More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4718 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4718  ATP phosphoribosyltransferase  100 
 
 
325 aa  656    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659271  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4118  ATP phosphoribosyltransferase  86.77 
 
 
325 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.664932  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1680  ATP phosphoribosyltransferase  85.54 
 
 
325 aa  578  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1845  ATP phosphoribosyltransferase  85.85 
 
 
325 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1340  ATP phosphoribosyltransferase  86.15 
 
 
325 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3188  ATP phosphoribosyltransferase  86.73 
 
 
325 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2566  ATP phosphoribosyltransferase  87.04 
 
 
325 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4747  ATP phosphoribosyltransferase  65.33 
 
 
324 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.884171 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0803  ATP phosphoribosyltransferase  63.32 
 
 
325 aa  392  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.075937 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0600  ATP phosphoribosyltransferase  60.31 
 
 
325 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1774  ATP phosphoribosyltransferase  57.81 
 
 
325 aa  354  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0456456  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4293  ATP phosphoribosyltransferase  57.5 
 
 
330 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766083  normal  0.0203062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2645  ATP phosphoribosyltransferase  57.59 
 
 
327 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940069  normal  0.223028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1498  ATP phosphoribosyltransferase  56.88 
 
 
325 aa  345  7e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1497  ATP phosphoribosyltransferase  56.29 
 
 
325 aa  342  7e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.123629  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1776  ATP phosphoribosyltransferase  55.97 
 
 
325 aa  340  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0240308  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4933  ATP phosphoribosyltransferase  61.17 
 
 
344 aa  322  5e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724912  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0511  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  61.17 
 
 
231 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0322092 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5794  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  59.72 
 
 
230 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0405  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  54.98 
 
 
231 aa  245  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417772  normal  0.0711968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0466  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  58.74 
 
 
231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0800335  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0189  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.71 
 
 
231 aa  241  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0171  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.28 
 
 
231 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0528431  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0419  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  57.48 
 
 
230 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3019  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  56.88 
 
 
231 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4679  ATP phosphoribosyltransferase  53.11 
 
 
331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0505  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  48.66 
 
 
230 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.384199 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  50 
 
 
239 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal  0.0412161 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3953  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  51.67 
 
 
237 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0231756 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3549  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  52.38 
 
 
236 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3232  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  52.38 
 
 
236 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0947  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.16 
 
 
232 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.167643  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2907  ATP phosphoribosyltransferase  37.24 
 
 
338 aa  188  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133026  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3180  ATP phosphoribosyltransferase  36.05 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.200263  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1923  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  47.34 
 
 
225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0729049 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2185  ATP phosphoribosyltransferase  35.1 
 
 
337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.94631 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2634  ATP phosphoribosyltransferase  31.72 
 
 
333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0578  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  31.25 
 
 
338 aa  160  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28808  predicted protein  30.3 
 
 
386 aa  144  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1331  ATP phosphoribosyltransferase  34.89 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0137  ATP phosphoribosyltransferase  29.2 
 
 
288 aa  106  5e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.74321  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0491  ATP phosphoribosyltransferase  33.49 
 
 
286 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0242  ATP phosphoribosyltransferase  27.47 
 
 
306 aa  99.8  5e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.753965  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0837  ATP phosphoribosyltransferase  37.2 
 
 
300 aa  99.8  7e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.882205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1312  ATP phosphoribosyltransferase  33.63 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1065  ATP phosphoribosyltransferase  29.56 
 
 
285 aa  97.4  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0523334 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1657  ATP phosphoribosyltransferase  31.75 
 
 
286 aa  95.9  8e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.218211  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1943  ATP phosphoribosyltransferase  32.7 
 
 
285 aa  95.5  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.919043 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1708  ATP phosphoribosyltransferase  25.64 
 
 
288 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0194  ATP phosphoribosyltransferase  26.01 
 
 
288 aa  93.2  5e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.711909 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0754  ATP phosphoribosyltransferase  26.55 
 
 
288 aa  92.4  8e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2329  ATP phosphoribosyltransferase  30.89 
 
