More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_694 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0788  nuclease SbcCD, D subunit  96.14 
 
 		 415 aa  811    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_694  DNA repair exonuclease  100 
 
 		 415 aa  848    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0714  nuclease SbcCD, D subunit  87.71 
 
 		 415 aa  753    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3452  nuclease SbcCD, D subunit  40.63 
 
 		 414 aa  298  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.527539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1304  nuclease SbcCD, D subunit  41.29 
 
 		 418 aa  296  4e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.611964  normal  0.601138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2193  nuclease SbcCD, D subunit  40.35 
 
 		 417 aa  294  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0979065  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2367  nuclease SbcCD, D subunit  36.7 
 
 		 408 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0953909  normal  0.605774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1475  nuclease SbcCD, D subunit  37.02 
 
 		 442 aa  262  6.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0190739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0660  nuclease SbcCD, D subunit  37.71 
 
 		 428 aa  259  6e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.783127 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0273  nuclease SbcCD, D subunit  38.41 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3331  exonuclease SbcD  36.34 
 
 		 412 aa  253  5.000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.102024 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3309  nuclease subunit SbcD  36.19 
 
 		 412 aa  251  2e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2129  nuclease SbcCD, D subunit  37.16 
 
 		 428 aa  249  5e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.64706 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2085  nuclease SbcCD, D subunit  36.67 
 
 		 428 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2903  nuclease SbcCD, D subunit  35.45 
 
 		 427 aa  239  5e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1141  nuclease SbcCD, D subunit  29.86 
 
 		 420 aa  192  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  25.74 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  29.89 
 
 		 400 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  29.89 
 
 		 400 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  29.68 
 
 		 400 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  29.68 
 
 		 410 aa  93.6  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  29.33 
 
 		 400 aa  93.2  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  30.69 
 
 		 400 aa  92.8  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  29.54 
 
 		 400 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  26.42 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  28.23 
 
 		 425 aa  91.3  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 383 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  28.35 
 
 		 414 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  29.96 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  28.35 
 
 		 414 aa  90.5  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  28.52 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  28.35 
 
 		 414 aa  90.5  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.2 
 
 		 416 aa  90.5  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.8 
 
 		 401 aa  89.7  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  29.58 
 
 		 400 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  29.31 
 
 		 414 aa  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  25.52 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  28.18 
 
 		 380 aa  89.4  1e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 410 aa  87  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1724  nuclease SbcCD, D subunit, putative  27.93 
 
 		 418 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.559554  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  25.61 
 
 		 528 aa  85.1  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0824  nuclease SbcCD, D subunit  28.52 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3776  nuclease SbcCD, D subunit  25.28 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  29.93 
 
 		 412 aa  84.3  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  28.37 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0493  metallophosphoesterase  26.67 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3493  metallophosphoesterase  27.09 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0940  metallophosphoesterase  26.74 
 
 		 380 aa  83.2  0.000000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.282172  normal  0.704888 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1000  phosphoesterase YhaO-putative DNA repair exonuclease  27.02 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1625  metallophosphoesterase  26.79 
 
 		 392 aa  82.8  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.504107  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  24.56 
 
 		 517 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  28.22 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  27.8 
 
 		 406 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2891  metallophosphoesterase  27.44 
 
 		 448 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  26.95 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  27.57 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  26.99 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0070  phosphoesterase  24.32 
 
 		 422 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  26.07 
 
 		 418 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  27.46 
 
 		 414 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  28.97 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2312  metallophosphoesterase  26.67 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1881  nuclease SbcCD, D subunit  27.5 
 
 		 386 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.459868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  27.44 
 
 		 404 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  29.23 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  25.6 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1299  nuclease SbcCD, D subunit  28.93 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.894732  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1156  nuclease SbcCD, D subunit  28.93 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2263  metallophosphoesterase  27.33 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1921  metallophosphoesterase  26.56 
 
 		 421 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.666866 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  28.93 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  28.57 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1662  metallophosphoesterase  25.81 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185631  normal  0.706151 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0794  metallophosphoesterase  25 
 
 		 413 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  26.41 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5506  metallophosphoesterase  25.3 
 
 		 425 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562012  hitchhiker  0.0000451519 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  25.97 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  25.29 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  26.74 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  28.42 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1260  metallophosphoesterase  27.17 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00868935  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  27.27 
 
 		 506 aa  77.4  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  26.37 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1050  DNA repair exonuclease family protein  26.06 
 
 		 413 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.782479  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.84 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1450  DNA repair exonuclease  25.52 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  24.14 
 
 		 410 aa  77  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  27.56 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0947  metallophosphoesterase  22.53 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00156197  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0102  metallophosphoesterase  26.95 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  28.06 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2302  metallophosphoesterase  25.57 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  25.52 
 
 		 435 aa  76.3  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  27.21 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>