More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2953 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  72.93 
 
 
237 aa  334  9e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  76.42 
 
 
236 aa  331  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  72.77 
 
 
230 aa  331  8e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  75.98 
 
 
236 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  73.79 
 
 
225 aa  313  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  68.02 
 
 
232 aa  290  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  52.25 
 
 
325 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  51.93 
 
 
344 aa  222  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  51.07 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  51.36 
 
 
325 aa  214  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  50 
 
 
325 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  50.45 
 
 
325 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  49.33 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  50.45 
 
 
325 aa  211  9e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  50.88 
 
 
325 aa  210  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  50.45 
 
 
325 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  50.45 
 
 
330 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  51.9 
 
 
230 aa  208  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  49.09 
 
 
325 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  49.09 
 
 
325 aa  206  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  49.55 
 
 
325 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.23 
 
 
231 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  48.18 
 
 
325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.75 
 
 
231 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  47.73 
 
 
325 aa  197  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.95 
 
 
230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.19 
 
 
231 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  48.2 
 
 
324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.52 
 
 
231 aa  188  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.52 
 
 
231 aa  187  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.58 
 
 
231 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  46.41 
 
 
331 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  43 
 
 
333 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  41.33 
 
 
353 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  40.44 
 
 
338 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  40.48 
 
 
337 aa  132  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  37.5 
 
 
338 aa  131  9e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  33.48 
 
 
294 aa  96.3  4e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  33.78 
 
 
283 aa  95.5  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  33.66 
 
 
284 aa  94.4  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  29.52 
 
 
386 aa  92  6e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  33.66 
 
 
282 aa  91.3  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  31.3 
 
 
282 aa  90.9  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2063  ATP phosphoribosyltransferase  35.29 
 
 
290 aa  87  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  29.81 
 
 
289 aa  86.7  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0083  ATP phosphoribosyltransferase  34.76 
 
 
289 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.156056  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0295  ATP phosphoribosyltransferase  32.39 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  32.28 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  29.19 
 
 
286 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  29.07 
 
 
290 aa  84  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  30.1 
 
 
284 aa  82.4  0.000000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2993  ATP phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
291 aa  82  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0837667  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  31.07 
 
 
300 aa  82  0.000000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  29.38 
 
 
286 aa  81.6  0.00000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0241  ATP phosphoribosyltransferase  32.75 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  26.79 
 
 
288 aa  80.5  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  33.5 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0478  ATP phosphoribosyltransferase  30.37 
 
 
283 aa  79.7  0.00000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.843231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  30.88 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3596  ATP phosphoribosyltransferase  31.43 
 
 
289 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0211  ATP phosphoribosyltransferase  32.34 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  30.95 
 
 
282 aa  77  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1731  ATP phosphoribosyltransferase  30.37 
 
 
282 aa  76.6  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0959672  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16070  ATP phosphoribosyltransferase  31.71 
 
 
285 aa  75.1  0.0000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0777175  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2169  ATP phosphoribosyltransferase  30.57 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  30.14 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22170  ATP phosphoribosyltransferase  31.08 
 
 
287 aa  73.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262843  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1995  ATP phosphoribosyltransferase  31.14 
 
 
294 aa  74.3  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.670162 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2979  ATP phosphoribosyltransferase  32.42 
 
 
281 aa  73.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000719126  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0371  ATP phosphoribosyltransferase  31.91 
 
 
294 aa  72.8  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0258558  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  29.95 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  27.83 
 
 
300 aa  72.4  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0174  ATP phosphoribosyltransferase  28.94 
 
 
284 aa  71.6  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1863  ATP phosphoribosyltransferase  29.3 
 
 
282 aa  71.6  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0883845  normal  0.37135 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1681  ATP phosphoribosyltransferase  32.14 
 
 
291 aa  71.6  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0185751  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1052  ATP phosphoribosyltransferase  30.04 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.768334  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1270  ATP phosphoribosyltransferase  31.7 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.236891  normal  0.407177 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03748  conserved hypothetical protein:ATP-phosphoribosyltransferase (Eurofung)  31.94 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2370  ATP phosphoribosyltransferase  28.7 
 
 
290 aa  69.7  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5380  ATP phosphoribosyltransferase  28.26 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  27.96 
 
 
288 aa  69.7  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2975  ATP phosphoribosyltransferase  32.59 
 
 
285 aa  69.7  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.346599  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1880  ATP phosphoribosyltransferase  30.7 
 
 
281 aa  69.7  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0409345  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0134  ATP phosphoribosyltransferase  28.25 
 
 
290 aa  69.3  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2223  ATP phosphoribosyltransferase  29.82 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1680  ATP phosphoribosyltransferase  29.9 
 
 
286 aa  68.9  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2331  ATP phosphoribosyltransferase  31.94 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.827624  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12153  ATP phosphoribosyltransferase  30.1 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.905981 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2601  ATP phosphoribosyltransferase  30.43 
 
 
281 aa  68.6  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.155316  normal  0.724909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1023  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.51 
 
 
222 aa  68.6  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.9488  normal  0.701782 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  27.52 
 
 
288 aa  68.6  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  27.52 
 
 
288 aa  67.8  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1756  ATP phosphoribosyltransferase  29.44 
 
 
303 aa  67.8  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.20301  normal  0.0310236 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10900  ATP phosphoribosyltransferase  30.24 
 
 
282 aa  68.2  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2050  ATP phosphoribosyltransferase  26.16 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.267416  normal  0.100259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0247  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.89 
 
 
214 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0538272  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3682  ATP phosphoribosyltransferase  30.58 
 
 
289 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2054  ATP phosphoribosyltransferase  30.39 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1585  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4055  ATP phosphoribosyltransferase  29.46 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>