More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0188 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_248  DNA polymerase III domain protein  85 
 
 		 413 aa  725    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.864877  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0188  DNA polymerase III beta subunit family protein  100 
 
 		 419 aa  848    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0160  DNA polymerase domain-containing protein  53.74 
 
 		 425 aa  413  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.13 
 
 		 367 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  30.42 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.95 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  25.42 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.47 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  26.69 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.95 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.88 
 
 		 378 aa  76.3  0.0000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.88 
 
 		 378 aa  75.9  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.22 
 
 		 365 aa  75.5  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.08 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  26.52 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.53 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.7 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.28 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  29.15 
 
 		 378 aa  72.8  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.8 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.27 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.79 
 
 		 375 aa  71.2  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.8 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.28 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.17 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.81 
 
 		 367 aa  70.5  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  29.44 
 
 		 375 aa  69.7  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 		 365 aa  69.7  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  25.88 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.91 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.98 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  26.37 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.68 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0036  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 		 369 aa  67  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.05 
 
 		 372 aa  67  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.7 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  25.5 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  26.92 
 
 		 372 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  26.89 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.68 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.33 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.67 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.45 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.15 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.4 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3063  DNA polymerase III, beta subunit  25.52 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.51 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.94 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.41 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.14 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  25.23 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  23.75 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.75 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104576  unclonable  0.00000179673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.4 
 
 		 367 aa  62.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  24.92 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.47 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.78 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.55 
 
 		 368 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.27 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.08 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.21 
 
 		 387 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  26.52 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  26.14 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 371 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0004  DNA polymerase III, beta subunit  23.33 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000937309  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.12 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.81 
 
 		 408 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.94 
 
 		 368 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.94 
 
 		 368 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.94 
 
 		 368 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.3 
 
 		 373 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>