216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0398 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  90.98 
 
 		 399 aa  698    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 399 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  77.36 
 
 		 400 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  73.86 
 
 		 403 aa  552  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  82.71 
 
 		 399 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  71.68 
 
 		 407 aa  542  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  72.68 
 
 		 415 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  51.28 
 
 		 425 aa  325  6e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  53.94 
 
 		 398 aa  322  6e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  50.57 
 
 		 403 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  47.16 
 
 		 403 aa  306  6e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  52.82 
 
 		 421 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  52.31 
 
 		 404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  48.54 
 
 		 401 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  48.99 
 
 		 399 aa  295  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 		 413 aa  240  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  42.2 
 
 		 402 aa  233  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  38.61 
 
 		 420 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  40.77 
 
 		 408 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  36.15 
 
 		 394 aa  187  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  35.67 
 
 		 394 aa  172  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.59 
 
 		 391 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  37.28 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  35.82 
 
 		 391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  35.82 
 
 		 391 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  32.49 
 
 		 400 aa  165  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.33 
 
 		 394 aa  158  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 		 378 aa  156  6e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  32.11 
 
 		 402 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.28 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  29.14 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.2 
 
 		 676 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  32.69 
 
 		 354 aa  91.3  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  24.8 
 
 		 627 aa  76.3  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  38.14 
 
 		 494 aa  74.7  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 		 643 aa  70.9  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 382 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 382 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.63 
 
 		 677 aa  67.4  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 451 aa  67  0.0000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.7 
 
 		 515 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1977  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.37 
 
 		 432 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.212694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1153  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.09 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488211  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.92 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0253  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.09 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0907  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.09 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26662  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1593  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.09 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0185942  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2121  outative extracellular ligand binding protein  28.09 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0914412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1959  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.09 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.21 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.84 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 		 384 aa  58.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 449 aa  57.4  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  25.72 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  25.72 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 386 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 		 386 aa  57  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  26.3 
 
 		 382 aa  57  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  26.3 
 
 		 662 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 382 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.3 
 
 		 467 aa  55.5  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 382 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  21.73 
 
 		 402 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 		 369 aa  53.1  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  26.51 
 
 		 631 aa  52.4  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.08 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 380 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 373 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.08 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>