More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4118 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  96.31 
 
 
325 aa  640    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  100 
 
 
325 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  94.15 
 
 
325 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  86.77 
 
 
325 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  84.92 
 
 
325 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  84.88 
 
 
325 aa  568  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  83.95 
 
 
325 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  64.71 
 
 
324 aa  424  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  60.68 
 
 
325 aa  383  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  58.75 
 
 
325 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  57.85 
 
 
325 aa  361  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  56.7 
 
 
325 aa  349  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  56.39 
 
 
330 aa  348  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  56.21 
 
 
325 aa  347  2e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  55.9 
 
 
325 aa  345  5e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  56.6 
 
 
327 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  65.83 
 
 
344 aa  315  8e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  59.62 
 
 
231 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  59.62 
 
 
230 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.71 
 
 
231 aa  242  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.6 
 
 
230 aa  241  9e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.65 
 
 
231 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.37 
 
 
231 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.28 
 
 
231 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.09 
 
 
231 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  54.17 
 
 
331 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.77 
 
 
230 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.09 
 
 
239 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.89 
 
 
237 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.3 
 
 
236 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.3 
 
 
236 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.29 
 
 
232 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  37.1 
 
 
338 aa  186  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  35.47 
 
 
353 aa  182  7e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  44.65 
 
 
225 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  32.93 
 
 
333 aa  165  9e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  29.64 
 
 
338 aa  159  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  33.92 
 
 
337 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  29.34 
 
 
386 aa  134  9.999999999999999e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  27.8 
 
 
288 aa  106  6e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  29.3 
 
 
306 aa  99.4  7e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  31.63 
 
 
286 aa  98.6  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  31.49 
 
 
284 aa  94.7  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  32.56 
 
 
285 aa  95.1  2e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  27.3 
 
 
286 aa  94.4  3e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  33.65 
 
 
300 aa  93.2  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  27.47 
 
 
288 aa  92  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  31.37 
 
 
294 aa  89.7  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  26.74 
 
 
288 aa  89.7  7e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  28.43 
 
 
285 aa  89.4  7e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  31.64 
 
 
284 aa  89.4  8e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  27.47 
 
 
288 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  34.98 
 
 
282 aa  88.6  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  34.47 
 
 
282 aa  87  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  30.05 
 
 
289 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2329  ATP phosphoribosyltransferase  28.93 
 
 
299 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1400  ATP phosphoribosyltransferase  30.14 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.135087  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  31.78 
 
 
290 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0632  ATP phosphoribosyltransferase  29.33 
 
 
204 aa  84  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  32.46 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09016  ATP phosphoribosyltransferase  27.8 
 
 
285 aa  83.6  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2012  ATP phosphoribosyltransferase  28.1 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  31.73 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1862  ATP phosphoribosyltransferase  26.9 
 
 
286 aa  82.8  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149309 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5474  ATP phosphoribosyltransferase  34.54 
 
 
231 aa  82.8  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  0.169247 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  26.11 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0502  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.68 
 
 
223 aa  81.6  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2227  ATP phosphoribosyltransferase  28.1 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.446391  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2878  ATP phosphoribosyltransferase  30.08 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  34.31 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1995  ATP phosphoribosyltransferase  31.94 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.670162 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2174  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
205 aa  80.1  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1745  ATP phosphoribosyltransferase  28.1 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0448433  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2979  ATP phosphoribosyltransferase  32.02 
 
 
281 aa  78.6  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000719126  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  29.05 
 
 
295 aa  77.4  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2193  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  28.69 
 
 
231 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000274896  normal  0.0321115 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  32.8 
 
 
292 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1637  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.4 
 
 
202 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1941  ATP phosphoribosyltransferase  29.2 
 
 
297 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1903  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.11 
 
 
231 aa  77  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125958  normal  0.0121061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2689  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.63 
 
 
219 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1817  ATP phosphoribosyltransferase  25.32 
 
 
284 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4055  ATP phosphoribosyltransferase  30 
 
 
290 aa  76.6  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1964  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
206 aa  76.6  0.0000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 
554 aa  76.3  0.0000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3801  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30 
 
 
212 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2945  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  34.24 
 
 
212 aa  75.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  33.02 
 
 
282 aa  75.9  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3706  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30 
 
 
212 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1213  ATP phosphoribosyltransferase  29.18 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2993  ATP phosphoribosyltransferase  32.74 
 
 
291 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0837667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1118  ATP phosphoribosyltransferase  29.46 
 
 
291 aa  75.1  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.914307  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0371  ATP phosphoribosyltransferase  32.41 
 
 
294 aa  75.1  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0258558  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0241  ATP phosphoribosyltransferase  32.41 
 
 
294 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0211  ATP phosphoribosyltransferase  31.02 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2197  ATP phosphoribosyltransferase  27.31 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  32.49 
 
 
287 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3470  ATP phosphoribosyltransferase  32.64 
 
 
288 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4058  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.61 
 
 
234 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.441142  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2169  ATP phosphoribosyltransferase  30.94 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>