143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3462 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  90.18 
 
 
448 aa  845    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.86 
 
 
468 aa  734    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  80.23 
 
 
444 aa  718    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  78.94 
 
 
450 aa  700    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  78.4 
 
 
431 aa  703    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.53 
 
 
448 aa  711    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  80.33 
 
 
442 aa  720    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  80 
 
 
444 aa  718    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.27 
 
 
444 aa  707    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  80 
 
 
444 aa  718    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
444 aa  704    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.4 
 
 
450 aa  706    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 
448 aa  926    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.6 
 
 
432 aa  636    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.09 
 
 
444 aa  712    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.55 
 
 
444 aa  711    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  79.14 
 
 
444 aa  711    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  80.28 
 
 
440 aa  721    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 
448 aa  926    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  78.84 
 
 
448 aa  705    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  70.62 
 
 
441 aa  626  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  68.46 
 
 
443 aa  599  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.43 
 
 
429 aa  592  1e-168  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.21 
 
 
442 aa  587  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.27 
 
 
427 aa  571  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.72 
 
 
431 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.72 
 
 
432 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.49 
 
 
432 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.64 
 
 
433 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.7 
 
 
433 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  63.47 
 
 
433 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  62.09 
 
 
434 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.4 
 
 
433 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.83 
 
 
434 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.76 
 
 
430 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.84 
 
 
461 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.51 
 
 
434 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.88 
 
 
448 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.77 
 
 
452 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.26 
 
 
448 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.79 
 
 
453 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  60 
 
 
448 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.49 
 
 
448 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.72 
 
 
437 aa  512  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.8 
 
 
448 aa  509  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.84 
 
 
450 aa  511  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.33 
 
 
449 aa  510  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.42 
 
 
438 aa  509  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.97 
 
 
454 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.8 
 
 
453 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.72 
 
 
453 aa  502  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.66 
 
 
455 aa  504  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.51 
 
 
453 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.45 
 
 
454 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.43 
 
 
453 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.51 
 
 
443 aa  486  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.04 
 
 
453 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.04 
 
 
453 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.76 
 
 
460 aa  470  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.88 
 
 
451 aa  467  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.12 
 
 
451 aa  457  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  54.82 
 
 
448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.54 
 
 
429 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.7 
 
 
416 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.7 
 
 
416 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  48.94 
 
 
848 aa  401  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  49.88 
 
 
441 aa  392  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  47 
 
 
462 aa  388  1e-106  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  47.82 
 
 
494 aa  373  1e-102  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  41.49 
 
 
458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  39.27 
 
 
533 aa  297  3e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  22.97 
 
 
386 aa  76.6  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  28.24 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  25.54 
 
 
396 aa  76.6  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  24.92 
 
 
385 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.26 
 
 
385 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2154  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.88 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.634063 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.24 
 
 
390 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  24.58 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2615  homogentisate 12-dioxygenase  26.95 
 
 
386 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0308121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.22 
 
 
392 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  23.5 
 
 
390 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8845  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  25.88 
 
 
389 aa  72  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.57227 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.24 
 
 
390 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.24 
 
 
390 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3280  homogentisate 12-dioxygenase  26.79 
 
 
385 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.524985 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  24.24 
 
 
390 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  24.24 
 
 
390 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2162  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.7 
 
 
386 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1671  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.6 
 
 
386 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.991879  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.91 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.91 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  23.91 
 
 
390 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2728  homogentisate 12-dioxygenase  26.6 
 
 
386 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315515  normal  0.247333 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  24.1 
 
 
364 aa  69.7  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>