106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3978 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  60.96 
 
 		 736 aa  879    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  62.4 
 
 		 739 aa  915    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  100 
 
 		 744 aa  1531    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  37.08 
 
 		 835 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  45.98 
 
 		 896 aa  352  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2155  virulence-associated E  43.17 
 
 		 695 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00489763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1984  virulence-associated E family protein  44.13 
 
 		 509 aa  260  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3095  virulence-associated E family protein  37.53 
 
 		 413 aa  258  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1690  virulence-associated E family protein  39.15 
 
 		 489 aa  242  2e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.879464  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  29.63 
 
 		 778 aa  239  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1196  virulence-associated E family protein  42.26 
 
 		 818 aa  235  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1053  virulence-associated E family protein  36.55 
 
 		 815 aa  233  7.000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.957725  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1072  virulence-associated E family protein  36.55 
 
 		 815 aa  233  7.000000000000001e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3057  virulence-associated E family protein  35.27 
 
 		 789 aa  225  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00197064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0384  virulence-associated protein E  37.06 
 
 		 788 aa  206  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.469306  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1237  virulence-associated E family protein  34.96 
 
 		 781 aa  206  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000496901  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2850  virulence-associated E family protein  37.06 
 
 		 788 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000089982  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1413  virulence-associated E family protein  35.59 
 
 		 806 aa  196  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1098  virulence-associated protein E, putative  36.92 
 
 		 789 aa  192  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1612  virulence-associated E family protein  35.71 
 
 		 892 aa  189  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631807 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2569  virulence-associated E  35.48 
 
 		 697 aa  167  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00313413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0144  virulence-associated E family protein  30.61 
 
 		 812 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0856396 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5640  virulence-associated E family protein  29.11 
 
 		 761 aa  155  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000885028  normal  1 
 
 
 
NC_007413  Ava_3094  virulence-associated E  32.76 
 
 		 662 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000820429  normal  0.712426 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  32.69 
 
 		 833 aa  151  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4941  hypothetical protein  30.86 
 
 		 736 aa  140  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.670147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  34.19 
 
 		 746 aa  137  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1212  virulence-associated E family protein  29.72 
 
 		 725 aa  137  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  33.55 
 
 		 848 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0404  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  29.35 
 
 		 431 aa  124  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.233969  normal  0.98615 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  35.52 
 
 		 813 aa  120  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0427  virulence-associated protein E  29.8 
 
 		 476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  31.99 
 
 		 278 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  31.68 
 
 		 277 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  35.42 
 
 		 782 aa  117  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  32.39 
 
 		 275 aa  110  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  27.79 
 
 		 986 aa  107  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  31.74 
 
 		 271 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1431  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like  33.63 
 
 		 400 aa  104  7e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.150716  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  33.09 
 
 		 818 aa  101  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  31.4 
 
 		 1389 aa  100  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  30.3 
 
 		 272 aa  100  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  32.12 
 
 		 1255 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  26.98 
 
 		 411 aa  99.8  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  27.78 
 
 		 357 aa  99.4  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  30.31 
 
 		 1557 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  29.24 
 
 		 1580 aa  98.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  33.33 
 
 		 621 aa  95.5  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  31.74 
 
 		 338 aa  92  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  38.62 
 
 		 797 aa  91.3  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  26.33 
 
 		 430 aa  91.3  6e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  31.17 
 
 		 357 aa  91.3  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  41.33 
 
 		 354 aa  90.5  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  26.2 
 
 		 1077 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  27.6 
 
 		 1448 aa  89  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  25.31 
 
 		 408 aa  89  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1495 aa  89  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  27.6 
 
 		 1448 aa  88.6  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  36.04 
 
 		 368 aa  87  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  30.9 
 
 		 303 aa  87  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  31.01 
 
 		 523 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.51 
 
 		 681 aa  82  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  43.81 
 
 		 128 aa  82  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.51 
 
 		 681 aa  81.3  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  46.46 
 
 		 950 aa  80.1  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  31.9 
 
 		 775 aa  76.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.32 
 
 		 678 aa  75.9  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  40.28 
 
 		 878 aa  75.1  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5333  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  25.42 
 
 		 749 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.300834 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  30.83 
 
 		 899 aa  72.4  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  46.46 
 
 		 955 aa  72  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3284  P-loop ATPase and inactivated derivatives-like protein  25.63 
 
 		 748 aa  72  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.832553  normal  0.553227 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  37.56 
 
 		 953 aa  72  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  30.1 
 
 		 775 aa  72  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  37.09 
 
 		 958 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  37.09 
 
 		 958 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  33.97 
 
 		 763 aa  71.2  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  36.15 
 
 		 953 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  33.33 
 
 		 763 aa  69.7  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.97 
 
 		 273 aa  70.1  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  33.54 
 
 		 890 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0933  hypothetical protein  38.02 
 
 		 218 aa  68.6  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  32.92 
 
 		 890 aa  68.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  25.65 
 
 		 297 aa  67  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  28.37 
 
 		 777 aa  65.1  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  37.21 
 
 		 955 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  26.42 
 
 		 326 aa  62.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  26.83 
 
 		 777 aa  63.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  37.21 
 
 		 950 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  27.13 
 
 		 326 aa  60.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  28.19 
 
 		 777 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  33.94 
 
 		 269 aa  59.7  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  28.19 
 
 		 777 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  28.19 
 
 		 777 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  30.82 
 
 		 621 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.43 
 
 		 895 aa  57.4  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  29.86 
 
 		 929 aa  56.6  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  25.44 
 
 		 776 aa  55.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  28.09 
 
 		 621 aa  54.7  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0934  hypothetical protein  26.09 
 
 		 181 aa  54.3  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>