More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0505 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  100 
 
 
230 aa  464  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  73.25 
 
 
237 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  72.77 
 
 
239 aa  331  7.000000000000001e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  75.23 
 
 
236 aa  318  3e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  74.77 
 
 
236 aa  317  9e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  66.96 
 
 
232 aa  306  2.0000000000000002e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  72.33 
 
 
225 aa  299  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  48.44 
 
 
325 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  51.56 
 
 
327 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  48.66 
 
 
325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  51.34 
 
 
344 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  50 
 
 
330 aa  218  7e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  49.55 
 
 
325 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  49.55 
 
 
325 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  49.55 
 
 
325 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  48.21 
 
 
325 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  47.77 
 
 
325 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  47.77 
 
 
325 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  47.14 
 
 
325 aa  211  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.3 
 
 
231 aa  209  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  53.33 
 
 
325 aa  208  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.43 
 
 
230 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  47.32 
 
 
325 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  45.54 
 
 
325 aa  206  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  46.93 
 
 
230 aa  204  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.57 
 
 
231 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  46.43 
 
 
325 aa  202  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.48 
 
 
231 aa  201  7e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50.48 
 
 
231 aa  200  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  49.77 
 
 
231 aa  198  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.14 
 
 
231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  48.56 
 
 
324 aa  192  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  46.22 
 
 
331 aa  177  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  39.74 
 
 
333 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  36.8 
 
 
338 aa  143  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  35.93 
 
 
353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  36.27 
 
 
338 aa  137  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  35.78 
 
 
337 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  30 
 
 
386 aa  103  3e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  33.77 
 
 
294 aa  96.3  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  33.17 
 
 
284 aa  90.9  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  29.65 
 
 
284 aa  89  6e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
285 aa  88.2  9e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  29.17 
 
 
286 aa  88.2  9e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  29.39 
 
 
286 aa  86.3  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  31.3 
 
 
283 aa  85.5  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0083  ATP phosphoribosyltransferase  34.03 
 
 
289 aa  85.1  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.156056  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  33.02 
 
 
282 aa  84.7  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  29.17 
 
 
300 aa  84  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  31.22 
 
 
288 aa  84  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  29.47 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  30.53 
 
 
289 aa  81.6  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  30 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  28.8 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  30.73 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2063  ATP phosphoribosyltransferase  32.57 
 
 
290 aa  77  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  28.7 
 
 
285 aa  76.6  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0295  ATP phosphoribosyltransferase  29.13 
 
 
282 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  30.16 
 
 
306 aa  75.5  0.0000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09660  ATP phosphoribosyltransferase  31.2 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0240828  normal  0.0336917 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  27.51 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  27.63 
 
 
288 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0478  ATP phosphoribosyltransferase  29.13 
 
 
283 aa  73.9  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.843231  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  28.95 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  27.19 
 
 
288 aa  72.4  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  27.63 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1675  ATP phosphoribosyltransferase  28.51 
 
 
284 aa  72.4  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.40351e-17 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16070  ATP phosphoribosyltransferase  27.51 
 
 
285 aa  71.6  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0777175  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  27.19 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2878  ATP phosphoribosyltransferase  27.39 
 
 
285 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1756  ATP phosphoribosyltransferase  28.85 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.20301  normal  0.0310236 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2050  ATP phosphoribosyltransferase  27.04 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.267416  normal  0.100259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1164  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  33.52 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.746546  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2370  ATP phosphoribosyltransferase  27.9 
 
 
290 aa  69.7  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1880  ATP phosphoribosyltransferase  29.46 
 
 
281 aa  69.3  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0409345  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1615  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  29.19 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.474325  normal  0.765723 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0134  ATP phosphoribosyltransferase  28.82 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1680  ATP phosphoribosyltransferase  28.78 
 
 
286 aa  68.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  26.92 
 
 
290 aa  67.8  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1873  ATP phosphoribosyltransferase  29.02 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.840084 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3596  ATP phosphoribosyltransferase  30.13 
 
 
289 aa  67.4  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5380  ATP phosphoribosyltransferase  25.88 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1995  ATP phosphoribosyltransferase  27.47 
 
 
294 aa  67  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.670162 
 
 
-
 
NC_006686  CND01510  ATP phosphoribosyltransferase, putative  27.59 
 
 
357 aa  66.6  0.0000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09016  ATP phosphoribosyltransferase  27.68 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1817  ATP phosphoribosyltransferase  26.09 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1731  ATP phosphoribosyltransferase  28.3 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0959672  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1023  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.69 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.9488  normal  0.701782 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3057  ATP phosphoribosyltransferase  28.7 
 
 
281 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.75335  normal  0.157406 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0830  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.94 
 
 
214 aa  65.5  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81865  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1681  ATP phosphoribosyltransferase  29.18 
 
 
291 aa  65.1  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0185751  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1270  ATP phosphoribosyltransferase  27.88 
 
 
291 aa  65.1  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.236891  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  26.57 
 
 
295 aa  65.1  0.0000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2601  ATP phosphoribosyltransferase  28.83 
 
 
281 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.155316  normal  0.724909 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2452  ATP phosphoribosyltransferase  26.96 
 
 
287 aa  64.3  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12153  ATP phosphoribosyltransferase  26.96 
 
 
284 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.905981 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00832  ATP phosphoribosyltransferase  28.91 
 
 
304 aa  63.5  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000340807  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1863  ATP phosphoribosyltransferase  25.44 
 
 
282 aa  63.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0883845  normal  0.37135 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5977  ATP phosphoribosyltransferase  28.38 
 
 
281 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.146884 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22170  ATP phosphoribosyltransferase  28.26 
 
 
287 aa  64.3  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262843  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>