92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0945 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  100 
 
 
763 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  100 
 
 
273 aa  557  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  99.27 
 
 
763 aa  558  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  49.83 
 
 
899 aa  277  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  50.69 
 
 
878 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  44.82 
 
 
681 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  45.15 
 
 
681 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  44.15 
 
 
678 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  44.52 
 
 
895 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  46.69 
 
 
890 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  46.49 
 
 
890 aa  225  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  39.88 
 
 
929 aa  195  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  36.54 
 
 
775 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  36.96 
 
 
777 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  36.3 
 
 
777 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  35.97 
 
 
777 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  36.3 
 
 
777 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  35.97 
 
 
777 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  36.21 
 
 
775 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  33.78 
 
 
776 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  34.23 
 
 
777 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  33.22 
 
 
368 aa  124  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  28.62 
 
 
338 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  40.94 
 
 
277 aa  92.4  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  37.95 
 
 
782 aa  89.4  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  38.82 
 
 
813 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  34.62 
 
 
744 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  28.66 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  33.96 
 
 
848 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0727  hypothetical protein  28.44 
 
 
847 aa  75.5  0.0000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3668  integrase family protein  46.74 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  33.33 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  37.19 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0989  P4 alpha zinc-binding domain protein  46.07 
 
 
866 aa  73.6  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  33.96 
 
 
746 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  35.92 
 
 
778 aa  72.4  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  33.87 
 
 
739 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  32.46 
 
 
1077 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  30.69 
 
 
272 aa  70.1  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  38.46 
 
 
354 aa  68.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  31.35 
 
 
833 aa  68.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  40.34 
 
 
986 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  32.56 
 
 
835 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  38.46 
 
 
621 aa  67  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  34.59 
 
 
1557 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  25.45 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  36.36 
 
 
736 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  39.5 
 
 
1448 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  31.45 
 
 
275 aa  65.1  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  36.36 
 
 
326 aa  64.3  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  38.66 
 
 
1448 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  26.8 
 
 
336 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  32.03 
 
 
896 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  33.55 
 
 
1389 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  25.46 
 
 
321 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  34.09 
 
 
797 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  38.46 
 
 
357 aa  62.8  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  39.32 
 
 
1495 aa  62.4  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  43.82 
 
 
1580 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  34.9 
 
 
271 aa  61.6  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  35.58 
 
 
355 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  28.86 
 
 
818 aa  59.3  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  31.47 
 
 
955 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  27.59 
 
 
303 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  45.1 
 
 
358 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  45.1 
 
 
358 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  45.1 
 
 
355 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  31.29 
 
 
950 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  32.24 
 
 
1255 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  32.17 
 
 
958 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  32.17 
 
 
958 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  32.87 
 
 
953 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5218  Phage P4 alpha, zinc-binding  36.56 
 
 
355 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  29.71 
 
 
297 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  30.77 
 
 
953 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  25.08 
 
 
334 aa  53.1  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  36.17 
 
 
371 aa  52.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  36.54 
 
 
361 aa  51.2  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  31.58 
 
 
128 aa  48.9  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  35.71 
 
 
341 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0137  hypothetical protein  33.93 
 
 
575 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.939802  normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  31.33 
 
 
411 aa  45.8  0.0008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  31.94 
 
 
357 aa  45.8  0.0008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  28.97 
 
 
523 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  27.86 
 
 
955 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  27.86 
 
 
950 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  30.94 
 
 
408 aa  45.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  27.22 
 
 
621 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  32.38 
 
 
637 aa  43.9  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  36 
 
 
430 aa  42.7  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  30.48 
 
 
644 aa  42.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4271  hypothetical protein  31.93 
 
 
344 aa  42  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>