262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_248 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_248  DNA polymerase III domain protein  100 
 
 		 413 aa  842    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.864877  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0188  DNA polymerase III beta subunit family protein  85 
 
 		 419 aa  725    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0160  DNA polymerase domain-containing protein  53.27 
 
 		 425 aa  399  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  27.69 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.89 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.92 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.4 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.82 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27 
 
 		 366 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0036  DNA polymerase III, beta subunit  36 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 370 aa  71.2  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.78 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.41 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.91 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.25 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  25.52 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.12 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.21 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.12 
 
 		 365 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.52 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.78 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.13 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.31 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.4 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  25.4 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.82 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.31 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  26.56 
 
 		 366 aa  63.2  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  24.8 
 
 		 365 aa  62.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.88 
 
 		 396 aa  62.8  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.69 
 
 		 375 aa  62.4  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  22.73 
 
 		 374 aa  62.4  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.43 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13400  predicted transcriptional regulator  25.41 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  22.67 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.83 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  23.51 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.38 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.57 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  25.11 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.49 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  22.67 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.78 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.22 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1087  DNA polymerase III, beta subunit  24.19 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000722327  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.45 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.05 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.64 
 
 		 378 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.06 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  27.06 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.19 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  26.38 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.93 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.06 
 
 		 378 aa  57  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.02 
 
 		 385 aa  57  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  22.08 
 
 		 366 aa  57  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.62 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.03 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 394 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.46 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  25.21 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  22.75 
 
 		 374 aa  55.8  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  25.21 
 
 		 393 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  22.78 
 
 		 374 aa  55.8  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3063  DNA polymerase III, beta subunit  22.27 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.1 
 
 		 374 aa  56.2  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.02 
 
 		 372 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 		 372 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.1 
 
 		 372 aa  55.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.3 
 
 		 372 aa  55.5  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 		 378 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  25.42 
 
 		 370 aa  54.7  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0937  DNA polymerase III, beta subunit  20.99 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  23.85 
 
 		 366 aa  54.7  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.27 
 
 		 372 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.84 
 
 		 367 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5506  DNA polymerase III, beta subunit  26.32 
 
 		 479 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.399861 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  25.84 
 
 		 374 aa  54.3  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.52 
 
 		 365 aa  53.9  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.7 
 
 		 376 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.92 
 
 		 373 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.08 
 
 		 368 aa  53.9  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000559768  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  21.14 
 
 		 366 aa  53.5  0.000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>