 
299 aa  92.4  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2878  ATP phosphoribosyltransferase  31.06 
 
 
285 aa  92.4  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1857  ATP phosphoribosyltransferase  35.47 
 
 
284 aa  92  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.294711  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0922  ATP phosphoribosyltransferase  27.39 
 
 
300 aa  92  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1520  ATP phosphoribosyltransferase  35.96 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401235  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0752  ATP phosphoribosyltransferase  36.07 
 
 
282 aa  92.4  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0135  ATP phosphoribosyltransferase  36.32 
 
 
294 aa  91.7  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1862  ATP phosphoribosyltransferase  27.48 
 
 
286 aa  91.3  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1817  ATP phosphoribosyltransferase  27.9 
 
 
284 aa  89.7  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2227  ATP phosphoribosyltransferase  30.58 
 
 
299 aa  89.7  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.446391  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1745  ATP phosphoribosyltransferase  32.34 
 
 
293 aa  89.7  6e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.695533  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0080  ATP phosphoribosyltransferase  34.6 
 
 
290 aa  87.8  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1400  ATP phosphoribosyltransferase  31.88 
 
 
283 aa  87.4  3e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.135087  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0658  ATP phosphoribosyltransferase  28.3 
 
 
292 aa  85.9  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1783  ATP phosphoribosyltransferase  29.39 
 
 
286 aa  85.9  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325419  normal  0.906208 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18190  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  34.74 
 
 
282 aa  85.5  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1745  ATP phosphoribosyltransferase  29.67 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0448433  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09660  ATP phosphoribosyltransferase  30.52 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0240828  normal  0.0336917 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2012  ATP phosphoribosyltransferase  29.27 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5474  ATP phosphoribosyltransferase  32.47 
 
 
231 aa  82.8  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  0.169247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1615  ATP phosphoribosyltransferase (homohexameric)  30.96 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.474325  normal  0.765723 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03748  conserved hypothetical protein:ATP-phosphoribosyltransferase (Eurofung)  32.42 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2169  ATP phosphoribosyltransferase  30.51 
 
 
292 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1309  ATP phosphoribosyltransferase  35 
 
 
282 aa  81.3  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166295  normal  0.212577 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4316  ATP phosphoribosyltransferase  33.65 
 
 
283 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1941  ATP phosphoribosyltransferase  28.74 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0632  ATP phosphoribosyltransferase  28.37 
 
 
204 aa  81.3  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2525  ATP phosphoribosyltransferase  29.27 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2428  ATP phosphoribosyltransferase  29.27 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10025  predicted protein  28.75 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2979  ATP phosphoribosyltransferase  31.79 
 
 
281 aa  80.9  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000719126  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3169  ATP phosphoribosyltransferase  29.27 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09016  ATP phosphoribosyltransferase  25 
 
 
285 aa  80.5  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2689  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.63 
 
 
219 aa  80.1  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1756  ATP phosphoribosyltransferase  32.09 
 
 
303 aa  79.7  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.20301  normal  0.0310236 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2601  ATP phosphoribosyltransferase  33.17 
 
 
281 aa  79.7  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.155316  normal  0.724909 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2197  ATP phosphoribosyltransferase  28.51 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0363  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  35.51 
 
 
221 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0391  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  35.51 
 
 
221 aa  79.3  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1213  ATP phosphoribosyltransferase  32.04 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0241  ATP phosphoribosyltransferase  31.44 
 
 
294 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2027  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  31.63 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0111404 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3706  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.14 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0371  ATP phosphoribosyltransferase  31.44 
 
 
294 aa  79.3  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0258558  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0393  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  35.51 
 
 
221 aa  79.3  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3801  ATP phosphoribosyltransferase catalytic subunit  30.14 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2286  ATP phosphoribosyltransferase  31.62 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.542261  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00832  ATP phosphoribosyltransferase  29.61 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000340807  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2993  ATP phosphoribosyltransferase  32.36 
 
 
291 aa  79  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0837667  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>