More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1340 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  100 
 
 
325 aa  662    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  94.15 
 
 
325 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  94.15 
 
 
325 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  86.15 
 
 
325 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  86.07 
 
 
325 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  85.76 
 
 
325 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  84.52 
 
 
325 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  64.71 
 
 
324 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  62.85 
 
 
325 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  59.69 
 
 
325 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  58.82 
 
 
325 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  58.26 
 
 
325 aa  360  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  57.76 
 
 
325 aa  359  4e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  57.45 
 
 
325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  57.32 
 
 
330 aa  355  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  57.86 
 
 
327 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  66.67 
 
 
344 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  59.81 
 
 
231 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.06 
 
 
230 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.47 
 
 
231 aa  245  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.47 
 
 
231 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.18 
 
 
230 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  59.42 
 
 
231 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.03 
 
 
231 aa  242  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.89 
 
 
231 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  53.75 
 
 
331 aa  228  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.45 
 
 
239 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.21 
 
 
230 aa  211  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.83 
 
 
237 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.77 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.77 
 
 
236 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.16 
 
 
232 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  37.46 
 
 
338 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  36.09 
 
 
353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  44.93 
 
 
225 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  33.74 
 
 
333 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  30.03 
 
 
338 aa  162  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  33.93 
 
 
337 aa  159  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  29.64 
 
 
386 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  27.8 
 
 
288 aa  108  1e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  30.04 
 
 
306 aa  100  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  31.28 
 
 
286 aa  95.9  7e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  32.71 
 
 
285 aa  96.3  7e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  28.66 
 
 
286 aa  95.9  9e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  31.91 
 
 
284 aa  95.5  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  35.07 
 
 
300 aa  94  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  35.44 
 
 
282 aa  92.4  9e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  28.21 
 
 
288 aa  92.4  9e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  32.1 
 
 
294 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  28.16 
 
 
285 aa  90.9  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  31.7 
 
 
284 aa  90.5  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  28.21 
 
 
288 aa  89  9e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  30.14 
 
 
288 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  30.77 
 
 
289 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1400  ATP phosphoribosyltransferase  30.62 
 
 
283 aa  86.7  5e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.135087  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  33.98 
 
 
282 aa  86.3  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1862  ATP phosphoribosyltransferase  27.3 
 
 
286 aa  85.5  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149309 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  31.51 
 
 
290 aa  84  0.000000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  26.43 
 
 
293 aa  84  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  26.11 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1995  ATP phosphoribosyltransferase  32.42 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.670162 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0632  ATP phosphoribosyltransferase  28.85 
 
 
204 aa  82  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0502  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.68 
 
 
223 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09016  ATP phosphoribosyltransferase  27.36 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5474  ATP phosphoribosyltransferase  33.51 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  0.169247 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  34.05 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2329  ATP phosphoribosyltransferase  27.27 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0211  ATP phosphoribosyltransferase  31.96 
 
 
294 aa  79.7  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2689  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  32.14 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  31.14 
 
 
283 aa  79.3  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1817  ATP phosphoribosyltransferase  26.96 
 
 
284 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  33.82 
 
 
282 aa  79  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2878  ATP phosphoribosyltransferase  29.29 
 
 
285 aa  79  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2993  ATP phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0837667  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1903  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.16 
 
 
231 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125958  normal  0.0121061 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  28.44 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2919  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.22 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2193  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.16 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000274896  normal  0.0321115 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4055  ATP phosphoribosyltransferase  30 
 
 
290 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.210021  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1941  ATP phosphoribosyltransferase  29.2 
 
 
297 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0371  ATP phosphoribosyltransferase  31.54 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0258558  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2174  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
205 aa  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2169  ATP phosphoribosyltransferase  30.97 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2227  ATP phosphoribosyltransferase  26.86 
 
 
299 aa  77  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.446391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2012  ATP phosphoribosyltransferase  26.45 
 
 
299 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1078  ATP phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 
554 aa  76.6  0.0000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00640346  hitchhiker  0.0000000000210065 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0478  ATP phosphoribosyltransferase  30.19 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.843231  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2178  ATP phosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
331 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0151  ATP phosphoribosyltransferase  29.61 
 
 
282 aa  76.3  0.0000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.182471  normal  0.40179 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2357  ATP phosphoribosyltransferase  31.78 
 
 
294 aa  75.9  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1213  ATP phosphoribosyltransferase  31.07 
 
 
282 aa  75.9  0.0000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0241  ATP phosphoribosyltransferase  32.42 
 
 
294 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1637  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.92 
 
 
202 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2536  ATP phosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0234828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1933  ATP phosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.329201 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2418  ATP phosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2425  ATP phosphoribosyltransferase  28.86 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1118  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
291 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.914307  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2223  ATP phosphoribosyltransferase  31.31 
 
 
297 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2979  ATP phosphoribosyltransferase  30.7 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000719126  normal  0.0111256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>