hypothetical protein  39.46 
 
 		 443 aa  170  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0174  hypothetical protein  29.21 
 
 		 383 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1287  hypothetical protein  34.87 
 
 		 701 aa  161  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1298  hypothetical protein  34.17 
 
 		 732 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  36.49 
 
 		 297 aa  155  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  46.73 
 
 		 950 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  38.02 
 
 		 736 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  47.74 
 
 		 955 aa  146  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  48.24 
 
 		 958 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  48.24 
 
 		 958 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  33.44 
 
 		 986 aa  145  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  48.24 
 
 		 955 aa  144  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  35.5 
 
 		 1255 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  34.29 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  34.29 
 
 		 621 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  34.19 
 
 		 744 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  39.1 
 
 		 326 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  47.76 
 
 		 953 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  38.75 
 
 		 326 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  48.74 
 
 		 950 aa  142  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  37.26 
 
 		 1580 aa  140  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  34.62 
 
 		 1495 aa  139  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  47.76 
 
 		 953 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  37.92 
 
 		 1448 aa  137  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  35.09 
 
 		 357 aa  137  5e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  37.92 
 
 		 1448 aa  137  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  34.45 
 
 		 1557 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4162  hypothetical protein  35.76 
 
 		 429 aa  136  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.363234  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  34.78 
 
 		 1389 aa  134  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  30.41 
 
 		 833 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  27.73 
 
 		 357 aa  124  8e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  27.73 
 
 		 411 aa  124  9e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  26.86 
 
 		 408 aa  116  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  37.56 
 
 		 368 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  31 
 
 		 303 aa  110  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  30.31 
 
 		 1077 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  27.54 
 
 		 430 aa  102  3e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  32.44 
 
 		 338 aa  102  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  35.39 
 
 		 896 aa  96.3  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  35.6 
 
 		 890 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  35.6 
 
 		 890 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  34.87 
 
 		 835 aa  90.1  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  33.7 
 
 		 644 aa  89  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  42.24 
 
 		 128 aa  88.2  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  37.67 
 
 		 681 aa  88.2  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  31.88 
 
 		 523 aa  88.2  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  34.02 
 
 		 637 aa  87.8  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.61 
 
 		 681 aa  85.1  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.24 
 
 		 678 aa  84.7  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  34.38 
 
 		 775 aa  81.3  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  33.75 
 
 		 775 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  32.82 
 
 		 621 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  31.51 
 
 		 777 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  33.33 
 
 		 621 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  31.87 
 
 		 777 aa  75.5  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  28.57 
 
 		 776 aa  74.7  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  32.47 
 
 		 777 aa  74.3  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  32.47 
 
 		 777 aa  74.3  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  32.47 
 
 		 777 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  32.45 
 
 		 899 aa  73.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.88 
 
 		 895 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  29.68 
 
 		 620 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  37.98 
 
 		 878 aa  73.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  36.22 
 
 		 929 aa  69.7  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3169  putative transport, fragment transmembrane protein  72.92 
 
 		 126 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  32.79 
 
 		 763 aa  68.2  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  32.79 
 
 		 763 aa  67.8  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  32.7 
 
 		 615 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  32.7 
 
 		 615 aa  67.4  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  30.28 
 
 		 273 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_220  hypothetical protein  28.14 
 
 		 727 aa  65.9  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  32.23 
 
 		 615 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00954  hypothetical protein  57.14 
 
 		 171 aa  64.7  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.32884  normal  0.497692 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  26.91 
 
 		 777 aa  62.8  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0321  hypothetical protein  26.14 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0212  hypothetical protein  26.16 
 
 		 731 aa  59.7  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  31.13 
 
 		 328 aa  50.4  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2298  hypothetical protein  31.4 
 
 		 270 aa  48.5  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  32.95 
 
 		 269 aa  46.2  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2260  DNA primase-like protein  20.81 
 
 		 922 aa  45.4  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1658  hypothetical protein  24.71 
 
 		 694 aa  45.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.261922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>