84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2983 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  100 
 
 		 271 aa  549  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  55.97 
 
 		 278 aa  282  3.0000000000000004e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  42.7 
 
 		 746 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  42.75 
 
 		 848 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  41.64 
 
 		 275 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  39.03 
 
 		 277 aa  178  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  41.04 
 
 		 272 aa  175  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  41.63 
 
 		 813 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  38.03 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  37.36 
 
 		 778 aa  152  8e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  35.57 
 
 		 818 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  39.19 
 
 		 782 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  32.28 
 
 		 986 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  34.13 
 
 		 1448 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  48.05 
 
 		 955 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  33.79 
 
 		 1448 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  35.64 
 
 		 1580 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  39.89 
 
 		 338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  43.32 
 
 		 950 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  45.39 
 
 		 797 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  33.69 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  34.4 
 
 		 354 aa  117  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  34.29 
 
 		 621 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  45.56 
 
 		 958 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  33.72 
 
 		 326 aa  115  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  45.56 
 
 		 958 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  34.51 
 
 		 1495 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  45.56 
 
 		 953 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  43.17 
 
 		 953 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  45.12 
 
 		 955 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  45.12 
 
 		 950 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  31.74 
 
 		 744 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  33.63 
 
 		 326 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  33.22 
 
 		 739 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  42.18 
 
 		 775 aa  99.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  34 
 
 		 736 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  29.66 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  30.07 
 
 		 1255 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  33.09 
 
 		 523 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  37 
 
 		 637 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  39.46 
 
 		 775 aa  92.4  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  29.02 
 
 		 833 aa  91.3  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  27.11 
 
 		 357 aa  88.2  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  29.66 
 
 		 1557 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  30 
 
 		 1389 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  27.11 
 
 		 411 aa  87.8  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  35.54 
 
 		 368 aa  85.5  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  45.31 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  45.31 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  45.31 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  36.08 
 
 		 777 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  36.36 
 
 		 644 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  25.71 
 
 		 1077 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  31.34 
 
 		 895 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  34.17 
 
 		 621 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  24.58 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  37.5 
 
 		 776 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  35.33 
 
 		 615 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  40.31 
 
 		 890 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  34.78 
 
 		 615 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  39.53 
 
 		 890 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  40.62 
 
 		 777 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  34.78 
 
 		 615 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  34.45 
 
 		 620 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  40 
 
 		 878 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.31 
 
 		 681 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  36.07 
 
 		 621 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  25.77 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  29.92 
 
 		 681 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  37.5 
 
 		 678 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  36.72 
 
 		 777 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  34.9 
 
 		 763 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  34.9 
 
 		 273 aa  62  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  34.9 
 
 		 763 aa  61.6  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  36.72 
 
 		 899 aa  60.1  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  37.62 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2188  hypothetical protein  28.79 
 
 		 733 aa  52.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47677 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  36.59 
 
 		 334 aa  52.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  33.87 
 
 		 896 aa  52  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1624  primase 2  32.66 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  33.87 
 
 		 835 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.81 
 
 		 929 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  34.09 
 
 		 269 aa  43.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  25.77 
 
 		 328 aa  42.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>