79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3476 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  669    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0137  hypothetical protein  36.82 
 
 
575 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.939802  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  37.97 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  37.85 
 
 
334 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  36.92 
 
 
336 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  33.05 
 
 
371 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2876  plasmid-related protein  34.5 
 
 
401 aa  99.4  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0061217  normal 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4271  hypothetical protein  33.33 
 
 
344 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  35.24 
 
 
336 aa  96.7  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  33.8 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  35.38 
 
 
344 aa  94.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1259  virulence-associated protein E  38.14 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5218  Phage P4 alpha, zinc-binding  30.95 
 
 
355 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  36.23 
 
 
344 aa  93.6  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3918  hypothetical protein  33.95 
 
 
343 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0719  hypothetical protein  36.23 
 
 
346 aa  88.6  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0812482  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4062  hypothetical protein  33 
 
 
359 aa  88.6  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  38.24 
 
 
344 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3565  hypothetical protein  36.32 
 
 
342 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4199  hypothetical protein  33.49 
 
 
339 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.636561  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0242  virulence-associated protein E  35.54 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4024  hypothetical protein  33.94 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0488108 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1045  hypothetical protein  33.17 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.777717  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  33.17 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1853  hypothetical protein  33.98 
 
 
220 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.053538  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  31.73 
 
 
355 aa  84  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  32.87 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3335  hypothetical protein  34.52 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0191  hypothetical protein  35.12 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271456  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0572  hypothetical protein  33.85 
 
 
345 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836984  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2345  hypothetical protein  35.82 
 
 
345 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3518  hypothetical protein  32.99 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.818052  normal  0.966991 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1217  hypothetical protein  32.99 
 
 
344 aa  80.9  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.046593  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2859  hypothetical protein  34.36 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0830067 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5568  hypothetical protein  36.65 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0489435  normal  0.0673092 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4156  hypothetical protein  34.51 
 
 
345 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0404908  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4580  hypothetical protein  34.36 
 
 
345 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.121635 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2517  hypothetical protein  32.49 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.925497  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  30.23 
 
 
361 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0376  hypothetical protein  34.93 
 
 
345 aa  77  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.325064  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0770  hypothetical protein  31.84 
 
 
346 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3175  hypothetical protein  37.31 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.461853  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  35.71 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3829  hypothetical protein  35.27 
 
 
346 aa  73.9  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0758278  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1480  hypothetical protein  32.14 
 
 
276 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.753593  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0534  hypothetical protein  33 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341601  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  29.49 
 
 
358 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  32.99 
 
 
346 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  29.49 
 
 
358 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3025  hypothetical protein  33.17 
 
 
351 aa  72  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2129  hypothetical protein  34.08 
 
 
353 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.247766  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2651  hypothetical protein  33.94 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2785  hypothetical protein  32.84 
 
 
353 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  34 
 
 
353 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.731705 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6543  hypothetical protein  31.35 
 
 
381 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2209  genomic island protein  30.5 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6058  hypothetical protein  33.85 
 
 
348 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0442  virulence-associated protein E  31.01 
 
 
309 aa  63.9  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331851  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7414  hypothetical protein  32.19 
 
 
354 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5209  virulence-associated protein E  32.14 
 
 
298 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5573  hypothetical protein  31.32 
 
 
380 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5356  hypothetical protein  31.5 
 
 
297 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.285049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3438  virulence-associated protein E  31.75 
 
 
299 aa  60.8  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  26 
 
 
818 aa  60.1  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1995  virulence-associated protein E  29 
 
 
320 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.356909 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  27.56 
 
 
778 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0981  hypothetical protein  29.1 
 
 
380 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0352  hypothetical protein  28.57 
 
 
380 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  25.99 
 
 
275 aa  55.8  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0232  virulence-associated protein E  29.65 
 
 
292 aa  50.1  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  31.58 
 
 
813 aa  50.1  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  26.15 
 
 
278 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5271  virulence-associated protein E  25.89 
 
 
283 aa  46.6  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.569281 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  23.51 
 
 
277 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8283  hypothetical protein  32.97 
 
 
357 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.331955  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  26.21 
 
 
848 aa  45.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  31.13 
 
 
746 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  29.29 
 
 
326 aa  43.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2200  putative DNA primase  29.68 
 
 
388 aa  43.1  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>