More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1923 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
225 aa  451  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  73.79 
 
 
239 aa  313  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  72.33 
 
 
230 aa  299  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  70.39 
 
 
237 aa  295  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  71.36 
 
 
236 aa  287  8e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  71.36 
 
 
236 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  67.62 
 
 
232 aa  276  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.62 
 
 
231 aa  194  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  49.76 
 
 
325 aa  193  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.76 
 
 
230 aa  191  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.34 
 
 
231 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  44.64 
 
 
330 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  47.83 
 
 
327 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  47.34 
 
 
325 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  45.41 
 
 
325 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  45.12 
 
 
325 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  44.65 
 
 
325 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  47.34 
 
 
325 aa  179  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  45.89 
 
 
231 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  46.86 
 
 
325 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  46.86 
 
 
344 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  46.86 
 
 
325 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  44.84 
 
 
231 aa  178  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  44.93 
 
 
325 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  44.93 
 
 
325 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  44.39 
 
 
231 aa  176  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  43.95 
 
 
231 aa  176  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  44.93 
 
 
325 aa  175  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  45.37 
 
 
230 aa  174  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  44.93 
 
 
324 aa  171  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  45.41 
 
 
325 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  44.44 
 
 
325 aa  170  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  44.88 
 
 
331 aa  148  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  40 
 
 
333 aa  138  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  35.62 
 
 
338 aa  128  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  38.65 
 
 
353 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  38.65 
 
 
338 aa  123  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  38.16 
 
 
337 aa  122  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  34.9 
 
 
285 aa  89  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  31.44 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  33.85 
 
 
284 aa  87  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  30.89 
 
 
286 aa  85.5  5e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  34.2 
 
 
289 aa  85.5  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  32.87 
 
 
282 aa  85.1  9e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  32.64 
 
 
294 aa  83.2  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  31.77 
 
 
288 aa  82  0.000000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  27.75 
 
 
386 aa  82  0.000000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  30.57 
 
 
286 aa  81.6  0.000000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  31.19 
 
 
284 aa  81.3  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  32.68 
 
 
283 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2601  ATP phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
281 aa  79.7  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.155316  normal  0.724909 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  31.55 
 
 
282 aa  80.1  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  32.04 
 
 
287 aa  78.6  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1675  ATP phosphoribosyltransferase  32.52 
 
 
284 aa  78.6  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.40351e-17 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0295  ATP phosphoribosyltransferase  31.07 
 
 
282 aa  78.2  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12153  ATP phosphoribosyltransferase  32.3 
 
 
284 aa  78.2  0.00000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.905981 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2454  ATP phosphoribosyltransferase  32.29 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  30 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1680  ATP phosphoribosyltransferase  32.04 
 
 
286 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  30.93 
 
 
285 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3157  ATP phosphoribosyltransferase  33.64 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.634881  normal  0.585191 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  30.89 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5977  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
281 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3145  ATP phosphoribosyltransferase  33.64 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.451447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3207  ATP phosphoribosyltransferase  33.64 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.690921  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_67165  ATP phosphoribosyltransferase (ATP-PRTase) (ATP-PRT)  32.24 
 
 
304 aa  75.9  0.0000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1863  ATP phosphoribosyltransferase  32.04 
 
 
282 aa  74.7  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0883845  normal  0.37135 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5380  ATP phosphoribosyltransferase  26.91 
 
 
284 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  30.1 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0478  ATP phosphoribosyltransferase  30.43 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.843231  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2050  ATP phosphoribosyltransferase  26.34 
 
 
290 aa  73.2  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.267416  normal  0.100259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0174  ATP phosphoribosyltransferase  27.8 
 
 
284 aa  72.8  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0083  ATP phosphoribosyltransferase  34.5 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.156056  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10900  ATP phosphoribosyltransferase  32.43 
 
 
282 aa  72  0.000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01510  ATP phosphoribosyltransferase, putative  29.77 
 
 
357 aa  71.6  0.000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3108  ATP phosphoribosyltransferase  30.29 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1731  ATP phosphoribosyltransferase  29.61 
 
 
282 aa  69.7  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0959672  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  30.41 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2979  ATP phosphoribosyltransferase  29.15 
 
 
281 aa  69.3  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000719126  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  29.47 
 
 
288 aa  69.3  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0134  ATP phosphoribosyltransferase  27.59 
 
 
290 aa  69.3  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2063  ATP phosphoribosyltransferase  31.47 
 
 
290 aa  68.6  0.00000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3057  ATP phosphoribosyltransferase  32.58 
 
 
281 aa  68.6  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.75335  normal  0.157406 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  29.44 
 
 
290 aa  68.6  0.00000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22170  ATP phosphoribosyltransferase  28.89 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262843  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16070  ATP phosphoribosyltransferase  30.58 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0777175  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3112  ATP phosphoribosyltransferase  29.91 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588267  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  27.91 
 
 
288 aa  67  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2054  ATP phosphoribosyltransferase  31.4 
 
 
280 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1585  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1756  ATP phosphoribosyltransferase  30.28 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.20301  normal  0.0310236 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  30.48 
 
 
282 aa  66.6  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1270  ATP phosphoribosyltransferase  30.87 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.236891  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1963  ATP phosphoribosyltransferase  28.99 
 
 
281 aa  65.9  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.301378 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  26.7 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  28.95 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1164  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.99 
 
 
213 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.746546  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3596  ATP phosphoribosyltransferase  32.21 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03748  conserved hypothetical protein:ATP-phosphoribosyltransferase (Eurofung)  29.49 
 
 
307 aa  65.1  0.0000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09660  ATP phosphoribosyltransferase  31.1 
 
 
305 aa  65.1  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0240828  normal  0.0336917 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  28.19 
 
 
292 aa  65.1  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>