233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3863 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
651 aa  1246    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  32.51 
 
 
627 aa  133  9e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
643 aa  124  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4326  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.4 
 
 
686 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21413  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4481  Extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
686 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4462  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.19 
 
 
686 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.395113  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4472  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.19 
 
 
688 aa  100  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0704928 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.79 
 
 
677 aa  97.4  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
390 aa  86.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.06 
 
 
676 aa  83.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
413 aa  76.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
403 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
388 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.27 
 
 
404 aa  71.6  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
383 aa  70.9  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
376 aa  70.1  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 
400 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
404 aa  68.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
394 aa  67.8  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
404 aa  67.4  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
447 aa  67.4  0.0000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
450 aa  67  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0757  LppC family lipoprotein  26.74 
 
 
635 aa  65.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
451 aa  65.5  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  22.1 
 
 
381 aa  65.1  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.36 
 
 
391 aa  65.1  0.000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
402 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
425 aa  64.3  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
369 aa  64.3  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.8 
 
 
420 aa  62.4  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
381 aa  62.4  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
402 aa  61.6  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
380 aa  61.2  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
398 aa  60.8  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.66 
 
 
382 aa  60.1  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
449 aa  60.5  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04379  LppC superfamily  26.32 
 
 
576 aa  59.3  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.418769  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 
387 aa  59.3  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
403 aa  59.3  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 
390 aa  59.7  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 
382 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
399 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
382 aa  58.9  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
399 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
403 aa  58.5  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  22.9 
 
 
392 aa  58.5  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  22.08 
 
 
379 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  22.08 
 
 
379 aa  57.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  20.49 
 
 
382 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.8 
 
 
382 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
378 aa  56.6  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  26.37 
 
 
415 aa  57  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
393 aa  56.6  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
382 aa  56.2  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.78 
 
 
385 aa  55.5  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
380 aa  55.5  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 
379 aa  55.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
379 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
370 aa  55.5  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
379 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
379 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0590  LppC family lipoprotein  29.75 
 
 
573 aa  55.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990028  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  20.85 
 
 
373 aa  55.5  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
384 aa  55.1  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2555  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.44 
 
 
606 aa  54.7  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00305617 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
384 aa  54.3  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
381 aa  54.7  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.43 
 
 
379 aa  54.3  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
374 aa  53.9  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
370 aa  53.9  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
386 aa  53.5  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
371 aa  53.5  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.9 
 
 
388 aa  53.1  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 
383 aa  52.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  22.62 
 
 
383 aa  53.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
381 aa  52.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
421 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
375 aa  52.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
413 aa  52.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
376 aa  52  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  28.52 
 
 
596 aa  52  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
397 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
380 aa  52.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  24.25 
 
 
407 aa  51.6  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  23 
 
 
399 aa  52  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3145  ATPase  26.11 
 
 
661 aa  51.6  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 
384 aa  51.6  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
381 aa  51.6  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  20.63 
 
 
379 aa  51.2  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.13 
 
 
383 aa  51.2  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
397 aa  51.6  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
397 aa  51.6  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
383 aa  51.6  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  23.53 
 
 
400 aa  51.2  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 
371 aa  51.2  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  20.32 
 
 
379 aa  50.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
383 aa  51.2  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  20.32 
 
 
379 aa  50.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  20.32 
 
 
379 aa  50.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>