80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4734 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4734  P4 alpha zinc-binding domain protein  100 
 
 
355 aa  722    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.48462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2291  hypothetical protein  40.12 
 
 
336 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237605  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2573  hypothetical protein  38.68 
 
 
336 aa  209  6e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.573023 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4271  hypothetical protein  35.94 
 
 
344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5493  hypothetical protein  33.71 
 
 
371 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709952  normal  0.754037 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5218  Phage P4 alpha, zinc-binding  34.28 
 
 
355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1556  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  38.33 
 
 
334 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736837  normal  0.0581478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2694  hypothetical protein  35.5 
 
 
309 aa  162  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0978065  hitchhiker  0.00111937 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1551  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.45 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5216  P4 alpha zinc-binding domain protein  30.45 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4324  hypothetical protein  30.65 
 
 
341 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.414651  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6543  hypothetical protein  30.79 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3747  helicase domain-containing protein  29.08 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.587064  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6277  phage P4 alpha zinc-binding protein  28.66 
 
 
355 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5573  hypothetical protein  30.31 
 
 
380 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3727  phage P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  27.68 
 
 
361 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3476  hypothetical protein  33.8 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00459983 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0981  hypothetical protein  32.21 
 
 
380 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.887323  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0352  hypothetical protein  31.88 
 
 
380 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0137  hypothetical protein  31.22 
 
 
575 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.939802  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4199  hypothetical protein  28.17 
 
 
339 aa  87.8  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.636561  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2876  plasmid-related protein  34.27 
 
 
401 aa  74.3  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0061217  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  48.19 
 
 
368 aa  72  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4062  hypothetical protein  26.09 
 
 
359 aa  70.5  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  37.86 
 
 
777 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  26.87 
 
 
776 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  27.57 
 
 
777 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1995  virulence-associated protein E  31.51 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.356909 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0242  virulence-associated protein E  33.7 
 
 
293 aa  67.8  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  46.27 
 
 
777 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  46.97 
 
 
777 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  46.27 
 
 
777 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  39.81 
 
 
775 aa  66.2  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  44.93 
 
 
929 aa  65.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1259  virulence-associated protein E  32.45 
 
 
296 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0442  virulence-associated protein E  27.39 
 
 
309 aa  64.7  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331851  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2209  genomic island protein  26.14 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  26.59 
 
 
777 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  26.62 
 
 
899 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1853  hypothetical protein  27.6 
 
 
220 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.053538  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  42.03 
 
 
878 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  35.24 
 
 
763 aa  61.6  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  35.24 
 
 
763 aa  61.6  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4224  hypothetical protein  28.51 
 
 
344 aa  61.6  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.427202  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  35.58 
 
 
273 aa  60.5  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  38.24 
 
 
775 aa  59.7  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3518  hypothetical protein  27.47 
 
 
344 aa  59.3  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.818052  normal  0.966991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0719  hypothetical protein  27.56 
 
 
346 aa  59.3  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0812482  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1217  hypothetical protein  27.47 
 
 
344 aa  59.3  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.046593  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2200  putative DNA primase  27.68 
 
 
388 aa  59.3  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2345  hypothetical protein  28.67 
 
 
345 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  43.08 
 
 
895 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1532  hypothetical protein  29.66 
 
 
344 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0877036 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3438  virulence-associated protein E  29.85 
 
 
299 aa  57.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  23.62 
 
 
890 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  61.11 
 
 
681 aa  57  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  61.11 
 
 
678 aa  57  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  23.62 
 
 
890 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  61.11 
 
 
681 aa  57  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0191  hypothetical protein  24.21 
 
 
348 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271456  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3918  hypothetical protein  30.22 
 
 
343 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1045  hypothetical protein  28.79 
 
 
348 aa  54.3  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.777717  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3025  hypothetical protein  28.15 
 
 
351 aa  53.5  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3066  hypothetical protein  31.14 
 
 
346 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.43309  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3335  hypothetical protein  27.75 
 
 
351 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7718  hypothetical protein  34.09 
 
 
353 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.731705 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2129  hypothetical protein  28.5 
 
 
353 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.247766  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  35.48 
 
 
338 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2517  hypothetical protein  26.83 
 
 
350 aa  47  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.925497  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3565  hypothetical protein  29.41 
 
 
342 aa  46.6  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5568  hypothetical protein  25.25 
 
 
352 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0489435  normal  0.0673092 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5271  virulence-associated protein E  27.07 
 
 
283 aa  46.2  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.569281 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0989  P4 alpha zinc-binding domain protein  36.47 
 
 
866 aa  45.1  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5209  virulence-associated protein E  25.79 
 
 
298 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2859  hypothetical protein  31.14 
 
 
347 aa  44.3  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0830067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4024  hypothetical protein  27.76 
 
 
350 aa  43.9  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0488108 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6192  hypothetical protein  27.72 
 
 
344 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00206516  normal  0.0205982 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2651  hypothetical protein  29.82 
 
 
348 aa  43.5  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.115024 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0534  hypothetical protein  33.66 
 
 
354 aa  43.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.341601  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0376  hypothetical protein  27.5 
 
 
345 aa  43.5  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.325064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>