144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2106 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2106  homogentisate 12-dioxygenase  100 
 
 		 385 aa  799    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0415029  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  72.59 
 
 		 396 aa  607  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  69.87 
 
 		 385 aa  588  1e-167  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  69.87 
 
 		 386 aa  566  1e-160  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  65.45 
 
 		 385 aa  533  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  64.94 
 
 		 385 aa  530  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  53.93 
 
 		 390 aa  431  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  53.93 
 
 		 390 aa  432  1e-120  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.4 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.4 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.66 
 
 		 390 aa  431  1e-119  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.4 
 
 		 390 aa  428  1e-119  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  53.66 
 
 		 390 aa  431  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  53.66 
 
 		 392 aa  431  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  53.4 
 
 		 390 aa  430  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  54.52 
 
 		 385 aa  429  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  53.66 
 
 		 390 aa  430  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  53.66 
 
 		 390 aa  429  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3805  homogentisate 12-dioxygenase  53.52 
 
 		 388 aa  412  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00200515  normal  0.427722 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  48.46 
 
 		 394 aa  342  1e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2653  homogentisate 12-dioxygenase  47.29 
 
 		 386 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  47.29 
 
 		 386 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  47.03 
 
 		 386 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  47.03 
 
 		 386 aa  340  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1732  homogentisate 12-dioxygenase  46.77 
 
 		 386 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561061 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1874  homogentisate 12-dioxygenase  46.51 
 
 		 386 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1918  homogentisate 12-dioxygenase  46.52 
 
 		 401 aa  335  7.999999999999999e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0204233  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1868  homogentisate 12-dioxygenase  46.46 
 
 		 402 aa  334  1e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.501601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.51 
 
 		 386 aa  334  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1569  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.25 
 
 		 386 aa  333  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.22 
 
 		 386 aa  333  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2326  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.15 
 
 		 386 aa  332  8e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0088  homogentisate 12-dioxygenase  47.36 
 
 		 400 aa  330  3e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0657  homogentisate 1,2-dioxygenase  46.7 
 
 		 404 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1684  homogentisate 12-dioxygenase  47.73 
 
 		 395 aa  327  3e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2291  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.48 
 
 		 386 aa  325  6e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000437513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2363  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.22 
 
 		 386 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2481  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.48 
 
 		 386 aa  324  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.59318  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1963  hypothetical protein  45.48 
 
 		 386 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4258  homogentisate 1,2-dioxygenase  48.85 
 
 		 388 aa  324  2e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0597877 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10650  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.69 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.233818  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4688  homogentisate 12-dioxygenase  48.47 
 
 		 388 aa  319  7e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.378892  normal  0.704415 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  43.64 
 
 		 384 aa  318  1e-85  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0709  homogentisate 12-dioxygenase  43.94 
 
 		 397 aa  315  9e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18910  homogentisate 1,2-dioxygenase  45.14 
 
 		 406 aa  314  9.999999999999999e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108464  normal  0.652013 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07000  homogentisate 1,2-dioxygenase  44.84 
 
 		 399 aa  314  9.999999999999999e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.126563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  43.8 
 
 		 389 aa  313  3.9999999999999997e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  45.05 
 
 		 406 aa  311  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1107  homogentisate 12-dioxygenase  44.47 
 
 		 399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.141602 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3787  homogentisate 12-dioxygenase  44.95 
 
 		 407 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0812  homogentisate 12-dioxygenase  43.94 
 
 		 393 aa  301  2e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3485  homogentisate 12-dioxygenase  42.22 
 
 		 385 aa  287  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.306053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6552  homogentisate 12-dioxygenase  39.79 
 
 		 389 aa  282  7.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0724494  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3423  homogentisate 1,2-dioxygenase  41.21 
 
 		 385 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00233011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3504  homogentisate 12-dioxygenase  40.94 
 
 		 385 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.142046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3572  homogentisate 12-dioxygenase  40.94 
 
 		 385 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  33.89 
 
 		 372 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  35.18 
 
 		 379 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  35.54 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  30.79 
 
 		 376 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  30.05 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1897  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.65 
 
 		 363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4463  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.9 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0957  homogentisate 12-dioxygenase  29.94 
 
 		 373 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1591  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.37 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1615  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.37 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.904651 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1561  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.85 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2093  Homogentisate 1 2-dioxygenase-like protein  27.74 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.6516  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.49 
 
 		 441 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.81 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.09 
 
 		 453 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.54 
 
 		 453 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  23.7 
 
 		 494 aa  63.2  0.000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.13 
 
 		 453 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.11 
 
 		 452 aa  62.8  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.8 
 
 		 430 aa  62.8  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.81 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.37 
 
 		 468 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.93 
 
 		 453 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.31 
 
 		 454 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.93 
 
 		 448 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.34 
 
 		 453 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.84 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.37 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.37 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.76 
 
 		 451 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.66 
 
 		 453 aa  59.7  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.66 
 
 		 453 aa  59.7  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  24.11 
 
 		 462 aa  59.7  0.00000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  22 
 
 		 433 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.63 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.83 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.99 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.99 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.38 
 
 		 448 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.08 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.55 
 
 		 460 aa  58.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.13 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.61 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>