More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1763 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
677 aa  1385    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  28.98 
 
 
627 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
643 aa  187  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4472  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.03 
 
 
688 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0704928 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4326  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.75 
 
 
686 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4481  Extracellular ligand-binding receptor  30.04 
 
 
686 aa  160  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4462  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.82 
 
 
686 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.395113  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.79 
 
 
676 aa  113  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  26.76 
 
 
631 aa  99.8  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
405 aa  99.4  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0302  hypothetical protein  24.08 
 
 
705 aa  96.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0292766  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 
394 aa  94.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 
404 aa  91.3  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 
404 aa  90.1  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.19 
 
 
404 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
651 aa  85.5  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 
393 aa  83.2  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
451 aa  76.3  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
377 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
447 aa  75.5  0.000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
376 aa  75.1  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.32 
 
 
382 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 
384 aa  73.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  20.61 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
378 aa  72.8  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
450 aa  72.4  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
384 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 
377 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  25.28 
 
 
635 aa  71.6  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  20.38 
 
 
390 aa  70.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  21.81 
 
 
387 aa  70.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  22.6 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
386 aa  70.5  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  21.92 
 
 
373 aa  69.3  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
386 aa  69.7  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  21.01 
 
 
392 aa  69.7  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0295  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
425 aa  69.7  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00215274  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
413 aa  68.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.76 
 
 
399 aa  68.2  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  21.88 
 
 
397 aa  68.2  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  21.93 
 
 
402 aa  67.8  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
392 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
376 aa  66.6  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
392 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
378 aa  67  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1587  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 
426 aa  66.2  0.000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
387 aa  66.2  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
392 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1775  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
433 aa  66.2  0.000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000602209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 
378 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 
370 aa  65.9  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  32.54 
 
 
377 aa  65.5  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.85 
 
 
420 aa  65.5  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
397 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
380 aa  65.1  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.21 
 
 
428 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
381 aa  64.7  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
397 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
383 aa  64.3  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
397 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
378 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.51 
 
 
397 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
385 aa  64.3  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2204  LppC family lipoprotein  24.82 
 
 
628 aa  64.3  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.972417  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
378 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  25.64 
 
 
368 aa  64.3  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
381 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
399 aa  63.5  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0504  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
416 aa  63.9  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.273135 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1701  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 
435 aa  63.2  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.58174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1830  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
375 aa  63.9  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.290342  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
413 aa  63.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
376 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
368 aa  62.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
383 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1576  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
427 aa  63.2  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0597639  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25.13 
 
 
368 aa  62.4  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
383 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.62 
 
 
399 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
382 aa  62  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
374 aa  62  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  23.45 
 
 
625 aa  61.6  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2894  hypothetical protein  22.69 
 
 
644 aa  61.6  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.382794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  28.26 
 
 
415 aa  61.6  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
383 aa  61.2  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  22.2 
 
 
382 aa  61.2  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
399 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
393 aa  60.8  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  22.42 
 
 
376 aa  60.8  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.72 
 
 
395 aa  60.8  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
376 aa  60.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
449 aa  60.5  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4899  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
442 aa  60.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.593145  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
399 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 
370 aa  59.7  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
419 aa  59.3  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1503  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
482 aa  59.7  0.0000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.128913  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
392 aa  59.7  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 
368 aa  59.3  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>