144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0921 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0907  homogentisate 1,2-dioxygenase  85.04 
 
 		 448 aa  805    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0891  homogentisate 1,2-dioxygenase  82.14 
 
 		 448 aa  784    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.669112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1193  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.98 
 
 		 453 aa  686    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1018  homogentisate 1,2-dioxygenase  85.27 
 
 		 448 aa  813    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0921  homogentisate 1,2-dioxygenase  100 
 
 		 448 aa  931    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5153  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.71 
 
 		 448 aa  806    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424959  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2456  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.15 
 
 		 452 aa  694    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1043  homogentisate 1,2-dioxygenase  73.78 
 
 		 450 aa  662    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1511  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.19 
 
 		 453 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000621512  normal  0.470006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1407  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.63 
 
 		 453 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0566  homogentisate 1,2-dioxygenase  83.04 
 
 		 449 aa  798    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11982  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3333  homogentisate 1,2-dioxygenase  72.06 
 
 		 455 aa  658    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2532  homogentisate 1,2-dioxygenase  71.85 
 
 		 453 aa  653    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0913  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.6 
 
 		 453 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.994604  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3547  homogentisate 1,2-dioxygenase  67.6 
 
 		 453 aa  625  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294103 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2833  homogentisate 1,2-dioxygenase  68.6 
 
 		 453 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.385298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2621  homogentisate 1,2-dioxygenase  66.82 
 
 		 451 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1439  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.57 
 
 		 460 aa  593  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3812  homogentisate 1,2-dioxygenase  64.73 
 
 		 451 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283332  normal  0.618849 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3652  homogentisate 1,2-dioxygenase  61.52 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.207248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2005  homogentisate 1,2-dioxygenase  60.28 
 
 		 429 aa  519  1e-146  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.436695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2336  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.34 
 
 		 430 aa  514  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.829883  normal  0.673279 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0337  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.45 
 
 		 444 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0701  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.54 
 
 		 444 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0820  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.45 
 
 		 444 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623719  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3462  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.8 
 
 		 448 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.311936  normal  0.0988393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0718  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.45 
 
 		 444 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4534  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.8 
 
 		 448 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.233345  normal  0.576048 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3913  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.56 
 
 		 444 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3738  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.35 
 
 		 432 aa  508  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.333429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2563  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.76 
 
 		 444 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0789  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.22 
 
 		 444 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.211762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2435  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.24 
 
 		 440 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.125362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0780  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.33 
 
 		 448 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90704  normal  0.708148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3923  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.76 
 
 		 468 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2997  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.71 
 
 		 434 aa  504  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45322 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3900  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.21 
 
 		 448 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02539  homogentisate 1,2-dioxygenase  59.24 
 
 		 454 aa  504  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000365945  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0691  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.56 
 
 		 448 aa  501  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.398963 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0876  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.64 
 
 		 443 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0480084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04215  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.91 
 
 		 441 aa  499  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0289  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.14 
 
 		 437 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2056  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3228  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0994  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.67 
 
 		 454 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4374  homogentisate 1,2-dioxygenase  58.78 
 
 		 442 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000328355  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0856  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.789962  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2688  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.515143  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3174  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 444 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3213  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1921  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.74 
 
 		 450 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3864  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.65 
 
 		 442 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.412305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1397  homogentisate 1,2-dioxygenase  57.41 
 
 		 450 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2725  homogentisate 1,2-dioxygenase  56.54 
 
 		 431 aa  487  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00241736  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38510  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.94 
 
 		 432 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00419964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3280  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.71 
 
 		 432 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0910  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.37 
 
 		 431 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4302  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.69 
 
 		 443 aa  468  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3326  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.59 
 
 		 434 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4621  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3551  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.16 
 
 		 434 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518718  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1557  homogentisate 1,2-dioxygenase  55.22 
 
 		 438 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4605  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.33 
 
 		 433 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0198539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0817  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.63 
 
 		 433 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.633132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15350  homogentisate 1,2-dioxygenase  53.02 
 
 		 461 aa  455  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4481  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.57 
 
 		 433 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.518935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2738  homogentisate 1,2-dioxygenase  54.03 
 
 		 441 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01897  Homogentisate 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.5)(Homogentisic acid oxidase)(Homogentisate oxygenase)(Homogentisicase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00667]  51.72 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.53 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1248  homogentisate 1,2-dioxygenase  51.64 
 
 		 416 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1025  homogentisate 1,2-dioxygenase  50.6 
 
 		 429 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.243336  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06390  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10810)  45.75 
 
 		 462 aa  388  1e-106  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49112  predicted protein  46.12 
 
 		 494 aa  369  1e-101  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00796178  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5825  homogentisate 1,2-dioxygenase  43.48 
 
 		 848 aa  342  8e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0876183  normal  0.90273 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00477  conserved hypothetical protein  41.01 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.727152  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04012  conserved hypothetical protein  37.24 
 
 		 533 aa  268  2e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1697  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.87 
 
 		 379 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.196029 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02178  hypothetical protein  27.37 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6321  homogentisate 12-dioxygenase  29.83 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0530  homogentisate 12-dioxygenase  28.91 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0217  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.15 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0257  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  29.29 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003654  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.41 
 
 		 364 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1438  homogentisate 1,2-dioxygenase  25.68 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0961  putative oxidoreductase  26.57 
 
 		 378 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5068  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  28.72 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00282868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0728  homogentisate 1,2-dioxygenase  27.69 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0276  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  29.15 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000242533  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0255  putative homogentisate 1,2-dioxygenase  29.15 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0221  homogentisate 12-dioxygenase  29.15 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0262  homogentisate 1,2-dioxygenase, putative  28.81 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00729386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0228  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.28 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0215  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.28 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0242  homogentisate 1,2-dioxygenase  29.28 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0230  homogentisate 12-dioxygenase  28.47 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2762  homogentisate 12-dioxygenase  27.87 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000862823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5427  homogentisate 12-dioxygenase  23.04 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0911564  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6468  homogentisate 12-dioxygenase  26.3 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.213717 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02595  homogentisate 1,2-dioxygenase  26.83 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2369  homogentisate 12-dioxygenase  25 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>