More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0405 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
231 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  83.12 
 
 
231 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  82.68 
 
 
231 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  82.68 
 
 
230 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  68.83 
 
 
231 aa  323  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  68.83 
 
 
231 aa  322  4e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  70.31 
 
 
230 aa  320  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  67.53 
 
 
231 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  60.09 
 
 
327 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  60.56 
 
 
344 aa  250  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  55.98 
 
 
325 aa  247  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  58.6 
 
 
330 aa  247  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  54.98 
 
 
325 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  59.15 
 
 
325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  59.15 
 
 
325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  55.13 
 
 
325 aa  241  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  58.37 
 
 
325 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  58.77 
 
 
325 aa  241  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  57.89 
 
 
325 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  57.08 
 
 
325 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  57.42 
 
 
325 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  57.55 
 
 
325 aa  237  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  57.35 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  54.98 
 
 
325 aa  228  5e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  57.21 
 
 
324 aa  228  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  52.36 
 
 
237 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.3 
 
 
230 aa  209  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.23 
 
 
239 aa  202  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  51.17 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  51.17 
 
 
236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.62 
 
 
225 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.83 
 
 
232 aa  191  9e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  52.48 
 
 
331 aa  171  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  42.86 
 
 
353 aa  166  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  43.12 
 
 
338 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  40.38 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  42.92 
 
 
337 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  37.86 
 
 
338 aa  142  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  33.18 
 
 
386 aa  119  3e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  33.62 
 
 
300 aa  105  6e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  34.05 
 
 
306 aa  104  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  36.32 
 
 
289 aa  102  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  32.47 
 
 
288 aa  100  3e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  32.62 
 
 
288 aa  99.8  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  32.47 
 
 
288 aa  99.8  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  33.62 
 
 
300 aa  98.2  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  36.6 
 
 
284 aa  97.8  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  35.75 
 
 
294 aa  92.8  4e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  35.38 
 
 
284 aa  91.7  9e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1615  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  36.89 
 
 
294 aa  90.9  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.474325  normal  0.765723 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  31.88 
 
 
285 aa  91.3  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  35.4 
 
 
282 aa  89.4  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  34.8 
 
 
282 aa  89  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  34.6 
 
 
282 aa  88.6  8e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  34.57 
 
 
285 aa  88.2  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  30.3 
 
 
286 aa  87.8  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2878  ATP phosphoribosyltransferase  32.03 
 
 
285 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  31.94 
 
 
295 aa  87  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  29.61 
 
 
286 aa  86.3  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  32.31 
 
 
293 aa  85.5  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0550  ATP phosphoribosyltransferase  30.47 
 
 
210 aa  84.3  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.775439  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  34.31 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  30.17 
 
 
292 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5474  ATP phosphoribosyltransferase  34.92 
 
 
231 aa  83.2  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  0.169247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1817  ATP phosphoribosyltransferase  30.6 
 
 
284 aa  82.8  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2063  ATP phosphoribosyltransferase  34.1 
 
 
290 aa  82  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2637  ATP phosphoribosyltransferase  33.17 
 
 
296 aa  82  0.000000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.269826  normal  0.944826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5526  ATP phosphoribosyltransferase  34.16 
 
 
216 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0695  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.35 
 
 
217 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01921  ATP phosphoribosyltransferase  32.33 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01907  hypothetical protein  32.33 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2370  ATP phosphoribosyltransferase  33.64 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1400  ATP phosphoribosyltransferase  30.47 
 
 
283 aa  80.5  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.135087  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1164  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.16 
 
 
213 aa  80.1  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.746546  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2329  ATP phosphoribosyltransferase  30.04 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3191  ATP phosphoribosyltransferase  29.57 
 
 
283 aa  79.3  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.468969  normal  0.668465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3388  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.83 
 
 
214 aa  79  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1638  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0528843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2952  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.837237  hitchhiker  0.00000000491094 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2158  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1623  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.412547 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2310  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.326515  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1213  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1041  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.175546 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  34.53 
 
 
282 aa  79  0.00000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1731  ATP phosphoribosyltransferase  32.75 
 
 
282 aa  79  0.00000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0959672  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  33.65 
 
 
287 aa  78.6  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1023  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.02 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.9488  normal  0.701782 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2174  ATP phosphoribosyltransferase  28.72 
 
 
205 aa  79  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3249  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.67 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.845388  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2409  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390234  hitchhiker  0.00326184 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0478  ATP phosphoribosyltransferase  30.81 
 
 
283 aa  78.2  0.0000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.843231  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2297  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0642923 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09016  ATP phosphoribosyltransferase  29.91 
 
 
285 aa  78.2  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4452  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.41 
 
 
252 aa  77.8  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.121483  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1675  ATP phosphoribosyltransferase  34.31 
 
 
284 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.40351e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2196  ATP phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 
299 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0750  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.94 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.986407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0803  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.35 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>