More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_2496 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  100 
 
 
399 aa  791    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  61.56 
 
 
413 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  56.94 
 
 
416 aa  422  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  58.22 
 
 
412 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  48.08 
 
 
390 aa  375  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  52.06 
 
 
395 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0735  extracellular ligand-binding receptor  52.09 
 
 
385 aa  362  7.0000000000000005e-99  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  38.85 
 
 
392 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  32.74 
 
 
393 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 
376 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.22 
 
 
386 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
386 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
386 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
377 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
378 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.91 
 
 
396 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
396 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
397 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
383 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  27.97 
 
 
383 aa  107  5e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.86 
 
 
385 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
405 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
370 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
389 aa  103  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
387 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 
377 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.14 
 
 
376 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
369 aa  100  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
387 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.58 
 
 
395 aa  97.4  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
404 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
401 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
385 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
400 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
404 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.67 
 
 
404 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
390 aa  95.1  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
381 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.05 
 
 
399 aa  94.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
397 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.15 
 
 
381 aa  93.6  5e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
397 aa  93.6  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
374 aa  93.2  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
382 aa  93.2  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.01 
 
 
380 aa  92.8  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.71 
 
 
397 aa  92.8  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
401 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
515 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
398 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
384 aa  91.3  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  26.85 
 
 
336 aa  90.9  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
382 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 
371 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
383 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
401 aa  90.5  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
439 aa  90.1  6e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
397 aa  90.1  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.79 
 
 
383 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
376 aa  90.1  6e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
399 aa  89.7  8e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
370 aa  89.7  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  21.83 
 
 
373 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
382 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
419 aa  88.2  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
375 aa  87.4  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
393 aa  86.7  7e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 
394 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
386 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  22.36 
 
 
391 aa  85.9  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.87 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
461 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
461 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
382 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  21.91 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1290  branched chain amino acid ABC transporter permease  23.93 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.169952  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
643 aa  84  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0769  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.34 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0554402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  22.56 
 
 
402 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
392 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  21.55 
 
 
389 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
394 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
394 aa  82  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
392 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2649  Extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
386 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000293817  normal  0.0179491 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  22.36 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>