298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0273 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0273  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 412 aa  826    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1304  nuclease SbcCD, D subunit  39.8 
 
 		 418 aa  273  5.000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.611964  normal  0.601138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2193  nuclease SbcCD, D subunit  38.71 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0979065  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_002936  DET0788  nuclease SbcCD, D subunit  38.55 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2129  nuclease SbcCD, D subunit  37.68 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.64706 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2085  nuclease SbcCD, D subunit  37.19 
 
 		 428 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_694  DNA repair exonuclease  38.41 
 
 		 415 aa  258  1e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0714  nuclease SbcCD, D subunit  40.16 
 
 		 415 aa  257  2e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0660  nuclease SbcCD, D subunit  37.99 
 
 		 428 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.783127 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3309  nuclease subunit SbcD  37.53 
 
 		 412 aa  251  1e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3331  exonuclease SbcD  36.48 
 
 		 412 aa  250  3e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.102024 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2903  nuclease SbcCD, D subunit  35.64 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2367  nuclease SbcCD, D subunit  41.04 
 
 		 408 aa  239  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0953909  normal  0.605774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1475  nuclease SbcCD, D subunit  36.61 
 
 		 442 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0190739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3452  nuclease SbcCD, D subunit  36.03 
 
 		 414 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.527539  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1141  nuclease SbcCD, D subunit  31.75 
 
 		 420 aa  158  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  29.33 
 
 		 390 aa  104  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  28.62 
 
 		 393 aa  97.1  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.07 
 
 		 387 aa  97.1  6e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  29.31 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5895  nuclease SbcCD, D subunit  30.77 
 
 		 408 aa  96.7  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000840952  normal  0.0299962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  27.46 
 
 		 414 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  27.08 
 
 		 392 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.37 
 
 		 401 aa  94.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  27.56 
 
 		 380 aa  94.7  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  28.37 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1299  nuclease SbcCD, D subunit  25.06 
 
 		 382 aa  91.7  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.894732  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  28.62 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0697  metallophosphoesterase  27.38 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1156  nuclease SbcCD, D subunit  24.82 
 
 		 382 aa  90.1  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2571  metallophosphoesterase  26.81 
 
 		 453 aa  90.1  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  22.38 
 
 		 380 aa  90.1  6e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  27.8 
 
 		 400 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  28.33 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  27.74 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0854  metallophosphoesterase  23.99 
 
 		 423 aa  86.7  8e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  28.17 
 
 		 404 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  26.84 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  27.96 
 
 		 382 aa  86.3  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2561  DNA repair exonuclease-like protein  26.08 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.215391 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  27.37 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  26.07 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  27.27 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  27.01 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  26.74 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  26.64 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  27.89 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  28.07 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  27.43 
 
 		 410 aa  83.2  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  27.6 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0940  metallophosphoesterase  26.39 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.282172  normal  0.704888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  26.6 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  25.94 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6132  nuclease SbcCD, D subunit  28.77 
 
 		 423 aa  81.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.35 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  26.12 
 
 		 423 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  26.67 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  25.94 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1567  metallophosphoesterase  26.91 
 
 		 426 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0723248  normal  0.0475856 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  27.78 
 
 		 408 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1616  metallophosphoesterase  28.33 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.170078  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  28.11 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  28.11 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  28.11 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.81 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  29.97 
 
 		 386 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  26.94 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  29.55 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1625  metallophosphoesterase  26.81 
 
 		 392 aa  79.3  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.504107  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3776  nuclease SbcCD, D subunit  30.74 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  25.78 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0824  nuclease SbcCD, D subunit  26.43 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2238  DNA repair exonuclease-like protein  25 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.74733  normal  0.111488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  26.98 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  25.15 
 
 		 515 aa  77.4  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  29.41 
 
 		 406 aa  76.3  0.0000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2263  metallophosphoesterase  27.41 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2302  metallophosphoesterase  27.11 
 
 		 421 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  27.84 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  26.79 
 
 		 381 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6788  DNA repair exonuclease-like protein  25.7 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.711251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  25.74 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4318  DNA repair exonuclease-like protein  26.26 
 
 		 467 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.677923 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  27.67 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  27.82 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  26.28 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  25.78 
 
 		 392 aa  75.5  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1653  metallophosphoesterase  29.1 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.337571  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  29.09 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  26.18 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  25.44 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  25.81 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  26.57 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0443  metallophosphoesterase  30.04 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>